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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bji | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Danio rerio centrosomal protein Cep135 coiled-coil fragment 64-190 | ||||||
要素 | Centrosomal protein of 135 kDa | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / centriole / centrosome / coiled coil / pinehead / alpha helix | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / : / : / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / : / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / centriole-centriole cohesion / centriole replication / centriole / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.58 Å | ||||||
データ登録者 | Li, Q. / Hatzopoulos, G. / Iller, O. / Vakonakis, I. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of the Danio rerio centrosomal protein Cep135 coiled-coil fragment 64-190 著者: Li, Q. / Hatzopoulos, G. / Iller, O. / Vakonakis, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7bji.cif.gz | 166.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7bji.ent.gz | 133.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7bji.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/7bji ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/7bji | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 14984.168 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: cep135, si:dkeyp-117h8.1 / プラスミド: pFLOAT / 詳細 (発現宿主): pET30a derivative / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5RG45 |
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-非ポリマー , 5種, 18分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PGE / | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.28 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 15 mg/ml DrCep135 64-190 in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.5 mM TCEP; 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 15% w/v PEG 4000, pH 4 mother liquor; 1:2 protein / mother liquor ratio, 300nl drops |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.58→89.97 Å / Num. obs: 28078 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 87.85 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 12.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.58→2.62 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1392 / CC1/2: 0.5 / Rrim(I) all: 1.9 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.58→63.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU R Cruickshank DPI: 0.257 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.249 / SU Rfree Blow DPI: 0.203 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.209
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原子変位パラメータ | Biso mean: 124.39 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.42 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.58→63.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.58→2.6 Å / Total num. of bins used: 50
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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