+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7c13 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | beta1 domain-swapped structure of monothiol cGrx1(C16S) | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / glutaredoxin-1 / Grx1 / domain-swapping | |||||||||
Function / homology | ![]() L-methionine:thioredoxin-disulfide S-oxidoreductase activity / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase activity / cell redox homeostasis / protein modification process / electron transfer activity Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Lee, K. / Hwang, K.Y. | |||||||||
Funding support | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() Title: Monothiol and dithiol glutaredoxin-1 from clostridium oremlandii: identification of domain-swapped structures by NMR, X-ray crystallography and HDX mass spectrometry. Authors: Lee, K. / Yeo, K.J. / Choi, S.H. / Lee, E.H. / Kim, B.K. / Kim, S. / Cheong, H.-K. / Lee, W.-K. / Kim, H.-Y. / Hwang, E. / Woo, J.R. / Lee, S.-J. / Hwang, K.Y. | |||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 151.6 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 119.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 448.6 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 451.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 13.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 17.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7c10SC ![]() 7c12C ![]() 4lwjS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 23600.420 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: U16C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: OhILAs / Gene: msrA, Clos_1947 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: A8MI53, peptide-methionine (S)-S-oxide reductase |
---|---|
#2: Protein | Mass: 9669.997 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: U13C, C16S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: OhILAs / Gene: Clos_2129 / Production host: ![]() ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.37 Å3/Da / Density % sol: 77.1 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1M Sodium phosphate/Citric acid pH4.2, 0.4M Potassium phosphate (dibasic)/1.6M Sodium phosphate(monobasic) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Jul 9, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.799→30 Å / Num. obs: 22865 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.153 / Χ2: 1.467 / Net I/σ(I): 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4LWJ, 7C10 Resolution: 2.799→29.838 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.13 / Phase error: 23.62
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 157.95 Å2 / Biso mean: 45.4521 Å2 / Biso min: 12.51 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.799→29.838 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 58.0433 Å / Origin y: -53.5358 Å / Origin z: 25.6022 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|