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- PDB-7bv4: Crystal structure of STX17 LIR region in complex with GABARAP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bv4
タイトルCrystal structure of STX17 LIR region in complex with GABARAP
要素
  • Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
  • Syntaxin-17
キーワードSIGNALING PROTEIN / Autophagy / Synatxin 17 / GABARAP
機能・相同性
機能・相同性情報


endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment organization / smooth endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of Rac protein signal transduction / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / autophagosome-lysosome fusion / autolysosome membrane / vesicle docking / protein localization to phagophore assembly site / SNARE complex ...endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment organization / smooth endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of Rac protein signal transduction / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / autophagosome-lysosome fusion / autolysosome membrane / vesicle docking / protein localization to phagophore assembly site / SNARE complex / SNAP receptor activity / vesicle fusion / GABA receptor binding / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / phosphatidylethanolamine binding / TBC/RABGAPs / COPII-mediated vesicle transport / cellular response to nitrogen starvation / microtubule associated complex / Macroautophagy / autophagosome membrane docking / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / Golgi organization / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / exocytosis / smooth endoplasmic reticulum / autophagosome membrane / axoneme / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / autophagosome assembly / autophagosome maturation / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / protein targeting / beta-tubulin binding / mitophagy / sperm midpiece / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / endomembrane system / autophagosome / SNARE binding / intracellular protein transport / ER to Golgi transport vesicle membrane / GABA-ergic synapse / microtubule cytoskeleton organization / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein transport / actin cytoskeleton / cytoplasmic vesicle / protein phosphatase binding / microtubule binding / chemical synaptic transmission / microtubule / lysosome / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / mitochondrion / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Syntaxin-17 / Syntaxin / Syntaxin/epimorphin, conserved site / Syntaxin / epimorphin family signature. / SNARE / Helical region found in SNAREs / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein / Syntaxin-17
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Li, Y. / Pan, L.F.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31470749 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21621002 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Decoding three distinct states of the Syntaxin17 SNARE motif in mediating autophagosome-lysosome fusion.
著者: Li, Y. / Cheng, X. / Li, M. / Wang, Y. / Fu, T. / Zhou, Z. / Wang, Y. / Gong, X. / Xu, X. / Liu, J. / Pan, L.
履歴
登録2020年4月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
C: Syntaxin-17
B: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
D: Syntaxin-17
E: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
F: Syntaxin-17
G: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
H: Syntaxin-17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,86311
ポリマ－65,5598
非ポリマー3043
水2,342130
1
A: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
C: Syntaxin-17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4823
ポリマ－16,3902
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area7350 Å2
手法PISA
2
B: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
D: Syntaxin-17


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3902
ポリマ－16,3902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1720 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area7070 Å2
手法PISA
3
E: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
F: Syntaxin-17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4963
ポリマ－16,3902
非ポリマー1061
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area7680 Å2
手法PISA
4
G: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
H: Syntaxin-17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4963
ポリマ－16,3902
非ポリマー1061
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1420 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area7640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.943, 42.943, 245.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
Space group name HallP4w
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: -x,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質
Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein / GABA(A) receptor-associated protein / MM46


分子量: 13942.047 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABARAP, FLC3B, HT004 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95166
#2: タンパク質・ペプチド
Syntaxin-17


分子量: 2447.604 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STX17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56962
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.78 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.12M Alcohols, 50% (v/v) Precipitant Mix 4, Buffer System 3 at pH 8.5 in Morpheus screen kit from Molecular Dimension

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97891 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97891 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40.54 Å / Num. obs: 29800 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 22.17 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 2976 / CC1/2: 0.89

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YIR

5yir


解像度: 2→40.54 Å / SU ML: 0.2049 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.1316
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2251 1509 5.06 %
Rwork0.1776 --
obs0.1801 29793 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 29.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4347 0 20 130 4497
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00764510
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88666073
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0588631
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057779
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d29.5073590
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.060.26151140.19322597X-RAY DIFFRACTION99.34
2.06-2.140.27411490.18682580X-RAY DIFFRACTION99.96
2.14-2.220.25861160.18792567X-RAY DIFFRACTION99.93
2.22-2.320.23691350.17512560X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.450.23291360.18462565X-RAY DIFFRACTION99.93
2.45-2.60.2551270.18752602X-RAY DIFFRACTION99.93
2.6-2.80.2671580.19762543X-RAY DIFFRACTION100
2.8-3.080.23161500.19712608X-RAY DIFFRACTION99.89
3.08-3.530.21151310.16852561X-RAY DIFFRACTION99.96
3.53-4.440.18951440.15092573X-RAY DIFFRACTION100
4.44-40.540.2041490.17882581X-RAY DIFFRACTION99.67
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.768297691352.18754294968-1.880530490823.18996028767-2.374942783248.66617595604-0.2626031285840.03423544825320.181786418650.3427250575380.1814149578350.09107631145320.04763456248810.3045272404560.1250004165870.206019758520.0264295819961-0.03179849109740.268968289682-0.01229760679990.17820100663115.21771626012.72838860036-31.5988816021
21.561423505780.204014224191-0.9523003788393.11794775257-0.6089666123242.629430121110.04012706220640.04702400735540.1568121703390.04282725625350.0432070153463-0.071586374516-0.1861907811250.0371295781345-0.09203505377010.100703871398-0.00367899573453-0.02978370514910.13027201311-0.01179894038350.09994978089969.032914032358.24199712417-46.8655852007
33.841328211721.25264304175-0.2940994191774.71376556423-0.4261181441492.63233073469-0.1317474648480.0673956698802-0.33645247832-0.01090774322590.143331497113-0.2154961296870.434775656735-0.02361139632990.03503903406760.1241325509250.012137049396-0.01515016513370.111847480126-0.03171768112060.087281083266612.275831216-0.348690601454-42.6429494076
42.229575237020.03865955751961.932927939858.5904662107-1.473725797079.09729478419-0.239018686577-0.3542072516860.6260564847350.2114698981410.3291078832-0.464808136537-1.14012186076-0.148528038126-0.1287385320780.2236089511170.08209515239340.05302816421370.346225859367-0.0553207824010.2191473844036.2269914690910.990323083-33.6755719913
53.94531581851-3.61328044273-1.152772625643.684068275890.2808381850052.418571261640.404436134592-0.3801380091620.319057864965-0.0968847715507-0.9622898206290.196360435324-0.04997276342920.1145794906990.5973414930020.248315862081-0.01156752143090.07191798351890.4875039484920.009237602418460.39314668843-5.6478956166211.8249815782-44.276460108
66.72033182808-0.0197906138809-0.1491429953597.890020133670.989234545286.95944587725-0.3263522476770.349235880211-0.0818916236791-0.1681446977050.1036640690350.05713042899070.027285527495-0.4883003880340.25476037130.1788247782920.0130009855401-0.01579181922090.2364605189480.03069407750730.0880672267766.25864777379-18.7275081844-24.4181146699
73.29078166289-4.47463609278-3.461705151237.388471115265.047792523775.815239041050.1674000776650.092722967220.262983071841-0.382414084005-0.08154621475880.0960713498741-0.428791705326-0.18397525747-0.06044860660710.134610368779-0.00235547858578-0.04074137099880.1399825831140.03280679952980.1640105250159.71206022602-12.4397739541-14.0718954055
81.4179769772-0.457857622619-0.1380593895762.87313213348-0.1986073019861.08511402858-0.063318906916-0.03626038155780.1618857888070.1089401651140.105321726532-0.130976494462-0.115275265056-0.0603849148375-0.0499036311330.1198399403860.0268123606865-0.02672022032210.1527265558970.01307228212330.097243449241513.8788733535-13.8917967836-6.9382009104
94.65267346576-0.6126468008310.7353906759395.773854638670.4644354589174.69448775879-0.08984283577850.0496723651202-0.234321924542-0.01352691534790.01984802851110.242693732850.4024540659240.1036176753140.09367204520520.0965308223759-0.01988999189170.009565462893070.1039497020.03373767129260.09833741457949.34739341114-21.6336483447-13.2345393976
107.58936914795-1.017519118986.182089760194.42818663187-0.9754462171445.04053011479-0.4179058020730.05126548285630.669755992368-0.124671464970.0869094019514-0.213065727035-1.334789534770.453714004190.1606798400460.310391214281-0.04316125902580.06506081699660.2903149256950.06530719699020.18592321037315.3127185521-10.5328276452-22.3932171914
112.9223640358-1.39319976952-3.07917011613.306528990621.881104179473.68049089774-0.3089824589380.8077136587760.2299300418690.01585462772040.722019552674-0.3064070736310.205984344009-0.207834488627-0.3084262277010.246053365821-0.05831919224610.0894163940270.4273136310430.05865382904520.50771340963426.8533132711-9.74294132999-11.4676213963
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 24 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 90 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 91 through 112 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 169 through 175 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 176 through 183 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 24 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 25 through 47 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 48 through 90 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 91 through 112 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 169 through 175 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 176 through 183 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 1 through 10 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 11 through 24 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 25 through 47 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 48 through 90 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 91 through 98 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 99 through 104 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 105 through 117 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 170 through 175 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 176 through 184 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'G' and (resid 1 through 10 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'G' and (resid 11 through 24 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'G' and (resid 25 through 79 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'G' and (resid 80 through 98 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'G' and (resid 99 through 104 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'G' and (resid 105 through 117 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'H' and (resid 170 through 175 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'H' and (resid 176 through 184 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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