PDB-7bgz: Mutant L39K of recombinant beta-lactoglobulin in complex with end...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bgz

タイトル

Mutant L39K of recombinant beta-lactoglobulin in complex with endogenous ligand

要素

Beta-lactoglobulin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / beta-lactoglobulin / lipocalin / mutation

機能・相同性

機能・相同性情報

retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.401 Å

データ登録者

Loch, J.I. / Siuda, M.K. / Lewinski, K.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Acta Biochim.Pol. / 年: 2021
タイトル: Interactions of new lactoglobulin variants with tetracaine: crystallographic studies of ligand binding to lactoglobulin mutants possessing single substitution in the binding pocket.
著者: Loch, J. / Bonarek, P. / Siuda, M. / Wrobel, P. / Lewinski, K.

履歴

登録	2021年1月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bgz.cif.gz	73.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bgz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bgz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bgz_validation.pdf.gz	442 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bgz_full_validation.pdf.gz	442.5 KB	表示
XML形式データ	7bgz_validation.xml.gz	8.6 KB	表示
CIF形式データ	7bgz_validation.cif.gz	10.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/7bgz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/7bgz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bf7C 7bf8C 7bf9C 7bgaC 7bgxC 7bh0C 1bsyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7bf8-d 5hte-1 2akq-1 4iba-1 4caj-1 7kp5-d 3fdx-d 6fu4-4 6jf5-d 1beb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

18.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
37 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.560, 53.560, 110.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Beta-lactoglobulin / Beta-LG 分子量: 18249.037 Da / 分子数: 1 / 変異: L1A, I2S, L39K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: LGB / プラスミド: pET-Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Origami B (DE3) / 参照: UniProt: P02754
#2: 化合物	ChemComp-DKA / DECANOIC ACID / デカン酸分子量: 172.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₀O₂
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 3.0 M ammonium sulfate in 0.5 M Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来: SEALED TUBE / タイプ: Agilent SuperNova / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→14.26 Å / Num. obs: 7446 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.057 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 12.9 / Num. measured all: 26085 / Scaling rejects: 10

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.4-2.49	2.5	0.653	1.4	1866	754	0.714	0.502	0.83	1.4	97.6
8.98-14.26	2.2	0.015		271	123	1	0.012	0.02	35.7	71

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.4 Å	14.26 Å
Translation	2.4 Å	14.26 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.3.11	データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
CrysalisPro		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BSY

1bsy

解像度: 2.401→13.753 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 21.452 / SU ML: 0.236 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.445 / ESU R Free: 0.297 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2663	1075	14.455 %	RANDOM
R_work	0.1938	6362	-	-
all	0.204	-	-	-
obs	0.20297	7437	97.279 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.562 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.213 Å²	-0.106 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.213 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.401→13.753 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1150	0	16	49	1215

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	1183
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.779	1.644	1598
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.233	1.58	2671
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.94	5	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.42	25	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.301	15	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.348	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	162
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	226
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	203
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	1014
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	514
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	576
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.137	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.243	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.108	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.46	3.533	596
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.46	3.532	595
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.972	5.264	738
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.97	5.265	739
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.456	3.782	587
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.454	3.785	588
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4	5.545	860
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.997	5.547	861
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.954	40.189	1175
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.95	40.127	1174

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.401-2.461	0.366	97	0.328	428	0.335	542	0.781	0.78	96.8635	0.315
2.461-2.527	0.348	58	0.287	437	0.294	513	0.694	0.804	96.4912	0.274
2.527-2.597	0.485	51	0.275	430	0.295	496	0.789	0.864	96.9758	0.252
2.597-2.674	0.361	66	0.279	438	0.29	519	0.825	0.864	97.1098	0.254
2.674-2.758	0.343	78	0.24	369	0.258	459	0.844	0.883	97.3856	0.213
2.758-2.851	0.337	67	0.225	394	0.241	473	0.86	0.895	97.463	0.201
2.851-2.954	0.279	76	0.204	368	0.216	453	0.901	0.926	98.0132	0.177
2.954-3.069	0.318	64	0.222	358	0.237	430	0.867	0.903	98.1395	0.2
3.069-3.198	0.285	54	0.21	356	0.221	418	0.9	0.916	98.0861	0.188
3.198-3.345	0.28	48	0.218	365	0.225	420	0.892	0.917	98.3333	0.201
3.345-3.514	0.291	48	0.205	319	0.216	373	0.903	0.931	98.3914	0.193
3.514-3.712	0.236	62	0.192	318	0.2	385	0.947	0.948	98.7013	0.181
3.712-3.948	0.26	43	0.19	295	0.199	342	0.925	0.946	98.8304	0.178
3.948-4.236	0.198	66	0.152	267	0.162	336	0.952	0.97	99.1071	0.142
4.236-4.596	0.151	42	0.114	259	0.12	302	0.979	0.98	99.6689	0.111
4.596-5.069	0.209	28	0.13	260	0.137	289	0.962	0.978	99.654	0.132
5.069-5.725	0.377	30	0.213	226	0.231	258	0.877	0.938	99.2248	0.205
5.725-6.726	0.419	33	0.214	201	0.238	237	0.861	0.938	98.7342	0.209
6.726-8.545	0.214	36	0.153	153	0.165	191	0.959	0.966	98.9529	0.159
8.545-13.753	0.227	26	0.184	117	0.193	150	0.953	0.965	95.3333	0.202

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 15.4893 Å / Origin y: 5.1748 Å / Origin z: 33.3413 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3313 Å²	0.1697 Å²	-0.0061 Å²	-	0.1354 Å²	-0.0316 Å²	-	-	0.0201 Å²
L	0.8761 °²	0.4496 °²	0.77 °²	-	1.5374 °²	-0.4822 °²	-	-	2.6925 °²
S	-0.3844 Å °	-0.1764 Å °	-0.0333 Å °	0.1513 Å °	0.2618 Å °	-0.149 Å °	-0.2347 Å °	-0.407 Å °	0.1226 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	3 - 162
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AaA	201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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