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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bjy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRDT bound to Ro3280 | ||||||
![]() | Isoform 2 of Bromodomain testis-specific protein | ||||||
![]() | GENE REGULATION / Bromodomain / kinase / Ro3280 | ||||||
機能・相同性 | ![]() sperm DNA condensation / male meiotic nuclear division / male meiosis I / regulation of RNA splicing / histone reader activity / RNA splicing / lysine-acetylated histone binding / mRNA processing / histone binding / transcription coactivator activity ...sperm DNA condensation / male meiotic nuclear division / male meiosis I / regulation of RNA splicing / histone reader activity / RNA splicing / lysine-acetylated histone binding / mRNA processing / histone binding / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chan, A. / Karim, M.R. / Schonbrunn, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Differential BET Bromodomain Inhibition by Dihydropteridinone and Pyrimidodiazepinone Kinase Inhibitors. 著者: Karim, R.M. / Bikowitz, M.J. / Chan, A. / Zhu, J.Y. / Grassie, D. / Becker, A. / Berndt, N. / Gunawan, S. / Lawrence, N.J. / Schonbrunn, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 86.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5v67C ![]() 5vboC ![]() 5vbpC ![]() 5vbqC ![]() 5vbrC ![]() 7k6gC ![]() 7k6hC ![]() 7ko0C ![]() 7l6dC ![]() 7l72C ![]() 7l73SC ![]() 7l9gC ![]() 7l9jC ![]() 7l9kC ![]() 7l9lC ![]() 7lahC ![]() 7laiC ![]() 7lajC ![]() 7lakC ![]() 7lauC ![]() 7layC ![]() 7lazC ![]() 7lb4C ![]() 7lbtC ![]() 7lejC ![]() 7lekC ![]() 7lelC ![]() 7lemC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13319.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.79 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH5.5, 25% w/v PEG 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月21日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.22→42.254 Å / Num. obs: 20864 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 21.146 % / Biso Wilson estimate: 46.06 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rrim(I) all: 0.135 / Χ2: 1.098 / Net I/σ(I): 19.24 / Num. measured all: 441196 / Scaling rejects: 180 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7L73 解像度: 2.22→42.254 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.51 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 135.63 Å2 / Biso mean: 53.4485 Å2 / Biso min: 27.96 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.22→42.254 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 13.256 Å / Origin y: 14.0217 Å / Origin z: 15.4455 Å
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精密化 TLSグループ |
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