+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6gye | ||||||
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Title | Crystal structure of NadR protein in complex with NR | ||||||
Components | Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase NadR family / Ribosylnicotinamide kinase | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / vitamin transport / phosphorylation / NAD+ / NadR | ||||||
Function / homology | Function and homology information ribosylnicotinamide kinase activity / nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase activity / NAD biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Lactococcus lactis subsp. cremoris (lactic acid bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Singh, R. / Stetsenko, A. / Jaehme, M. / Guskov, A. / Slotboom, D.J. | ||||||
Citation | Journal: Molecules / Year: 2020 Title: Structural and Functional Characterization of NadR fromLactococcus lactis. Authors: Stetsenko, A. / Singh, R. / Jaehme, M. / Guskov, A. / Slotboom, D.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6gye.cif.gz | 324 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6gye.ent.gz | 267.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6gye.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6gye_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6gye_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 6gye_validation.xml.gz | 30.4 KB | Display | |
Data in CIF | 6gye_validation.cif.gz | 43.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/6gye ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/6gye | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6gyfC 6gzoC 1lw7S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 44118.172 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lactococcus lactis subsp. cremoris (lactic acid bacteria) Gene: NCDO763_1675 / Production host: Escherichia coli MC1061 (bacteria) / References: UniProt: A0A165F602 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.38 Å3/Da / Density % sol: 71.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 1M (NH4)2SO4, 100mM Na Citrate, 10mM MgCl2 and 10% glucose |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 0.87 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Apr 30, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.87 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→47.37 Å / Num. obs: 70447 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/av σ(I): 12.47 / Net I/σ(I): 10.99 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.4 Å / Redundancy: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 2.98 / Mean I/σ(I) obs: 0.87 / Num. unique obs: 8304 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1LW7 Resolution: 2.3→47.363 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 22.74
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→47.363 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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