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- PDB-7bqf: Dimerization of SAV1 WW tandem -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bqf
タイトルDimerization of SAV1 WW tandem
要素Protein salvador homolog 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Hippo pathway / WW domain / SAV1
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by Hippo / intestinal epithelial cell differentiation / regulation of stem cell population maintenance / positive regulation of hippo signaling / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / lung epithelial cell differentiation / hippo signaling / regulation of organ growth / transcription regulator activator activity / ventricular septum morphogenesis ...Signaling by Hippo / intestinal epithelial cell differentiation / regulation of stem cell population maintenance / positive regulation of hippo signaling / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / lung epithelial cell differentiation / hippo signaling / regulation of organ growth / transcription regulator activator activity / ventricular septum morphogenesis / hair follicle development / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of fat cell differentiation / keratinocyte differentiation / protein serine/threonine kinase activator activity / negative regulation of epithelial cell proliferation / molecular adaptor activity / protein stabilization / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / apoptotic process / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Scaffold protein salvador / SARAH domain / SARAH domain profile. / WW domain / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / Protein salvador homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.70037617383 Å
データ登録者Lin, Z. / Zhang, M.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC) 香港
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: A WW Tandem-Mediated Dimerization Mode of SAV1 Essential for Hippo Signaling.
著者: Lin, Z. / Xie, R. / Guan, K. / Zhang, M.
履歴
登録2020年3月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein salvador homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8362
ポリマ－10,7481
非ポリマー881
水1,18966
1
A: Protein salvador homolog 1
ヘテロ分子

A: Protein salvador homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6724
ポリマ－21,4962
非ポリマー1762
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
Buried area3610 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area10540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.715, 46.715, 83.151
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Protein salvador homolog 1 / 45 kDa WW domain protein / mWW45


分子量: 10747.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sav1, Ww45, Wwp3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8VEB2
#2: 化合物 ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE


分子量: 88.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.53 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2% v/v 1,4-Dioxane, 20% w/v PEG 3350 and 100 mM Tris-HCl (pH 8.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月11日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 11842 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.9 % / Biso Wilson estimate: 27.9061568136 Å2 / CC1/2: 0.95 / Net I/σ(I): 48.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Num. unique obs: 602 / CC1/2: 0.95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692+SVN精密化
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YSB, 2DWV

2ysb

2dwv


解像度: 1.70037617383→27.717 Å / SU ML: 0.20145332907 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.2569718824
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219879832605 1194 10.0827562912 %
Rwork0.195975016281 --
obs0.198462671177 11842 98.1760902006 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 36.7549876993 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.70037617383→27.717 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数694 0 6 66 766
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00678832420286733
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9711845803881007
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043095726311396
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00635232196708132
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7129014355266
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7004-1.76840.2921507793561230.2392375365281104X-RAY DIFFRACTION93.5926773455
1.7684-1.84890.2565163353821260.2215030039821136X-RAY DIFFRACTION95.751138088
1.8489-1.94640.2847543751931300.2166896990021153X-RAY DIFFRACTION97.1233913702
1.9464-2.06830.2327877277331300.2095295791361162X-RAY DIFFRACTION98.4756097561
2.0683-2.22790.277071749271310.202432583541182X-RAY DIFFRACTION99.4696969697
2.2279-2.4520.2572295471331320.2089411064951194X-RAY DIFFRACTION99.4748687172
2.452-2.80650.2321225817961360.2150901519471203X-RAY DIFFRACTION99.9253731343
2.8065-3.53470.2103166617581420.2095141887621226X-RAY DIFFRACTION100
3.5347-27.70.1864627490861440.1691176916711288X-RAY DIFFRACTION99.652052888
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.76667466183 Å / Origin y: -8.05053562377 Å / Origin z: 22.7085063647 Å
111213212223313233
T0.194777051606 Å2-0.0104941726198 Å20.0129581478542 Å2-0.186988306889 Å20.0454841959731 Å2--0.180139383345 Å2
L1.04895608906 °20.510029215002 °20.0679922630015 °2-4.60134985755 °21.09623841422 °2--2.21128349477 °2
S0.0388635268529 Å °0.00342381169159 Å °-0.0566652312404 Å °0.144115038928 Å °0.135348547784 Å °-0.0196496654009 Å °0.0865220870935 Å °-0.232268321447 Å °-0.108139127858 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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