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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bnh | ||||||
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タイトル | Complex structure at atomic resolution of SH3b domain with benzoic acid | ||||||
![]() | Lysostaphin | ||||||
![]() | CELL ADHESION / CELL WALL TARGETING/BINDING / CWT / SH3 / COMPLEX / BENZOIC ACID / Staphylococcus simulans | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Malecki, P.H. / Sabala, I. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Complex structure of SH3b domain with benzoic acid 著者: Malecki, P.H. / Sabala, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 172.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 139.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 693.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 693.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5leoS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 10819.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: HMPREF3215_01322 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 462分子 ![](data/chem/img/BEZ.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-BEZ / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||||||
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MES / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.37 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: counter-diffusion / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 30% PEG 5K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月29日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 0.84→37.501 Å / Num. obs: 141746 / % possible obs: 83.7 % / 冗長度: 3.776 % / Biso Wilson estimate: 6.63 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.028 / Rrim(I) all: 0.032 / Χ2: 0.954 / Net I/σ(I): 27.6 / Num. measured all: 535196 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5LEO 解像度: 0.84→17.21 Å / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 9.24 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 126.17 Å2 / Biso mean: 13.8033 Å2 / Biso min: 0.12 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 0.84→17.21 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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