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- PDB-4qnq: Crystal Structure Analysis of full-length Bcl-XL in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qnq
タイトルCrystal Structure Analysis of full-length Bcl-XL in complex with the inhibitor ABT-263
要素Bcl-2-like protein 1
キーワードAPOPTOSIS/APOPTOSIS inhibitor / ALPHA-HELICAL PROTEIN / APOPTOSIS / APOPTOSIS-APOPTOSIS inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to astaxanthin / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / The NLRP1 inflammasome / response to erythropoietin / cellular response to prolactin / cellular response to erythropoietin / synaptic vesicle recycling via endosome / positive regulation of synaptic vesicle exocytosis / RAS processing / positive regulation of synaptic vesicle clustering ...cellular response to astaxanthin / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / The NLRP1 inflammasome / response to erythropoietin / cellular response to prolactin / cellular response to erythropoietin / synaptic vesicle recycling via endosome / positive regulation of synaptic vesicle exocytosis / RAS processing / positive regulation of synaptic vesicle clustering / BH domain binding / apoptotic process in bone marrow cell / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / negative regulation of execution phase of apoptosis / regulation of mitochondrial membrane permeability / fertilization / regulation of growth / Bcl-2 family protein complex / response to anesthetic / response to cycloheximide / clathrin binding / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / cellular response to alkaloid / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / germ cell development / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / positive regulation of ATP biosynthetic process / negative regulation of anoikis / BH3 domain binding / response to electrical stimulus / cellular response to interleukin-1 / cellular response to dexamethasone stimulus / regulation of synaptic vesicle endocytosis / negative regulation of protein localization to plasma membrane / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / regulation of long-term synaptic depression / cellular response to nitric oxide / response to cytokine / MDM2/MDM4 family protein binding / epithelial cell proliferation / release of cytochrome c from mitochondria / response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to cAMP / response to ischemia / regulation of cytokinesis / regulation of mitochondrial membrane potential / response to hydrogen peroxide / mitochondrion organization / cellular response to amino acid stimulus / cellular response to gamma radiation / response to radiation / cerebral cortex development / response to lead ion / male gonad development / response to peptide hormone / cellular response to xenobiotic stimulus / cellular response to tumor necrosis factor / mitochondrial membrane / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / response to virus / endocytosis / synaptic vesicle / synaptic vesicle membrane / presynapse / channel activity / GTPase binding / response to oxidative stress / neuron apoptotic process / spermatogenesis / regulation of apoptotic process / nuclear membrane / response to lipopolysaccharide / cellular response to hypoxia / in utero embryonic development / negative regulation of neuron apoptotic process / response to hypoxia / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / positive regulation of apoptotic process / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / centrosome / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / membrane
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x ...Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1XJ / Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Korste, A. / Vetter, I.R. / Stoll, R.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure Analysis of full-length Bcl-XL in complex with the inhibitor ABT-263
著者: Korste, A. / Vetter, I.R. / Stoll, R.
履歴
登録2014年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-like protein 1
B: Bcl-2-like protein 1
C: Bcl-2-like protein 1
D: Bcl-2-like protein 1
E: Bcl-2-like protein 1
F: Bcl-2-like protein 1
G: Bcl-2-like protein 1
H: Bcl-2-like protein 1
I: Bcl-2-like protein 1
J: Bcl-2-like protein 1
K: Bcl-2-like protein 1
L: Bcl-2-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)333,95124
ポリマ－322,25612
非ポリマー11,69512
水1,910106
1
A: Bcl-2-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8292
ポリマ－26,8551
非ポリマー9751
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: Bcl-2-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8292
ポリマ－26,8551
非ポリマー9751
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
D: Bcl-2-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8292
ポリマ－26,8551
非ポリマー9751
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
E: Bcl-2-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8292
ポリマ－26,8551
非ポリマー9751
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
F: Bcl-2-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8292
ポリマ－26,8551
非ポリマー9751
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
G: Bcl-2-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8292
ポリマ－26,8551
非ポリマー9751
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
I: Bcl-2-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8292
ポリマ－26,8551
非ポリマー9751
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
J: Bcl-2-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8292
ポリマ－26,8551
非ポリマー9751
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
K: Bcl-2-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8292
ポリマ－26,8551
非ポリマー9751
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
10
L: Bcl-2-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8292
ポリマ－26,8551
非ポリマー9751
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
11
B: Bcl-2-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8292
ポリマ－26,8551
非ポリマー9751
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
H: Bcl-2-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8292
ポリマ－26,8551
非ポリマー9751
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.140, 85.810, 93.640
Angle α, β, γ (deg.)72.94, 67.42, 69.38
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細 (eV)
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J
111K
121L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 2 - 196 / Label seq-ID: 9 - 203

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF
7GG
8HH
9II
10JJ
11KK
12LL

-
要素

#1: タンパク質
Bcl-2-like protein 1 / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 26854.664 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: B2CL1_RAT, Bcl2l1, Bclx, Blc2l / プラスミド: pTXB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P53563
#2: 化合物
ChemComp-1XJ / 4-(4-{[2-(4-chlorophenyl)-5,5-dimethylcyclohex-1-en-1-yl]methyl}piperazin-1-yl)-N-[(4-{[(2R)-4-(morpholin-4-yl)-1-(phenylsulfanyl)butan-2-yl]amino}-3-[(trifluoromethyl)sulfonyl]phenyl)sulfonyl]benzamide


分子量: 974.613 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H55ClF3N5O6S3 / コメント: 抗がん剤, 阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M Calcium Chloride, pH approx. 7.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
PH範囲: approx. 7.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.06997 Å
検出器タイプ: PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月10日
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.06997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.036 Å / Num. obs: 89549 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 6.89
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.3-2.360.541.39192.7
2.36-2.420.4981.57193.1
2.42-2.490.4081.89193.7
2.49-2.570.6182.41199.1
2.57-2.660.5012.96199.4
2.66-2.750.4563.34199.4
2.75-2.850.3514.19199.3
2.85-2.970.2685.25199.6
2.97-3.10.2186.03199.3
3.1-3.250.177.33199.1
3.25-3.430.1358.73199
3.43-3.640.10710.43197.4
3.64-3.890.09111.89196.8
3.89-4.20.07813.57197.4
4.2-4.60.0714.37197
4.6-5.140.06314.56196.7
5.14-5.940.06514.16198
5.94-7.270.0615.91198.6
7.27-10.290.05518.03198.3
10.290.05519.59197

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DA+データ収集
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1r2d

1r2d


解像度: 2.3→85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 9.207 / SU ML: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.373 / ESU R Free: 0.25 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25286 4444 5 %RANDOM
Rwork0.20623 ---
obs0.20851 85104 97.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.066 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.45 Å2-0.27 Å2-1.14 Å2
2---0.17 Å21.21 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14043 0 780 106 14929
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0215246
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0213081
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8471.98420724
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.838329911
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.79551709
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.76523.927769
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.979152317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5781596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.22027
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217020
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023752
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1784.9776908
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.1764.9776907
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.3727.4398593
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2375.5028338
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2160 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.860.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.940.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.760.5
4DMEDIUM POSITIONAL0.780.5
5EMEDIUM POSITIONAL0.70.5
6FMEDIUM POSITIONAL0.690.5
7GMEDIUM POSITIONAL0.810.5
8HMEDIUM POSITIONAL0.850.5
9IMEDIUM POSITIONAL0.770.5
10JMEDIUM POSITIONAL0.680.5
11KMEDIUM POSITIONAL0.730.5
12LMEDIUM POSITIONAL0.770.5
1AMEDIUM THERMAL10.932
2BMEDIUM THERMAL7.172
3CMEDIUM THERMAL7.392
4DMEDIUM THERMAL9.842
5EMEDIUM THERMAL7.52
6FMEDIUM THERMAL8.142
7GMEDIUM THERMAL9.582
8HMEDIUM THERMAL8.82
9IMEDIUM THERMAL9.222
10JMEDIUM THERMAL8.642
11KMEDIUM THERMAL7.082
12LMEDIUM THERMAL14.082
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 297 -
Rwork0.323 5938 -
obs--92.63 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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