PDB-7bgx: Mutant F105L of recombinant beta-lactoglobulin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bgx

タイトル

Mutant F105L of recombinant beta-lactoglobulin

要素

Beta-lactoglobulin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / beta-lactoglobulin / lipocalin / mutation

機能・相同性

機能・相同性情報

retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Loch, J.I. / Wrobel, P. / Lewinski, K.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Acta Biochim.Pol. / 年: 2021
タイトル: Interactions of new lactoglobulin variants with tetracaine: crystallographic studies of ligand binding to lactoglobulin mutants possessing single substitution in the binding pocket.
著者: Loch, J. / Bonarek, P. / Siuda, M. / Wrobel, P. / Lewinski, K.

履歴

登録	2021年1月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月31日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bgx.cif.gz	73.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bgx.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bgx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bgx_validation.pdf.gz	442.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bgx_full_validation.pdf.gz	443.2 KB	表示
XML形式データ	7bgx_validation.xml.gz	8.9 KB	表示
CIF形式データ	7bgx_validation.cif.gz	11.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/7bgx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/7bgx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bf7C 7bf8C 7bf9C 7bgaC 7bgzC 7bh0C 1bsyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5y5c-d 2yyo-1 5yre-d 3qmm-d 5mip-d 6iwv-1 4ib9-2 4xki-d 6t42-1 1lhv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

18.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
37 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.790, 52.790, 108.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-458- HOH

#1: タンパク質	Beta-lactoglobulin / Beta-LG 分子量: 18198.998 Da / 分子数: 1 / 変異: L1A, I2S, F105L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: LGB / プラスミド: pET-Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Origami B (DE3) / 参照: UniProt: P02754
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 2.4 M ammonium sulfate in 0.5 M Tris-HCl pH 8.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.5406 Å

検出器

タイプ: RIGAKU HyPix-3000 / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5406 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→19.65 Å / Num. obs: 12244 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.055 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 40044 / Scaling rejects: 33

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2-2.05	2.6	0.637	1.7	2350	910	0.465	0.472	0.797	1.7	99.3
8.95-19.65	4	0.027		586	146	0.999	0.014	0.03	34.5	87.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4.91 Å	19.65 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
CrysalisPro		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BSY

1bsy

解像度: 2→19.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 11.496 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.171 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2464	1088	8.91 %	RANDOM
R_work	0.2002	11123	-	-
all	0.204	-	-	-
obs	0.20432	12211	98.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.334 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.011 Å²	-0.006 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.011 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.036 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→19.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1174	0	17	59	1250

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.836	1.637	1642
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.379	1.576	2694
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.962	5	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.017	25.106	47
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.698	15	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	5.243	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	168
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1328
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	230
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	260
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	1125
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	562
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	615
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.066	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.228	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.284	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.395	3.147	618
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.396	3.146	617
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.773	4.696	769
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.772	4.698	770
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.556	3.418	590
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.508	3.385	587
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.092	5.007	873
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.014	4.951	868
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.709	38.101	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.686	37.995	1298

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.304	75	0.289	818	X-RAY DIFFRACTION	98.8926
2.052-2.107	0.281	71	0.28	790	X-RAY DIFFRACTION	98.7385
2.107-2.168	0.34	77	0.29	734	X-RAY DIFFRACTION	99.6315
2.168-2.234	0.236	70	0.236	763	X-RAY DIFFRACTION	99.6412
2.234-2.306	0.335	65	0.243	748	X-RAY DIFFRACTION	99.8772
2.306-2.386	0.265	70	0.248	681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.386-2.474	0.312	79	0.248	681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.474-2.574	0.27	55	0.237	669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.574-2.686	0.307	76	0.22	614	X-RAY DIFFRACTION	99.5671
2.686-2.814	0.286	54	0.217	613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.814-2.963	0.265	63	0.198	568	X-RAY DIFFRACTION	98.5938
2.963-3.139	0.274	61	0.2	532	X-RAY DIFFRACTION	98.1788
3.139-3.349	0.184	40	0.18	517	X-RAY DIFFRACTION	98.2363
3.349-3.609	0.179	45	0.179	472	X-RAY DIFFRACTION	96.6355
3.609-3.94	0.219	42	0.174	431	X-RAY DIFFRACTION	94.7896
3.94-4.383	0.188	39	0.145	405	X-RAY DIFFRACTION	94.6695
4.383-5.02	0.183	29	0.123	350	X-RAY DIFFRACTION	94.2786
5.02-6.05	0.274	39	0.208	305	X-RAY DIFFRACTION	93.2249
6.05-8.177	0.276	25	0.221	248	X-RAY DIFFRACTION	95.4545
8.177-19.65	0.24	13	0.181	182	X-RAY DIFFRACTION	95.1219

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -11.5547 Å / Origin y: -10.389 Å / Origin z: -14.7686 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1465 Å²	0.0883 Å²	-0.0332 Å²	-	0.0856 Å²	-0.0133 Å²	-	-	0.0124 Å²
L	1.0781 °²	-0.5464 °²	-0.4731 °²	-	0.5168 °²	0.6542 °²	-	-	1.5751 °²
S	-0.034 Å °	-0.0613 Å °	-0.0619 Å °	-0.1507 Å °	-0.0466 Å °	0.0744 Å °	-0.1423 Å °	0.0982 Å °	0.0806 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	3 - 162
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AaA	301

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