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- PDB-7bsc: Complex structure of 1G5.3 Fab bound to DENV2 NS1c -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bsc
タイトルComplex structure of 1G5.3 Fab bound to DENV2 NS1c
要素
  • 1G5.3 Fab Heavy Chain
  • 1G5.3 Fab Light Chain
  • Non-structural protein 1
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Dengue virus / NS1 / antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-structural protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Song, H. / Qi, J. / Gao, F.G.
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: A broadly protective antibody that targets the flavivirus NS1 protein.
著者: Modhiran, N. / Song, H. / Liu, L. / Bletchly, C. / Brillault, L. / Amarilla, A.A. / Xu, X. / Qi, J. / Chai, Y. / Cheung, S.T.M. / Traves, R. / Setoh, Y.X. / Bibby, S. / Scott, C.A.P. / ...著者: Modhiran, N. / Song, H. / Liu, L. / Bletchly, C. / Brillault, L. / Amarilla, A.A. / Xu, X. / Qi, J. / Chai, Y. / Cheung, S.T.M. / Traves, R. / Setoh, Y.X. / Bibby, S. / Scott, C.A.P. / Freney, M.E. / Newton, N.D. / Khromykh, A.A. / Chappell, K.J. / Muller, D.A. / Stacey, K.J. / Landsberg, M.J. / Shi, Y. / Gao, G.F. / Young, P.R. / Watterson, D.
履歴
登録2020年3月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 1
H: 1G5.3 Fab Heavy Chain
L: 1G5.3 Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6663
ポリマ－68,6663
非ポリマー00
水9,548530
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4930 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area27230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.861, 80.980, 264.754
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Space group name HallP22ab(y,z,x)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y,-z+1/2
#3: -x,y,-z
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Non-structural protein 1


分子量: 20488.199 Da / 分子数: 1 / 断片: NS1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6TFL7
#2: 抗体 1G5.3 Fab Heavy Chain


分子量: 24405.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 1G5.3 Fab Light Chain


分子量: 23772.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 530 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M DL-Malic acid pH 7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 39747 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 25.11 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Num. unique obs: 3632 / CC1/2: 0.992

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4O6B

4o6b


解像度: 2.31→44.32 Å / SU ML: 0.2013 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.8178
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2369 1978 5.03 %
Rwork0.2054 --
obs0.207 39329 96.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→44.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4715 0 0 530 5245
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00364840
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6836585
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.2756727
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038839
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.11541768
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.31-2.360.28481220.23722444X-RAY DIFFRACTION90.32
2.36-2.430.26411400.23322563X-RAY DIFFRACTION93.98
2.43-2.50.2491210.23872540X-RAY DIFFRACTION93.04
2.5-2.580.3281380.23662598X-RAY DIFFRACTION95.4
2.58-2.670.28441440.24252570X-RAY DIFFRACTION94.14
2.67-2.780.26541400.23812644X-RAY DIFFRACTION95.93
2.78-2.910.25931380.23062604X-RAY DIFFRACTION95.67
2.91-3.060.24191360.22262630X-RAY DIFFRACTION95.88
3.06-3.250.24761390.21552701X-RAY DIFFRACTION96.5
3.25-3.50.24941390.2072731X-RAY DIFFRACTION98.36
3.5-3.850.21661680.1962734X-RAY DIFFRACTION99.38
3.85-4.410.20191460.17232778X-RAY DIFFRACTION99.46
4.41-5.560.19441460.15762826X-RAY DIFFRACTION99.3
5.56-44.320.22311610.20612988X-RAY DIFFRACTION98.78
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4199409352140.0754117976543-0.3804079220390.4631862806120.09181747764771.626262683820.0210048050218-0.105932497536-0.02511792329860.1026292070380.0196878468791-0.001600084595660.01790674266880.124620090116-0.03584624586360.180068017743-0.004278254282630.001182951816110.1938058289460.008862676247160.1363888561994.93078628022-34.4313966265-20.224669013
20.336940153743-0.05978599156620.142778919850.283559976742-0.2152637017180.7154113464510.04768209423170.02349425470590.008420251359830.0318561849971-0.01080606203690.0480057181025-0.1037419546120.0579426618774-0.03274108536780.158647243354-0.00535859213930.01329955158210.127242565409-0.01742735866910.20331842808411.9799997508-13.7933351293-64.5421489665
30.2379404049680.100414295023-0.2635899266930.163905796302-0.1636111016491.045994381290.0142911368822-0.01095412036580.0437660969484-0.0227834501358-0.0172840466494-0.0127973503850.0288443445170.09000107409680.007634195048550.1598617709670.0192052302418-0.001999621917860.173581931445-0.006729873210130.22230214400525.0311848719-24.5468871519-70.9046998588
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain H
3X-RAY DIFFRACTION3chain L

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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