PDB-7bga: Mutant F105A of recombinant beta-lactoglobulin in complex with en...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bga

タイトル

Mutant F105A of recombinant beta-lactoglobulin in complex with endogenous ligand

要素

Beta-lactoglobulin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / lactoglobulin / mutant / ligand

機能・相同性

機能・相同性情報

retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Loch, J.I. / Lazinska, I. / Lewinski, K.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Acta Biochim.Pol. / 年: 2021
タイトル: Interactions of new lactoglobulin variants with tetracaine: crystallographic studies of ligand binding to lactoglobulin mutants possessing single substitution in the binding pocket.
著者: Loch, J. / Bonarek, P. / Siuda, M. / Wrobel, P. / Lewinski, K.

履歴

登録	2021年1月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bga.cif.gz	75.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bga.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bga.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bga_validation.pdf.gz	448.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bga_full_validation.pdf.gz	448.9 KB	表示
XML形式データ	7bga_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	7bga_validation.cif.gz	12.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/7bga ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/7bga	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bf7C 7bf8C 7bf9C 7bgxC 7bgzC 7bh0C 1bsyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qpe-1 6rwq-1 4y0s-1 5nuk-1 4ib6-1 6rwr-1 4ib9-1 4ib7-1 3uex-1 5num-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

18.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
36.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.340, 53.340, 112.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-428- HOH

#1: タンパク質	Beta-lactoglobulin / Beta-LG 分子量: 18156.918 Da / 分子数: 1 / 変異: L1A, I2S, F105A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: LGB / プラスミド: pET-Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Origami B(DE3) / 参照: UniProt: P02754
#2: 化合物	ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸分子量: 200.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.6 M ammonium sulfate in 0.5 M Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来: SEALED TUBE / タイプ: Agilent SuperNova / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→15.4 Å / Num. obs: 15168 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 2.7 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.067 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 40802 / Scaling rejects: 25

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.9-1.95	2.1	0.492	2162	1025	0.677	0.419	0.651	1.4	99.8
8.71-15.4	2.5	0.023	360	144	0.999	0.016	0.028	65.7	75

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.9 Å	15.4 Å
Translation	1.9 Å	15.4 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.3.11	データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
CrysalisPro		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1bsy

1bsy

解像度: 1.9→13.789 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 7.126 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.145 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2432	1036	6.849 %	RANDOM
R_work	0.1854	14091	-	-
all	0.189	-	-	-
obs	0.1891	15127	99.552 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.742 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.004 Å²	0.002 Å²	0 Å²
2-	-	0.004 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.012 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→13.789 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1183	0	19	123	1325

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1179
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.638	1.639	1657
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.349	1.576	2721
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.472	5	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.223	25.306	49
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.769	15	209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.409	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	169
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1347
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	231
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	209
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.154	0.2	572
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	588
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.012	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.093	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.193	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.192	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.54	2.108	622
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.54	2.107	621
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.482	3.144	774
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.482	3.146	775
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.95	2.419	597
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.905	2.389	594
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.12	3.511	882
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.06	3.463	877
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.441	25.862	1283
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.436	25.68	1276

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.287	77	0.273	979	X-RAY DIFFRACTION	99.811
1.949-2.001	0.246	91	0.222	974	X-RAY DIFFRACTION	99.9062
2.001-2.058	0.267	68	0.212	974	X-RAY DIFFRACTION	100
2.058-2.12	0.32	72	0.222	932	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.189	0.263	59	0.221	908	X-RAY DIFFRACTION	100
2.189-2.264	0.263	59	0.181	878	X-RAY DIFFRACTION	100
2.264-2.347	0.221	54	0.17	884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.347-2.441	0.254	61	0.19	818	X-RAY DIFFRACTION	100
2.441-2.546	0.252	72	0.186	764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.546-2.667	0.26	56	0.186	763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.667-2.807	0.229	52	0.184	729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.807-2.971	0.273	45	0.174	693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.971-3.167	0.245	46	0.18	645	X-RAY DIFFRACTION	100
3.167-3.409	0.243	37	0.179	615	X-RAY DIFFRACTION	100
3.409-3.716	0.231	39	0.172	573	X-RAY DIFFRACTION	100
3.716-4.125	0.155	35	0.155	530	X-RAY DIFFRACTION	100
4.125-4.707	0.219	31	0.144	475	X-RAY DIFFRACTION	99.8028
4.707-5.635	0.232	38	0.178	401	X-RAY DIFFRACTION	99.7727
5.635-7.484	0.29	25	0.238	333	X-RAY DIFFRACTION	98.895
7.484-13.789	0.26	19	0.205	223	X-RAY DIFFRACTION	92.3664

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 15.1697 Å / Origin y: 4.5671 Å / Origin z: 33.6043 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0911 Å²	0.0446 Å²	-0.0121 Å²	-	0.0338 Å²	-0.0159 Å²	-	-	0.0149 Å²
L	0.1298 °²	-0.1036 °²	0.1972 °²	-	1.0321 °²	-0.4553 °²	-	-	1.5236 °²
S	-0.1007 Å °	-0.0609 Å °	0.0234 Å °	-0.0103 Å °	0.0312 Å °	-0.0706 Å °	-0.0269 Å °	-0.131 Å °	0.0696 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	3 - 162
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AaA	166 - 218

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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