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- PDB-7bt5: Crystal structure of plasmodium LysRS complexing with an antitumo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bt5
タイトルCrystal structure of plasmodium LysRS complexing with an antitumor compound
要素Lysine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / protein translation / lysyl-tRNA synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / nucleic acid binding / tRNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacterial/eukaryotic lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. ...Bacterial/eukaryotic lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F6O / LYSINE / Lysine--tRNA ligase / Lysine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.493 Å
データ登録者Zhou, J. / Wang, J. / Fang, P.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21778067 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21778064 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21977107 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21977108 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Inhibition of Plasmodium falciparum Lysyl-tRNA synthetase via an anaplastic lymphoma kinase inhibitor.
著者: Zhou, J. / Huang, Z. / Zheng, L. / Hei, Z. / Wang, Z. / Yu, B. / Jiang, L. / Wang, J. / Fang, P.
履歴
登録2020年3月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine--tRNA ligase
B: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,0186
ポリマ－119,5622
非ポリマー1,4564
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9030 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area39640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.749, 166.401, 70.918
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 78 through 80 or (resid 81...
21(chain B and (resid 78 through 96 or (resid 97...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 78 through 80 or (resid 81...A78 - 80
121(chain A and (resid 78 through 80 or (resid 81...A81 - 82
131(chain A and (resid 78 through 80 or (resid 81...A1 - 581
141(chain A and (resid 78 through 80 or (resid 81...A1 - 581
151(chain A and (resid 78 through 80 or (resid 81...A1 - 581
161(chain A and (resid 78 through 80 or (resid 81...A1 - 581
211(chain B and (resid 78 through 96 or (resid 97...B78 - 96
221(chain B and (resid 78 through 96 or (resid 97...B97
231(chain B and (resid 78 through 96 or (resid 97...B2 - 581
241(chain B and (resid 78 through 96 or (resid 97...B0
251(chain B and (resid 78 through 96 or (resid 97...B2 - 581
261(chain B and (resid 78 through 96 or (resid 97...B118
271(chain B and (resid 78 through 96 or (resid 97...B2 - 581
281(chain B and (resid 78 through 96 or (resid 97...B2 - 581
291(chain B and (resid 78 through 96 or (resid 97...B2 - 581
2101(chain B and (resid 78 through 96 or (resid 97...B2 - 581
2111(chain B and (resid 78 through 96 or (resid 97...B2 - 581
2121(chain B and (resid 78 through 96 or (resid 97...B2 - 581

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要素

#1: タンパク質 Lysine--tRNA ligase / Lysyl-tRNA synthetase


分子量: 59781.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: W7F9C1, UniProt: Q8IDJ8*PLUS, lysine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#3: 化合物 ChemComp-F6O / N4-[2-methoxy-4-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidin-1-yl]phenyl]-N2-(2-propan-2-ylsulfonylphenyl)-1,3,5-triazine-2,4-diamine / ASP-3026


分子量: 580.745 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H40N8O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.12 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: MES pH 6.0, PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→84.28 Å / Num. obs: 41176 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 55.08 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 12.7 / Num. measured all: 299352
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.49-2.637.50.7324475759370.8520.2820.7852.7100
7.88-84.286.20.056888614410.9960.0240.06125.899.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YCV

4ycv


解像度: 2.493→50 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2371 2005 4.88 %
Rwork0.2127 --
obs0.214 41090 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 157.99 Å2 / Biso mean: 68.0121 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.493→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7672 0 82 133 7887
Biso mean--58.54 57.26 -
残基数----969
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4331X-RAY DIFFRACTION10.183TORSIONAL
12B4331X-RAY DIFFRACTION10.183TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4934-2.58250.36951780.30393860100
2.5825-2.68590.31612000.26963854100
2.6859-2.80810.29642100.26173856100
2.8081-2.95620.31442140.26053855100
2.9562-3.14130.30741960.26253847100
3.1413-3.38380.28661980.23783915100
3.3838-3.72420.26632000.22413884100
3.7242-4.26280.22932020.19013923100
4.2628-5.36950.18371990.16843979100
5.3695-46.890.18452080.198411299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.71560.19270.10571.8216-0.35380.7381-0.07670.1336-0.0473-0.41640.09850.11530.0293-0.0051-0.02070.4398-0.0534-0.0450.4533-0.0350.3632-24.706329.3101-19.7839
20.82320.37940.0082.2469-0.59121.3070.0417-0.1121-0.04040.2724-0.07160.0042-0.2190.08510.02690.3325-0.0099-0.02130.442-0.01070.3288-22.458236.59224.9894
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 78 through 581)A78 - 581
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 78 through 581)B78 - 581

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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