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Yorodumi- PDB-5dpw: Crystal structure of PLEKHM1 LIR in complex with human LC3C_8-125 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5dpw | ||||||
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Title | Crystal structure of PLEKHM1 LIR in complex with human LC3C_8-125 | ||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN BINDING / Autophagy | ||||||
Function / homology | Function and homology information protein exit from endoplasmic reticulum / late endosome to lysosome transport / aggrephagy / autophagosome-lysosome fusion / autolysosome membrane / lysosome localization / cellular response to nitrogen starvation / phosphatidylethanolamine binding / positive regulation of ruffle assembly / autolysosome ...protein exit from endoplasmic reticulum / late endosome to lysosome transport / aggrephagy / autophagosome-lysosome fusion / autolysosome membrane / lysosome localization / cellular response to nitrogen starvation / phosphatidylethanolamine binding / positive regulation of ruffle assembly / autolysosome / Macroautophagy / organelle membrane / autophagosome membrane / autophagosome maturation / autophagosome assembly / autophagosome / positive regulation of bone resorption / endomembrane system / cellular response to starvation / macroautophagy / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / protein transport / late endosome membrane / cytoplasmic vesicle / microtubule / lysosome / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.185 Å | ||||||
Authors | Ravichandran, A.C. / Suzuki, H. / Dobson, R.C.J. | ||||||
Citation | Journal: EMBO Rep. / Year: 2017 Title: Structural and functional analysis of the GABARAP interaction motif (GIM). Authors: Rogov, V.V. / Stolz, A. / Ravichandran, A.C. / Rios-Szwed, D.O. / Suzuki, H. / Kniss, A. / Lohr, F. / Wakatsuki, S. / Dotsch, V. / Dikic, I. / Dobson, R.C. / McEwan, D.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5dpw.cif.gz | 596.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5dpw.ent.gz | 511.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5dpw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5dpw_validation.pdf.gz | 521.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5dpw_full_validation.pdf.gz | 532 KB | Display | |
Data in XML | 5dpw_validation.xml.gz | 35.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5dpw_validation.cif.gz | 49.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/5dpw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/5dpw | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
-Components
#1: Protein | Mass: 13808.062 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: UNP residues 8-125 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MAP1LC3C / Plasmid: pET30 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Bl21(de3) / References: UniProt: Q9BXW4 #2: Protein/peptide | Mass: 1746.782 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: UNP residues 629-642 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PLEKHM1, KIAA0356 / Plasmid: pET30 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Bl21(de3) / References: UniProt: Q9Y4G2 #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.77 Å3/Da / Density % sol: 55.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 278 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9537 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 9, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.185→38.61 Å / Num. obs: 68176 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 6.6 % / Net I/σ(I): 13.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.19→2.24 Å / % possible all: 97.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.185→38.61 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 30.78 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.185→38.61 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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