PDB-7bx0: Crystal structure of RTT109 from Candida albicans

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bx0

タイトル

Crystal structure of RTT109 from Candida albicans

要素

Histone acetyltransferase RTT109

キーワード

TRANSFERASE / HISTONE / ACETYLATION / DNA REPLICATION / NUCLEOSOME ASSEMBLY / DNA DAMAGE

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of phenotypic switching / negative regulation of filamentous growth of a population of unicellular organisms / filamentous growth of a population of unicellular organisms / histone H3K56 acetyltransferase activity / phenotypic switching / filamentous growth / histone H3 acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida albicans (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Lei, J.H. / Chen, Y.P. / Lu, D.R. / Su, D.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of RTT109 from Candida albicans
著者: Lei, J.H. / Chen, Y.P. / Lu, D.R. / Su, D.

履歴

登録	2020年4月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Database references カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.1	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bx0.cif.gz	153.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bx0.ent.gz	119.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bx0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/7bx0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/7bx0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bx1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4fma-9 4tkn-1 7bxw-d 3r2d-1 5jt8-1 5x42-1 7bwz-d 2jhn-2 4hsb-d 5jt8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (4) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone acetyltransferase RTT109

42.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.356, 69.919, 54.682
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 115.080, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Histone acetyltransferase RTT109 分子量: 42143.918 Da / 分子数: 1 / 変異: S321L,S336L,S339L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母) 株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 遺伝子: RTT109, CAALFM_CR00410WA, CaO19.7491 / プラスミド: pET-Duet1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5AAJ8, histone acetyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.16 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 15~20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 193.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→25.65 Å / Num. obs: 410518 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 21.2 Å² / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 5.615
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / Num. unique obs: 410518 / CC_1/2: 0.95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.5→25.65 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1929	2009	3.67 %
R_work	0.1816	52682	-
obs	0.182	54691	97.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.4 Å² / B_iso mean: 33.2696 Å² / B_iso min: 14.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→25.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2565	0	0	295	2860
B_iso mean	-	-	-	42.52	-
残基数	-	-	-	-	312

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5-1.54	0.246	138	0.2398	3614	3752	94
1.54-1.58	0.2193	144	0.2138	3748	3892	98
1.58-1.63	0.2389	139	0.2096	3753	3892	98
1.63-1.68	0.2208	153	0.2046	3765	3918	99
1.68-1.74	0.2004	134	0.2038	3790	3924	98
1.74-1.81	0.2194	143	0.2027	3785	3928	99
1.81-1.89	0.2163	154	0.1918	3797	3951	99
1.89-1.99	0.1909	140	0.1842	3802	3942	99
1.99-2.12	0.1852	145	0.1806	3842	3987	99
2.12-2.28	0.1719	154	0.1755	3814	3968	99
2.28-2.51	0.197	144	0.1803	3811	3955	100
2.51-2.87	0.1966	147	0.187	3881	4028	100
2.87-3.61	0.2033	148	0.1695	3813	3961	99
3.62-25.65	0.1701	126	0.1728	3467	3593	88

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2833	0.6438	0.7071	1.9652	0.4787	2.4499	-0.0564	0.46	0.0346	-0.4599	0.0386	0.2386	0.1164	-0.1741	-0.054	0.2992	0.0217	-0.0617	0.2681	-0.0069	0.1796	2.6486	35.5827	1.4616
2	1.3888	0.3883	-0.2701	3.0041	0.1223	1.6697	0.0785	-0.1552	0.0122	0.1492	-0.062	-0.3229	0.0231	0.1301	-0.0249	0.1784	0.0252	-0.0105	0.1468	-0.0087	0.1378	15.2342	35.9723	14.0764
3	2.9803	0.2488	0.3825	2.1316	-0.0578	0.9218	0.0224	-0.0653	0.0458	-0.11	-0.0542	-0.119	-0.0015	-0.036	0.0231	0.1508	0.0148	0.0117	0.16	-0.0034	0.1326	13.6876	31.973	10.245
4	1.6654	0.0769	-0.2828	2.0618	-0.2902	0.8134	0.0425	0.1716	0.0856	-0.2645	-0.053	0.0131	-0.0499	-0.0694	0.0272	0.2007	0.0317	0.0063	0.1655	0.0044	0.1091	12.5206	33.8228	4.6545
5	2.0292	-1.1945	0.0141	2.4182	-0.2078	0.5141	-0.038	-0.188	-0.2208	-0.0894	0.0916	0.4312	0.0588	-0.1084	-0.0145	0.191	-0.0136	-0.0285	0.2135	-0.0074	0.246	2.2294	17.2192	10.0977
6	2.2936	0.8858	-1.1516	2.9058	-0.1373	4.1036	-0.0478	-0.1364	-0.3722	0.0506	-0.1394	-0.3651	0.3252	0.2441	0.0739	0.1958	0.0414	0.0343	0.1732	-0.0043	0.2129	19.9313	12.2071	9.1461
7	2.0897	0.9113	1.0849	3.4915	2.4383	6.1217	0.1122	0.023	-0.4527	-0.0428	0.1456	-0.3929	0.3573	0.4747	-0.1051	0.1759	0.0287	0.0232	0.2023	0.0037	0.2123	24.0941	15.9756	10.3295
8	1.5842	0.5069	-0.5982	2.0316	-0.7207	1.2634	0.0283	-0.2771	-0.0291	0.2396	-0.0609	-0.1491	-0.1267	0.0872	0.0337	0.2201	0.0008	-0.0228	0.2278	0.0197	0.1861	18.9398	20.8196	24.267
9	2.269	0.1601	0.0481	1.9579	-0.1527	0.443	0.0038	0.0375	0.2863	-0.0999	0.0048	0.269	-0.0928	-0.1174	-0.0441	0.2375	0.0383	-0.0243	0.2549	-0.0028	0.2115	1.4441	37.5914	9.5636

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 24 )	A	1 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 53 )	A	25 - 53
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 54 through 83 )	A	54 - 83
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 84 through 177 )	A	84 - 177
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 178 through 213 )	A	178 - 213
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 214 through 236 )	A	214 - 236
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 237 through 253 )	A	237 - 253
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 254 through 310 )	A	254 - 310
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 311 through 356 )	A	311 - 356

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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