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万見
- PDB-1yfn: Versatile modes of peptide recognition by the AAA+ adaptor protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yfn
タイトルVersatile modes of peptide recognition by the AAA+ adaptor protein SspB- the crystal structure of a SspB-RseA complex
要素
  • Sigma-E factor negative regulatory protein
  • Stringent starvation protein B
キーワードPROTEIN BINDING / protein-peptide complex / sspB / rseA
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of proteolysis involved in protein catabolic process / sigma factor antagonist activity / HslUV protease complex / sigma factor antagonist complex / positive regulation of ATP-dependent activity / response to stress / membrane => GO:0016020 / positive regulation of protein catabolic process / ATPase binding / molecular adaptor activity ...positive regulation of proteolysis involved in protein catabolic process / sigma factor antagonist activity / HslUV protease complex / sigma factor antagonist complex / positive regulation of ATP-dependent activity / response to stress / membrane => GO:0016020 / positive regulation of protein catabolic process / ATPase binding / molecular adaptor activity / ribosome / negative regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / RNA binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sigma-E factor negative regulatory protein RseA / Anti sigma-E protein RseA, N-terminal / Anti sigma-E protein RseA, C-terminal / Anti sigma-E protein RseA, N-terminal domain superfamily / : / Anti sigma-E protein RseA, N-terminal domain / Anti sigma-E protein RseA, C-terminal domain / SspB-like / Stringent starvation protein B / SspB-like superfamily ...Sigma-E factor negative regulatory protein RseA / Anti sigma-E protein RseA, N-terminal / Anti sigma-E protein RseA, C-terminal / Anti sigma-E protein RseA, N-terminal domain superfamily / : / Anti sigma-E protein RseA, N-terminal domain / Anti sigma-E protein RseA, C-terminal domain / SspB-like / Stringent starvation protein B / SspB-like superfamily / Stringent starvation protein B / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Anti-sigma-E factor RseA / Stringent starvation protein B / Anti-sigma-E factor RseA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Levchenko, I. / Grant, R.A. / Flynn, J.M. / Sauer, R.T. / Baker, T.A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Versatile modes of peptide recognition by the AAA+ adaptor protein SspB
著者: Levchenko, I. / Grant, R.A. / Flynn, J.M. / Sauer, R.T. / Baker, T.A.
履歴
登録2005年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stringent starvation protein B
B: Stringent starvation protein B
C: Stringent starvation protein B
D: Stringent starvation protein B
E: Sigma-E factor negative regulatory protein
F: Sigma-E factor negative regulatory protein
G: Sigma-E factor negative regulatory protein
H: Sigma-E factor negative regulatory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5658
ポリマ－67,5658
非ポリマー00
水3,873215
1
A: Stringent starvation protein B
B: Stringent starvation protein B
E: Sigma-E factor negative regulatory protein
F: Sigma-E factor negative regulatory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7824
ポリマ－33,7824
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area12410 Å2
手法PISA
2
C: Stringent starvation protein B
D: Stringent starvation protein B
G: Sigma-E factor negative regulatory protein
H: Sigma-E factor negative regulatory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7824
ポリマ－33,7824
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area12180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.647, 60.533, 88.576
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細two separate biological assemblies are represented in the asymmetric unit unit 1 = chains a,b,e and f unit 2 = chains c,d,g and h

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要素

#1: タンパク質
Stringent starvation protein B


分子量: 13168.947 Da / 分子数: 4 / 断片: SspB peptide-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AFZ3
#2: タンパク質・ペプチド
Sigma-E factor negative regulatory protein


分子量: 3722.297 Da / 分子数: 4 / 断片: RseA N-terminal fragment / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence corresponds to residues 77 - 108 of E. coli protein RseA.
参照: UniProt: P38106, UniProt: P0AFX7*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.2 M Sodium Formate, 10 mM Magnesium Chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 8-BM / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月10日
放射モノクロメーター: silicon crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→88 Å / Num. all: 61339 / Num. obs: 57718 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 6.93 % / Biso Wilson estimate: 12.3 Å2 / Rsym value: 0.069
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OU8 dimer with peptide removed

1ou8


解像度: 1.8→29.43 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 710221.61 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 5796 10 %RANDOM
Rwork0.234 ---
all0.241 61339 --
obs0.241 57718 84.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.5687 Å2 / ksol: 0.37305 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å20 Å25.87 Å2
2---2.15 Å20 Å2
3---2.52 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3947 0 0 215 4162
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 832 10.3 %
Rwork0.311 7272 -
obs--71.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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