+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7bx0 | |||||||||
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Title | Crystal structure of RTT109 from Candida albicans | |||||||||
Components | Histone acetyltransferase RTT109 | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / HISTONE / ACETYLATION / DNA REPLICATION / NUCLEOSOME ASSEMBLY / DNA DAMAGE | |||||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of phenotypic switching / negative regulation of filamentous growth of a population of unicellular organisms / filamentous growth of a population of unicellular organisms / histone H3K56 acetyltransferase activity / : / phenotypic switching / histone H3 acetyltransferase activity / filamentous growth / histone acetyltransferase / DNA damage response / nucleus Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Candida albicans (yeast) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.5 Å | |||||||||
Authors | Lei, J.H. / Chen, Y.P. / Lu, D.R. / Su, D. | |||||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of RTT109 from Candida albicans Authors: Lei, J.H. / Chen, Y.P. / Lu, D.R. / Su, D. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7bx0.cif.gz | 154.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7bx0.ent.gz | 119.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7bx0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/7bx0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/7bx0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 42143.918 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: S321L,S336L,S339L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (yeast) Strain: SC5314 / ATCC MYA-2876 / Gene: RTT109, CAALFM_CR00410WA, CaO19.7491 / Plasmid: pET-Duet1 / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: Q5AAJ8, histone acetyltransferase |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 / Details: 0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 15~20% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 193.15 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.9794 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 25, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→25.65 Å / Num. obs: 410518 / % possible obs: 97.9 % / Redundancy: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 21.2 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 5.615 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.53 Å / Num. unique obs: 410518 / CC1/2: 0.95 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.5→25.65 Å / SU ML: 0.12 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.93 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 102.4 Å2 / Biso mean: 33.2696 Å2 / Biso min: 14.22 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.5→25.65 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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