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万見
- PDB-7c3o: Crystal structure of TT109 from CANDIDA ALBICANS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c3o
タイトルCrystal structure of TT109 from CANDIDA ALBICANS
要素Histone acetyltransferase RTT109
キーワードTRANSFERASE / HISTONE / ACETYLATION / DNA REPLICATION / NUCLEOSOME ASSEMBLY / DNA DAMAGE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of phenotypic switching / negative regulation of filamentous growth of a population of unicellular organisms / filamentous growth of a population of unicellular organisms / phenotypic switching / filamentous growth / histone H3 acetyltransferase activity / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H2AK5 acetyltransferase activity ...regulation of phenotypic switching / negative regulation of filamentous growth of a population of unicellular organisms / filamentous growth of a population of unicellular organisms / phenotypic switching / filamentous growth / histone H3 acetyltransferase activity / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity / histone H3K4 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / histone H3K36 acetyltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K9 acetyltransferase activity / histone H3K14 acetyltransferase activity / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / histone H4K12 acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone acetyltransferase Rtt109 / : / Rtt109-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Histone acetyltransferase RTT109
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Chen, Y.P. / Lei, J.H. / Lu, D.R. / Su, D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31370735 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of TT109 from CANDIDA ALBICANS
著者: Chen, Y.P. / Lei, J.H. / Lu, D.R. / Su, D.
履歴
登録2020年5月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone acetyltransferase RTT109
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0465
ポリマ－41,9321
非ポリマー1,1144
水4,125229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area16440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.754, 70.036, 54.559
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.316, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Histone acetyltransferase RTT109


分子量: 41932.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母)
株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 遺伝子: RTT109, CAALFM_CR00410WA, CaO19.7491 / プラスミド: pET-Duet1 vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5AAJ8, histone acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.76 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→50 Å / Num. obs: 107314 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 27.47 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.85
反射 シェル解像度: 1.89→1.97 Å / Num. unique obs: 107314 / CC1/2: 0.96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7BXW

7bxw


解像度: 1.89→25.82 Å / SU ML: 0.1742 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.7444
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1919 1408 5.03 %
Rwork0.1654 --
obs0.1667 28013 98.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 38.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→25.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2599 0 71 229 2899
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012765
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21833744
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0702406
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046461
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.25731030
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.89-1.960.24871440.20432477X-RAY DIFFRACTION93.74
1.96-2.040.22731420.18112632X-RAY DIFFRACTION98.37
2.04-2.130.21751540.17932650X-RAY DIFFRACTION98.32
2.13-2.240.21751300.16552652X-RAY DIFFRACTION98.79
2.24-2.380.19291580.17192663X-RAY DIFFRACTION98.98
2.38-2.570.1941520.17272657X-RAY DIFFRACTION99.08
2.57-2.820.23651180.18252704X-RAY DIFFRACTION99.19
2.82-3.230.18031330.17852716X-RAY DIFFRACTION99.51
3.23-4.070.19491480.15112697X-RAY DIFFRACTION99.82
4.07-25.820.1521290.15072757X-RAY DIFFRACTION99.31
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.06690244686-0.291667597221-0.472879424793.278994477480.05748439622951.751143074120.0138955289916-0.457611288739-0.1462020635240.286939772346-0.01435342056230.0187923144591-0.0449210982498-0.0520067168601-0.1063506854250.18391661532-0.05554210762380.01443710238230.1806794650430.02293338032490.1179468753664.939634523070.22795708076416.4967447928
22.00366751665-0.0806604076883-0.2531129794342.405332812210.1939180592521.043917342220.0592057722162-0.0321452561573-0.02848337052070.227505982195-0.0518607796621-0.103618281704-0.01531173106730.116293970816-0.001456564789360.170021898544-0.0280235135521-0.01349973323370.1788123493860.01593115947530.1111437530464.96176777678-6.9839509539416.7635292349
33.12015645593-1.149887114260.4646604732823.53721368623-1.576409013614.834646131430.001253361048040.0554801761638-0.4338399256290.154539598160.01856647755150.3559752078560.451991623937-0.210568083409-0.0212846018280.185600155966-0.05161572790430.04334827452190.173564294502-0.007041184832460.26201814481-7.17574594966-21.645204772115.4796579296
41.684640106370.241667189538-0.2585398383342.459988124850.341039194640.822778528551-0.03987498488760.159348174061-0.0567743460502-0.0254292787876-0.01334518936830.167784638656-0.0451030610888-0.00817958180470.09669255823220.201865843122-0.00130695691662-0.008825568175820.244345444433-0.007645644385120.193486650651-4.10026212743-10.6929989335.66058203606
52.46988422713-2.013275345831.822205698882.26611779132-1.103372202152.62258625740.03160836097640.1384076792770.176370645213-0.2153746169290.0505047314465-0.455532251858-0.2051109396580.188647903681-0.01476233482880.199652195646-0.06448080559850.01743434554490.2476459431270.04235268548470.35711117570621.64557698961.395340660911.1185402845
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 53 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 54 through 213 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 214 through 253 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 254 through 326 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 327 through 359 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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