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- PDB-7bii: Crystal structure of Nematocida HUWE1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bii
タイトルCrystal structure of Nematocida HUWE1
要素E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
キーワードLIGASE / HECT E3 ligase / ubiquitin / protein quality control
機能・相同性
機能・相同性情報


HECT-type E3 ubiquitin transferase / Golgi organization / base-excision repair / protein polyubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / membrane fusion / Golgi membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF908 / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF913 / Domain of Unknown Function (DUF908) / Domain of Unknown Function (DUF913) / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
HECT-type E3 ubiquitin transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Nematocida sp. ERTm5 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.037 Å
データ登録者Grabarczyk, D.B. / Petrova, O.A. / Meinhart, A. / Kessler, D. / Clausen, T.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science Fund オーストリア
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: HUWE1 employs a giant substrate-binding ring to feed and regulate its HECT E3 domain.
著者: Grabarczyk, D.B. / Petrova, O.A. / Deszcz, L. / Kurzbauer, R. / Murphy, P. / Ahel, J. / Vogel, A. / Gogova, R. / Faas, V. / Kordic, D. / Schleiffer, A. / Meinhart, A. / Imre, R. / Lehner, A. ...著者: Grabarczyk, D.B. / Petrova, O.A. / Deszcz, L. / Kurzbauer, R. / Murphy, P. / Ahel, J. / Vogel, A. / Gogova, R. / Faas, V. / Kordic, D. / Schleiffer, A. / Meinhart, A. / Imre, R. / Lehner, A. / Neuhold, J. / Bader, G. / Stolt-Bergner, P. / Bottcher, J. / Wolkerstorfer, B. / Fischer, G. / Grishkovskaya, I. / Haselbach, D. / Kessler, D. / Clausen, T.
履歴
登録2021年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
B: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)575,7472
ポリマ－575,7472
非ポリマー00
水00
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)287,8731
ポリマ－287,8731
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)287,8731
ポリマ－287,8731
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.519, 96.218, 199.655
Angle α, β, γ (deg.)92.220, 100.450, 95.330
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1


分子量: 287873.375 Da / 分子数: 2 / 変異: C2457A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nematocida sp. ERTm5 (菌類) / 遺伝子: NEIG_01557 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A177ELV2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.52 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 10.4% PEG 4000, 100mM MgCl2, 100mM HEPES pH 6.6, 6mM DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.037→196.03 Å / Num. obs: 75499 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 3.037→3.393 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3785 / CC1/2: 0.741

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (6-FEB-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3G1N

3g1n


解像度: 3.037→196.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.551
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 3733 4.94 %RANDOM
Rwork0.2024 ---
obs0.2039 75499 56.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 232.11 Å2 / Biso mean: 104.76 Å2 / Biso min: 42.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8852 Å2-3.6826 Å2-2.818 Å2
2---0.9401 Å2-5.8693 Å2
3---1.8254 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.47 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.037→196.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34901 0 0 0 34901
残基数----4287
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d12857SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes5912HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it35577HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion4759SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact29088SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d35577HARMONIC20.006
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg47991HARMONIC20.85
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.25
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.73
LS精密化 シェル解像度: 3.04→3.26 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2921 81 5.36 %
Rwork0.252 1429 -
all0.2543 1510 -
obs--5.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.7337-0.87371.47334.3943-1.49536.4691-0.46020.19740.5489-0.40820.22750.2263-0.5312-0.64010.2327-0.2605-0.1017-0.305-0.38270.183-0.1577-22.66318.897116.7441
20.7963-0.024-0.5360.8984-0.65311.02830.0109-0.03130.0308-0.3459-0.2398-0.2835-0.04860.31840.229-0.1216-0.1991-0.0975-0.0413-0.0062-0.252622.214317.788895.842
33.8664-2.16060.90783.4517-3.031912.8202-0.2572-0.21580.2040.11440.46210.1273-0.6238-1.0386-0.2049-0.2910.3313-0.0229-0.3103-0.072-0.2226-20.421355.22135.1559
42.55710.5481-0.45571.9984-0.54552.45930.0841-0.2540.1106-0.0182-0.1145-0.1486-0.47010.15460.0304-0.16010.02940.0343-0.339-0.0688-0.015711.901239.9153166.6392
55.3086-1.0544-1.18553.75051.00086.94240.2483-0.6330.37080.1465-0.46120.4261-0.5311-0.41690.2129-0.3987-0.14330.1479-0.3019-0.3273-0.111260.5905109.9496198.7247
60.4526-0.41930.13922.8356-2.85113.0411-0.0173-0.145-0.0385-0.1273-0.3444-0.24520.4010.17270.36160.164-0.19510.0014-0.2963-0.1213-0.277684.488761.7299208.0625
70.8124-0.77880.49241.4901-1.17323.16310.0931-0.3129-0.09420.31090.10560.4868-0.1226-0.3691-0.1987-0.47-0.00810.10640.046-0.14960.006332.942281.3494214.166
82.33630.252-0.32193.08-0.34832.3534-0.17820.03350.0038-0.3074-0.00960.35190.1612-0.42230.1878-0.43260.0014-0.0447-0.0964-0.0733-0.016642.909874.3507148.4613
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|2 - A|364 }A2 - 364
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|365 - A|1777 }A365 - 1777
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|1778 - A|2038 }A1778 - 2038
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|2039 - A|2482 }A2039 - 2482
5X-RAY DIFFRACTION5{ B|2 - B|364 }B2 - 364
6X-RAY DIFFRACTION6{ B|365 - B|1018 }B365 - 1018
7X-RAY DIFFRACTION7{ B|1019 - B|2038 }B1019 - 2038
8X-RAY DIFFRACTION8{ B|2039 - B|2482 }B2039 - 2482

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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