PDB-7bx1: Crystal structure of RTT109 from Candida albicans

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bx1

タイトル

Crystal structure of RTT109 from Candida albicans

要素

Histone acetyltransferase RTT109

キーワード

TRANSFERASE / HISTONE / ACETYLATION / DNA REPLICATION / NUCLEOSOME ASSEMBLY / DNA DAMAGE

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of phenotypic switching / negative regulation of filamentous growth of a population of unicellular organisms / filamentous growth of a population of unicellular organisms / phenotypic switching / filamentous growth / histone H3 acetyltransferase activity / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H2AK5 acetyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida albicans (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Chen, Y.P. / Lei, J.H. / Lu, D.R. / Su, D.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of RTT109 from Candida albicans
著者: Chen, Y.P. / Lei, J.H. / Lu, D.R. / Su, D.

履歴

登録	2020年4月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bx1.cif.gz	178 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bx1.ent.gz	123.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bx1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/7bx1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/7bx1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bx0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hzn-4 3ika-2 1ep9-d 4hok-7 4qnv-1 3zc3-1 4qnu-3 1sd0-d 4lg4-4 5ugx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (4) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#7 - 2000年7月
ヌクレオソーム (Nucleosome)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (4)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#158 - 2013年2月
プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel)
類似性 (1)
#67 - 2005年7月
TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone acetyltransferase RTT109

ヘテロ分子

42.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.317, 69.422, 54.486
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.402, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Histone acetyltransferase RTT109 分子量: 42056.531 Da / 分子数: 1 / 変異: S321L,S336L,S339L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母) 株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 遺伝子: RTT109, CAALFM_CR00410WA, CaO19.7491 / プラスミド: pET-Duet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q5AAJ8, histone acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-ACM / ACETAMIDE / アセトアミド分子量: 59.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.47 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 15~20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77.36 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.975 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 331312 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 19.07 Å² / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 3.8
反射シェル	解像度: 1.58→1.63 Å / Num. unique obs: 331312 / CC_1/2: 0.95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-2000	v1.0	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.58→49.62 Å / SU ML: 0.1504 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.5952

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1945	2451	5.21 %
R_work	0.1824	-	-
obs	0.183	47038	97.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.58→49.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2609	0	8	300	2917

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0038	2836
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7061	3859
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0499	417
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0039	491
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.5067	1064

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.58-1.61	0.3055	119	0.256	2276	X-RAY DIFFRACTION	89.17
1.61-1.64	0.2469	144	0.2376	2402	X-RAY DIFFRACTION	96.51
1.64-1.67	0.2229	141	0.2296	2424	X-RAY DIFFRACTION	96.61
1.67-1.71	0.2299	149	0.2247	2444	X-RAY DIFFRACTION	97.04
1.71-1.76	0.2187	137	0.208	2452	X-RAY DIFFRACTION	97.08
1.76-1.8	0.2257	135	0.2045	2462	X-RAY DIFFRACTION	97.3
1.8-1.86	0.2387	171	0.2004	2415	X-RAY DIFFRACTION	97.51
1.86-1.92	0.2028	139	0.2011	2506	X-RAY DIFFRACTION	97.67
1.92-1.98	0.206	169	0.1982	2423	X-RAY DIFFRACTION	97.81
1.98-2.06	0.2267	147	0.1899	2484	X-RAY DIFFRACTION	98.39
2.06-2.16	0.182	144	0.1845	2471	X-RAY DIFFRACTION	98.12
2.16-2.27	0.216	138	0.181	2502	X-RAY DIFFRACTION	98.65
2.27-2.41	0.2004	129	0.1882	2487	X-RAY DIFFRACTION	98.53
2.41-2.6	0.1991	105	0.1934	2556	X-RAY DIFFRACTION	98.92
2.6-2.86	0.1772	93	0.1902	2589	X-RAY DIFFRACTION	99.3
2.86-3.28	0.1947	132	0.1823	2522	X-RAY DIFFRACTION	99.36
3.28-4.13	0.1542	163	0.158	2533	X-RAY DIFFRACTION	99.63
4.13-49.62	0.1854	96	0.1592	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.6

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.52052535577	-1.7091646804	2.48210944523	2.60120227495	-1.95570381816	4.1879208326	-0.00133318231949	-0.62285758754	-0.0657091212074	0.487429968651	0.171818733037	-0.0555234294283	-0.040384432946	0.0276896900096	-0.125971207297	0.265029441463	-0.0249292615424	-0.0397406387925	0.273280759999	0.00542553445189	0.135777647716	-2.40137524259	0.687807739813	-1.40863975176
2	2.10593187469	0.1874527297	-0.334354965946	2.42487597964	0.066106103243	0.865096100767	0.0518680012502	-0.0258556945393	0.140458599906	0.244507435964	-0.0770140783238	0.158162694532	-0.0882834893831	0.0111508963433	0.0126603269968	0.159823041365	-0.0204151470355	0.0377164879611	0.112052079549	0.00264271822593	0.103091819206	-13.5202872311	-1.23051989521	-9.06100291758
3	4.58386669692	2.44933901431	-0.573542895549	2.65245990154	-0.417694318455	0.207705845324	-0.13470364109	0.232212586296	-0.589001907558	0.0829375257551	0.12273275043	-0.492635899442	0.0627443339959	0.137630159513	0.0553724312355	0.185304132974	0.00434689703246	0.00360456692453	0.181296909098	-0.00671092113716	0.259238321504	-2.35187701486	-17.5132941665	-10.1465669328
4	2.4645802028	-0.60125347548	-1.62920086938	2.49131169815	-1.14746848575	4.56894723014	-0.0908183824101	0.0524513978617	-0.411862805399	0.0979798457587	-0.0743225387289	0.345868281124	0.469944718326	-0.143603854674	0.160147574571	0.184253192229	-0.0276246227987	0.0527994094932	0.142501170367	-0.00103586462209	0.260445561297	-19.9706449338	-22.5544490727	-8.75898319577
5	2.37648822338	-0.106435570689	1.26597664911	3.16786076695	-2.516302652	7.98864525509	0.00610553705226	-0.00507957613657	-0.427342663739	0.0910500543996	0.157878596214	0.27769307807	0.204493341929	-0.427246939451	-0.166579383508	0.134179483471	-0.017863020335	0.0667070268231	0.150851914053	-0.0115124961389	0.210915711295	-24.5927862733	-18.7171683974	-10.268126291
6	2.12070023501	0.231981575508	-0.284417109188	2.35256859171	0.406982971901	0.945837096977	-0.0324781853646	0.178381676539	-0.0274963632695	0.00514887798565	-0.00476262977615	0.200057610711	-0.0266038638458	0.0189688449874	0.0677347788099	0.140320094002	0.000609645271402	0.0194623273054	0.132027810937	-0.00452156342168	0.129913865445	-18.6938944822	-9.6499125906	-18.6161614757
7	3.55930904016	-2.63493172273	1.62098062164	2.34567396971	-1.07831558252	1.81584420972	0.0118321360144	0.183590983513	0.362806820779	-0.0680791437942	-0.024163650155	-0.515009140715	-0.221367677698	0.188063456372	-0.0110533630216	0.191445867884	-0.060446473241	0.0393580217258	0.196804664994	0.0398629027952	0.326813703556	6.62745302505	1.87101375527	-13.589698456

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 24 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 177 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 178 through 213 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 214 through 236 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 237 through 253 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 254 through 326 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 327 through 359 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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