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- PDB-7bgm: Crystal structure of MtHISN2, a bifunctional enzyme from the hist... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bgm
タイトルCrystal structure of MtHISN2, a bifunctional enzyme from the histidine biosynthetic pathway
要素Phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase
キーワードHYDROLASE / Histidine / Pyrophosphohydrolase / Cyclohydrolase / Bifunctional / PRA-CH / PRA-PH
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase activity / phosphoribosyl-ATP diphosphatase activity / L-histidine biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase domain / Phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase domain superfamily / Phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase / Phosphoribosyl-ATP pyrophosphohydrolase / Phosphoribosyl-ATP pyrophosphohydrolase-like / Phosphoribosyl-ATP pyrophosphohydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Histidine biosynthesis hisIE protein
類似検索 - 構成要素
生物種Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Witek, W. / Ruszkowski, M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science CentreSONATA 2018/31/D/NZ1/03630 ポーランド
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Structural and mechanistic insights into the bifunctional HISN2 enzyme catalyzing the second and third steps of histidine biosynthesis in plants.
著者: Witek, W. / Sliwiak, J. / Ruszkowski, M.
履歴
登録2021年1月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase
B: Phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,97311
ポリマ－53,3842
非ポリマー5899
水6,413356
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8740 Å2
ΔGint-353 kcal/mol
Surface area19740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)172.422, 69.477, 52.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.696, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-423-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase


分子量: 26692.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Without a signal peptide (residues 1-48)
由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
遺伝子: 25498966, MTR_7g084480, MtrunA17_Chr7g0252441 / プラスミド: pMCSG68
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A072U2X9, phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase, phosphoribosyl-ATP diphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.34 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.12 M Alcohols (0.2M 1,6-Hexanediol; 0.2M 1-Butanol 0.2M 1,2-Propanediol; 0.2M 2-Propanol; 0.2M 1,4-Butanediol; 0.2M 1,3-Propanediol) 0.1 M Buffer System 1 , pH 6.5 (Imidazole; MES-acid) 30% ...詳細: 0.12 M Alcohols (0.2M 1,6-Hexanediol; 0.2M 1-Butanol 0.2M 1,2-Propanediol; 0.2M 2-Propanol; 0.2M 1,4-Butanediol; 0.2M 1,3-Propanediol) 0.1 M Buffer System 1 , pH 6.5 (Imidazole; MES-acid) 30% Precipitant Mix 1 (20% v/v PEG 500* MME; 10 % w/v PEG 20000. Cryoprotection: 20% ethylene glycol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→80 Å / Num. obs: 79751 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 25.3 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 12569 / CC1/2: 0.69 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Cootモデル構築
PHENIXAutobuildモデル構築
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→42.93 Å / SU ML: 0.155 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 18.9436
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1747 1037 1.3 %
Rwork0.1434 78701 -
obs0.1439 79738 98.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→42.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3336 0 9 356 3701
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01063381
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01384571
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0589539
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063582
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.70731250
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.680.27261440.213410926X-RAY DIFFRACTION95.92
1.68-1.790.20541480.168911242X-RAY DIFFRACTION98.91
1.79-1.930.20821480.148911278X-RAY DIFFRACTION99.12
1.93-2.120.19281480.127711234X-RAY DIFFRACTION99.15
2.12-2.430.16171490.126311259X-RAY DIFFRACTION98.92
2.43-3.060.1731490.149711323X-RAY DIFFRACTION98.86
3.06-42.930.16261510.141511439X-RAY DIFFRACTION98.72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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