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- PDB-6m0t: Crystal Structure of Lysyl-tRNA Synthetase from Plasmodium falcip... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6m0t | ||||||
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Title | Crystal Structure of Lysyl-tRNA Synthetase from Plasmodium falciparum complexed with L-lysine and Cladosporin derivative (CL-2) | ||||||
![]() | Lysine--tRNA ligase | ||||||
![]() | LIGASE/LIGASE INHIBITOR / Cladosporin analog / Stereochemistry / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() ATP:ADP adenylyltransferase activity / lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / positive regulation of macrophage activation / tRNA binding / mitochondrion / extracellular space ...ATP:ADP adenylyltransferase activity / lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / positive regulation of macrophage activation / tRNA binding / mitochondrion / extracellular space / ATP binding / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Babbar, P. / Sharma, A. / Manickam, Y. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Design, Synthesis, and Structural Analysis of Cladosporin-Based Inhibitors of Malaria Parasites. Authors: Babbar, P. / Das, P. / Manickam, Y. / Mankad, Y. / Yadav, S. / Parvez, S. / Sharma, A. / Reddy, D.S. #1: ![]() Title: Structural basis of malaria parasite lysyl-tRNA synthetase inhibition by cladosporin. Authors: Khan, S. / Sharma, A. / Belrhali, H. / Yogavel, M. / Sharma, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 677.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.5 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 68.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 92.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4pg3S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 58706.934 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-LYS / #3: Chemical | ChemComp-EZ3 / ( #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.03 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.1M Carboxylic acids,0.1 M Buffer System1 6.5- Imidazole and MES monohydrate, 50%v/v Precipitant Mix - 25% v/vMPD, 25% PEG 1000, 25% w/V PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 293.14 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: May 25, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97626 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.68→36.841 Å / Num. obs: 72044 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 12.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 12.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.68→7.26 Å / Rmerge(I) obs: 1.664 / Num. unique obs: 3514 / CC1/2: 0.501 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4PG3 Resolution: 2.68→36.841 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.83 Details: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 191.92 Å2 / Biso mean: 70 Å2 / Biso min: 30 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.68→36.841 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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