PDB-4lg4: Structural Basis for Autoactivation of Human Mst2 Kinase and Its ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lg4

タイトル

Structural Basis for Autoactivation of Human Mst2 Kinase and Its Regulation by RASSF5

要素

Serine/threonine-protein kinase 3

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Hippo / Mst autoactivation / dimerization

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of cell differentiation involved in embryonic placenta development / cell differentiation involved in embryonic placenta development / primitive hemopoiesis / neural tube formation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of hippo signaling / endocardium development / negative regulation of organ growth / hippo signaling / transcription regulator activator activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.42 Å

データ登録者

Luo, X. / Ni, L. / Tomchick, D.R.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for Autoactivation of Human Mst2 Kinase and Its Regulation by RASSF5.
著者: Ni, L. / Li, S. / Yu, J. / Min, J. / Brautigam, C.A. / Tomchick, D.R. / Pan, D. / Luo, X.

履歴

登録	2013年6月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月30日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4lg4.ent.gz	823.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lg4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4lg4_validation.pdf.gz	493.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lg4_full_validation.pdf.gz	511 KB	表示
XML形式データ	4lg4_validation.xml.gz	55.3 KB	表示
CIF形式データ	4lg4_validation.cif.gz	75.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/4lg4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/4lg4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4lgdC 3comS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3vuc-1 4gjb-2 3fnt-d 4bbf-3 2g1s-2 4bbe-1 2anl-2 4gjb-1 2g1n-2 5te0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
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#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
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カスパーゼ (Caspases)
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エンハンセオソーム (Enhanceosome)
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#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase 3

B: Serine/threonine-protein kinase 3

C: Serine/threonine-protein kinase 3

D: Serine/threonine-protein kinase 3

E: Serine/threonine-protein kinase 3

F: Serine/threonine-protein kinase 3

ヘテロ分子

204 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Serine/threonine-protein kinase 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Serine/threonine-protein kinase 3

登録者が定義した集合体
34 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Serine/threonine-protein kinase 3

登録者が定義した集合体
34 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Serine/threonine-protein kinase 3

登録者が定義した集合体
34 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Serine/threonine-protein kinase 3

登録者が定義した集合体
34 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Serine/threonine-protein kinase 3

登録者が定義した集合体
34 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	227.179, 69.771, 148.082
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.610, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase 3 / Mammalian STE20-like protein kinase 2 / MST-2 / STE20-like kinase MST2 / Serine/threonine-protein ...Mammalian STE20-like protein kinase 2 / MST-2 / STE20-like kinase MST2 / Serine/threonine-protein kinase Krs-1 / Serine/threonine-protein kinase 3 36kDa subunit / MST2/N / Serine/threonine-protein kinase 3 20kDa subunit / MST2/C 分子量: 33972.012 Da / 分子数: 6 / 断片: kinase domain, UNP residues 16-313 / 変異: D146N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STK3, KRS1, MST2 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q13188, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.92 %
結晶化	温度: 277 K / pH: 7.7 詳細: 0.2 M sodium citrate, 15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES, pH 7.7, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月25日 / 詳細: MONOCHROMATOR
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.415→140.342 Å / Num. obs: 83850 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 56.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 27.4
Reflection scale	Group code: 1
反射シェル	解像度: 2.42→2.46 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.537 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 91.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3COM

3com

解像度: 2.42→29.83 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.231	1997	2.38 %
R_work	0.193	-	-
obs	0.194	83826	99.49 %
all	-	83949	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.42→29.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13295	0	24	120	13439

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	13457
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.645	18184
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.447	5103
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	2044
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2303

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.42-2.4805	0.3242	134	0.2639	5491	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4805-2.5475	0.3315	140	0.2395	5751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5475-2.6224	0.2793	142	0.2255	5844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6224-2.707	0.2918	144	0.2205	5871	X-RAY DIFFRACTION	100
2.707-2.8037	0.2444	143	0.2193	5840	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8037-2.9159	0.2839	142	0.2188	5854	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9159-3.0485	0.2794	144	0.2176	5854	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0485-3.209	0.2571	142	0.2178	5844	X-RAY DIFFRACTION	100
3.209-3.4098	0.2476	142	0.2094	5849	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4098-3.6726	0.2353	145	0.1917	5893	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6726-4.0414	0.194	142	0.1783	5836	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0414-4.6244	0.2039	145	0.1559	5929	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6244-5.8191	0.217	145	0.181	5947	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8191-29.832	0.2008	147	0.1874	6026	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8081	-0.4366	0.2123	0.1976	-0.0385	0.0837	-0.1725	-0.0458	1.2144	-0.0479	0.0914	-0.6363	-0.4514	-0.0627	0.0031	0.4481	0.0594	0.0433	0.354	0.0165	0.6313	42.0593	53.2538	57.8047
2	0.1005	-0.1272	0.1388	0.1314	-0.0701	0.0122	-0.0056	0.1216	-0.0139	-0.0403	-0.2357	0.0314	-0.0051	-0.5563	-0.0053	0.3838	0.1254	0.0085	0.3422	-0.0151	0.3355	33.5097	42.4624	53.4968
3	0.6374	0.1674	0.3808	0.1353	0.3063	0.8594	-0.0531	0.0143	0.1265	0.0144	0.1213	-0.0506	-0.0467	-0.0711	-0	0.3513	0.0325	0.0664	0.264	0.0154	0.3725	47.7346	34.4728	53.3006
4	0.6591	0.252	-0.1307	0.3072	0.2402	1.156	-0.0284	0.1694	0.2608	-0.1148	0.0495	0.0219	-0.0003	-0.2286	-0	0.335	0.0071	0.0234	0.2773	0.0436	0.2645	42.3363	30.1631	40.0802
5	0.1884	-0.1552	0.2312	0.178	0.0689	0.3977	0.1522	0.1763	-0.3472	0.1897	0.0089	-0.1547	0.6221	0.0554	0.0048	0.5271	-0.0035	0.0154	0.2329	-0.0204	0.3654	47.7923	15.6476	46.5878
6	0.0846	0.1201	0.0593	0.1512	0.1869	0.2721	0.0357	-0.3727	0.4927	0.2074	0	-0.4529	-0.0523	0.1929	0.0101	0.372	-0.0185	0.0501	0.2067	-0.0602	0.5653	60.5004	42.0116	56.7315
7	0.1613	0.1768	0.0966	1.1456	-0.0285	0.236	0.1847	-0.715	-0.3091	-0.1157	-0.209	-0.0646	-0.2093	-0.5951	0.0128	0.495	-0.0694	-0.1107	1.0377	0.0616	0.4002	63.8141	50.608	16.9807
8	1.515	0.6259	-0.3345	1.537	-0.2208	1.2698	0.0001	0.0767	0.0918	-0.0087	-0.0615	0.0432	0.0284	-0.0404	0	0.4081	0.0178	-0.0203	0.4852	0.0648	0.2515	46.266	40.1927	9.1969
9	0.2669	0.132	0.0446	0.1315	0.1176	0.0835	0.0941	1.1083	-0.5586	-0.0537	0.0051	-0.3328	-0.1101	0.2161	0.02	0.7025	0.0204	0.0301	1.2324	0.1437	0.5881	83.4858	45.2975	15.3246
10	0.383	0.0221	0.1981	0.0167	0.0707	0.1618	0.0269	0.4814	0.4153	0.1465	0.3385	-0.0296	0.139	-0.2908	0.0182	0.4442	-0.0944	-0.0749	0.7413	0.2495	0.5827	77.8636	45.4598	29.645
11	0.4546	0.2671	0.1275	0.3696	-0.4728	0.4442	-0.1211	0.4643	0.4617	0.005	0.1374	0.012	-0.0527	0.1623	0.0019	0.3038	0.0186	-0.0438	0.5912	0.1013	0.5091	89.3727	47.5208	34.0918
12	0.0926	-0.1323	0.0599	0.3321	-0.3254	0.3612	-0.0804	0.1754	0.3792	-0.0395	0.168	0.3129	0.1419	0.0136	0	0.3024	0.0254	0.0007	0.3356	-0.0141	0.4513	82.7481	39.4059	46.7156
13	0.1469	-0.1557	0.017	0.0153	-0.0401	0.1056	-0.1318	-0.0673	-0.5908	-0.154	0.0622	-0.4462	-0.1013	0.0197	-0	0.3541	0.0813	-0.0044	0.3846	-0.0239	0.5153	94.9985	34.1239	53.2908
14	0.1594	-0.0385	0.2031	0.1664	0.1341	0.2976	-0.1785	-0.3197	0.8891	0.3205	0.1295	-0.1024	-0.2062	0.1363	-0.0001	0.4917	0.0517	-0.0771	0.4613	-0.1258	0.7463	94.8774	52.4491	53.383
15	-0.011	-0.0516	0.059	0.0443	-0.0793	0.2546	0.4074	0.6146	0.3704	-0.3825	-0.1043	-0.4916	-0.6526	0.1817	-0.0048	0.3902	0.1896	0.0593	0.9575	0.0182	0.5341	102.8393	42.487	25.0079
16	1.114	0.2027	0.1655	-0.0394	0.2062	0.3098	1.0894	-0.0262	-1.9126	0.3926	-0.5771	0.2626	0.4633	-0.6191	0.1455	0.2175	0.5107	0.1567	0.4669	-0.7062	0.8362	89.4304	6.2281	32.1345
17	2.6541	0.4282	-0.5137	0.9611	0.2646	0.8144	0.0868	-0.1119	-0.9696	0.236	-0.0295	-0.4025	0.189	0.0996	0.0299	0.427	0.1072	-0.1335	0.2554	0.0091	0.7671	75.388	8.6867	50.7249
18	0.0064	0.0265	-0.0354	0.0898	0.0152	0.0073	-0.1504	-0.609	-0.7582	0.1719	0.31	-0.0576	0.5533	-0.0161	-0	1.0116	0.0324	0.0448	0.8563	0.0037	1.5645	-3.2449	39.7195	29.4073
19	0.9195	0.0222	-0.6995	0.9181	-0.4747	1.769	-0.2158	1.0256	-0.4893	-0.4806	0.1495	-0.186	0.1291	0.403	-1.2582	0.5981	0.1059	0.0269	1.2159	-0.4755	0.5783	10.5413	57.4215	18.7399
20	0.51	-0.5282	-0.465	0.0275	0.1217	0.823	0.2738	0.3598	-0.3795	-0.0551	-0.2479	0.2565	0.2136	0.1912	0.0132	0.3568	0.1958	-0.0725	0.3676	-0.0786	0.5019	19.676	58.9991	58.0898
21	1.2025	0.6132	0.854	0.9097	0.0497	1.9014	-0.101	0.246	0.0745	-0.0224	0.027	0.1333	-0.1199	0.4233	-0.0033	0.2609	0.0079	0.0302	0.2899	0.063	0.2375	12.6631	80.1211	52.393

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 18 through 63 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 64 through 91 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 92 through 139 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 140 through 235 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 236 through 283 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 284 through 308 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 18 through 84 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 85 through 305 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 18 through 51 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 52 through 84 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 85 through 162 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 163 through 216 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 217 through 248 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 249 through 283 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 284 through 307 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 26 through 106 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 107 through 308 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 18 through 74 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 75 through 302 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 18 through 119 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 120 through 308 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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