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- PDB-7c3z: The structure of class II tumor suppressor protein H-REV107 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c3z
タイトルThe structure of class II tumor suppressor protein H-REV107
要素HRAS-like suppressor 3
キーワードHYDROLASE / H-REV107 / HREV107 type II tumor suppressor gene / retinoid-inducible gene 1
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane disassembly / regulation of adipose tissue development / ether lipid metabolic process / organelle disassembly / phosphatidylethanolamine acyl-chain remodeling / N-acylphosphatidylethanolamine metabolic process / phospholipase A1 / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PS ...membrane disassembly / regulation of adipose tissue development / ether lipid metabolic process / organelle disassembly / phosphatidylethanolamine acyl-chain remodeling / N-acylphosphatidylethanolamine metabolic process / phospholipase A1 / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / phospholipase A1 activity / peroxisome organization / N-acyltransferase activity / phospholipase A2 activity / lens fiber cell differentiation / phospholipid biosynthetic process / phospholipase A2 / peroxisomal membrane / triglyceride metabolic process / acyltransferase activity / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to bacterium / mitochondrial membrane / peroxisome / nuclear envelope / lysosome / lysosomal membrane / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / mitochondrion / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Lecithin retinol acyltransferase / LRAT domain / LRAT domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Phospholipase A and acyltransferase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.957 Å
データ登録者Han, C.W. / Jeong, M.S. / Jang, S.B.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2018R1D1A1B07043701 韓国
引用ジャーナル: Cancers (Basel) / 年: 2020
タイトル: A H-REV107 Peptide Inhibits Tumor Growth and Interacts Directly with Oncogenic KRAS Mutants.
著者: Han, C.W. / Jeong, M.S. / Ha, S.C. / Jang, S.B.
履歴
登録2020年5月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HRAS-like suppressor 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3391
ポリマ－14,3391
非ポリマー00
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6140 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)42.935, 52.996, 62.796
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HRAS-like suppressor 3 / Phospholipase A and acyltransferase 3 / Adipose-specific phospholipase A2 / AdPLA / Group XVI ...Phospholipase A and acyltransferase 3 / Adipose-specific phospholipase A2 / AdPLA / Group XVI phospholipase A1/A2 / H-rev 107 protein homolog / HREV107-1 / HRAS-like suppressor 1 / HRSL3 / HREV107-3 / Renal carcinoma antigen NY-REN-65


分子量: 14339.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLAAT3, HRASLS3, HREV107, PLA2G16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53816, phospholipase A1, phospholipase A2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.48 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: polyethylene glycol 3,350 and 0.2 M potassium nitrate at pH 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 10814 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 36.9
反射 シェル解像度: 1.957→2.027 Å / Rmerge(I) obs: 0.218 / Num. unique obs: 2465

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ収集
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DOT

4dot


解像度: 1.957→29.461 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2629 546 5.07 %
Rwork0.2343 --
obs0.2357 10763 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.957→29.461 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数839 0 0 56 895
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008862
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8891171
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.84517
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051124
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006152
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.957-2.15350.27721320.20582465X-RAY DIFFRACTION99
2.1535-2.4650.29811360.22012519X-RAY DIFFRACTION100
2.465-3.10510.27571340.24432563X-RAY DIFFRACTION100
3.1051-29.4610.24441440.24022670X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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