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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7bre | |||||||||
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Title | The crystal structure of MLL2 in complex with ASH2L and RBBP5 | |||||||||
![]() |
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![]() | PROTEIN BINDING / Histone methyltransferase / MLL2 complex / MLL2 / RBBP5 / ASH2L / histone methylation / epigenetics / non-histone substrate / P53 | |||||||||
Function / homology | ![]() [histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / unmethylated CpG binding / histone H3K4 trimethyltransferase activity / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / histone H3K4 methyltransferase activity / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes ...[histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / unmethylated CpG binding / histone H3K4 trimethyltransferase activity / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / histone H3K4 methyltransferase activity / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / hemopoiesis / MLL1 complex / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / euchromatin / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / PKMTs methylate histone lysines / beta-catenin binding / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / response to estrogen / Neddylation / histone binding / methylation / transcription cis-regulatory region binding / DNA damage response / positive regulation of cell population proliferation / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Li, Y. / Zhao, L. / Chen, Y. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal Structure of MLL2 Complex Guides the Identification of a Methylation Site on P53 Catalyzed by KMT2 Family Methyltransferases. Authors: Li, Y. / Zhao, L. / Tian, X. / Peng, C. / Gong, F. / Chen, Y. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 313.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 253.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 28.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 38.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 20597.355 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 286-402 and UNP residues 445-504 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 19037.148 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q9UMN6, [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase #3: Protein/peptide | Mass: 3255.321 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #4: Chemical | #5: Chemical | Has ligand of interest | N | Sequence details | Authors made a construct of ASH2L (Q9UBL3-3) that delete a loop deletion from 402-445, and the loop ...Authors made a construct of ASH2L (Q9UBL3-3) that delete a loop deletion from 402-445, and the loop is replaced by a linker sequence (ISGRGS). | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 46.92 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.1M Ammonium tartrate dibasic pH 7.0, 12%(w/v) Polyethylene glycol 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Dec 28, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9785 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.8→50 Å / Num. obs: 21457 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.159 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.173 / Χ2: 0.631 / Net I/σ(I): 3.4 / Num. measured all: 142941 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3TOJ,5F6E Resolution: 2.803→37.833 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 26.25
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 122.34 Å2 / Biso mean: 52.2977 Å2 / Biso min: 13.43 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.803→37.833 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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