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- PDB-7bnh: Complex structure at atomic resolution of SH3b domain with benzoi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bnh
タイトルComplex structure at atomic resolution of SH3b domain with benzoic acid
要素Lysostaphin
キーワードCELL ADHESION / CELL WALL TARGETING/BINDING / CWT / SH3 / COMPLEX / BENZOIC ACID / Staphylococcus simulans
機能・相同性
機能・相同性情報


lysostaphin / metallopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
Bacterial SH3 domain / SH3b domain profile. / Bacterial SH3 domain homologues / SH3-like domain, bacterial-type / Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / lysostaphin
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus simulans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.84 Å
データ登録者Malecki, P.H. / Sabala, I.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Foundation for Polish SciencePOIR.04.04.00-00-3D8D/16-00 ポーランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Complex structure of SH3b domain with benzoic acid
著者: Malecki, P.H. / Sabala, I.
履歴
登録2021年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysostaphin
B: Lysostaphin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,57412
ポリマ－21,6382
非ポリマー93610
水8,143452
1
A: Lysostaphin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3457
ポリマ－10,8191
非ポリマー5256
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lysostaphin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2295
ポリマ－10,8191
非ポリマー4104
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.954, 54.781, 51.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.400, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lysostaphin


分子量: 10819.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus simulans (バクテリア)
遺伝子: HMPREF3215_01322 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A133QQ41, lysostaphin

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非ポリマー , 6種, 462分子

#2: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID


分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: counter-diffusion / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 30% PEG 5K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.84→37.501 Å / Num. obs: 141746 / % possible obs: 83.7 % / 冗長度: 3.776 % / Biso Wilson estimate: 6.63 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.028 / Rrim(I) all: 0.032 / Χ2: 0.954 / Net I/σ(I): 27.6 / Num. measured all: 535196
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
0.84-0.892.350.1325.31157802732267160.9680.16724.6
0.89-0.963.1960.0929.516580325636205920.9890.1180.3
0.96-1.033.7920.06315.68974423979236670.9950.07398.7
1.03-1.133.9320.03925.148465521989215290.9980.04697.9
1.13-1.264.0270.03332.047942519967197240.9980.03898.8
1.26-1.463.9350.0335.966731117575171040.9990.03597.3
1.46-1.794.1240.02743.416125414923148530.9990.03199.5
1.79-2.523.8370.02647.564274911533111420.9990.0396.6
2.52-37.5014.4360.02554.1928475646764190.9990.02899.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19rc6精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LEO

5leo


解像度: 0.84→17.21 Å / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 9.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1012 2100 1.48 %
Rwork0.0852 139623 -
obs0.0854 141723 83.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 126.17 Å2 / Biso mean: 13.8033 Å2 / Biso min: 0.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 0.84→17.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1532 0 105 559 2196
Biso mean--14.15 21.42 -
残基数----192
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
0.84-0.860.1276170.15621125114210
0.86-0.880.1379500.14233341339130
0.88-0.910.1553880.12485822591053
0.91-0.930.12611320.11258831896380
0.93-0.960.10771660.1005110141118099
0.96-10.11741660.097110061117299
1-1.040.09711630.0895108481101198
1.04-1.090.09431620.0785107541091697
1.09-1.140.0871660.0718110581122499
1.14-1.220.08021660.0728110331119999
1.22-1.310.08861620.0774107921095497
1.31-1.440.09821640.0781108501101498
1.44-1.650.08451670.08041110911276100
1.65-2.080.10631660.0829110381120499
2.08-17.210.10981650.0894110021116797

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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