PDB-7bee: Crystal structure of a Hsp47-collagen peptide complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bee

タイトル

Crystal structure of a Hsp47-collagen peptide complex

要素

21er collagen model peptide
Collagen-binding protein

キーワード

CHAPERONE / hsp / hsp47 / collagen

機能・相同性

機能・相同性情報

Collagen biosynthesis and modifying enzymes / negative regulation of endopeptidase activity / collagen fibril organization / collagen binding / serine-type endopeptidase inhibitor activity / endoplasmic reticulum / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Canis lupus familiaris (イヌ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.939 Å

データ登録者

Abraham, E.T. / Gebauer, J.M. / Baumann, U.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Collagen's primary structure determines collagen:HSP47 complex stoichiometry.
著者: Abraham, E.T. / Oecal, S. / Morgelin, M. / Schmid, P.W.N. / Buchner, J. / Baumann, U. / Gebauer, J.M.

履歴

登録	2020年12月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bee.cif.gz	353.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bee.ent.gz	291.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bee.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/7bee ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/7bee	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bduC 7bfiC 4au2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3v3k-2 7kis-2 3v3k-4 6noi-d 4bpu-1 6pfv-3 2np7-d 4bpw-1 7bdu-3 4hym-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Collagen-binding protein

B: Collagen-binding protein

C: 21er collagen model peptide

D: 21er collagen model peptide

E: 21er collagen model peptide

F: 21er collagen model peptide

G: 21er collagen model peptide

H: 21er collagen model peptide

100 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Collagen-binding protein

C: 21er collagen model peptide

D: 21er collagen model peptide

E: 21er collagen model peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
50 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

3

B: Collagen-binding protein

F: 21er collagen model peptide

G: 21er collagen model peptide

H: 21er collagen model peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.683, 96.683, 187.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 35 through 367 or resid 375 through 412))
2	1	(chain B and resid 35 through 412)
1	2	(chain C and resid 0 through 18)
2	2	(chain D and resid 0 through 18)
3	2	(chain E and resid 0 through 18)
4	2	(chain F and resid 0 through 18)
5	2	(chain G and resid 0 through 18)
6	2	(chain H and resid 0 through 18)

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	MET	MET	ASP	ASP	(chain A and (resid 35 through 367 or resid 375 through 412))	A	A	35 - 367	1 - 333
1	2	1	GLU	GLU	ASP	ASP	(chain A and (resid 35 through 367 or resid 375 through 412))	A	A	375 - 412	341 - 378
2	1	1	MET	MET	ASP	ASP	(chain B and resid 35 through 412)	B	B	35 - 412	1 - 378
1	1	2	ACE	ACE	GLY	GLY	(chain C and resid 0 through 18)	C	C	0 - 18	1 - 19
2	1	2	ACE	ACE	GLY	GLY	(chain D and resid 0 through 18)	D	D	0 - 18	1 - 19
3	1	2	ACE	ACE	GLY	GLY	(chain E and resid 0 through 18)	E	E	0 - 18	1 - 19
4	1	2	ACE	ACE	GLY	GLY	(chain F and resid 0 through 18)	F	F	0 - 18	1 - 19
5	1	2	ACE	ACE	GLY	GLY	(chain G and resid 0 through 18)	G	G	0 - 18	1 - 19
6	1	2	ACE	ACE	GLY	GLY	chain H	H	H	0 - 18	1 - 19

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Collagen-binding protein / Serpin H1 分子量: 44283.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 遺伝子: SERPINH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2RHY7
#2: タンパク質・ペプチド	21er collagen model peptide 分子量: 1913.161 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.48 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, 18-26% PEG 3350, 1-6% Tacsimate pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.939→46.81 Å / Num. obs: 75968 / % possible obs: 99.75 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 39.01 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 20.17
反射シェル	解像度: 1.939→2.009 Å / R_merge(I) obs: 0.8625 / Num. unique obs: 7346 / CC_1/2: 0.674

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13rc2_2986	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4AU2

4au2

解像度: 1.939→46.81 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2423	3838	5.07 %
R_work	0.2069	71857	-
obs	0.2087	75695	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 161.06 Å² / B_iso mean: 47.8422 Å² / B_iso min: 25.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.939→46.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6687	0	0	345	7032
B_iso mean	-	-	-	47.34	-
残基数	-	-	-	-	873

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3455	X-RAY DIFFRACTION	8.906	TORSIONAL
1	2	B	3455	X-RAY DIFFRACTION	8.906	TORSIONAL
2	1	C	523	X-RAY DIFFRACTION	8.906	TORSIONAL
2	2	D	523	X-RAY DIFFRACTION	8.906	TORSIONAL
2	3	E	523	X-RAY DIFFRACTION	8.906	TORSIONAL
2	4	F	523	X-RAY DIFFRACTION	8.906	TORSIONAL
2	5	G	523	X-RAY DIFFRACTION	8.906	TORSIONAL
2	6	H	523	X-RAY DIFFRACTION	8.906	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.9393-1.9639	0.3383	173	0.3013	2435	95
1.9639-1.9897	0.3401	135	0.287	2643	100
1.9897-2.017	0.3218	140	0.2828	2648	100
2.017-2.0458	0.2802	121	0.2666	2658	100
2.0458-2.0763	0.3064	130	0.2546	2599	100
2.0763-2.1088	0.2857	135	0.2562	2673	100
2.1088-2.1433	0.3011	148	0.2495	2616	100
2.1433-2.1803	0.2916	151	0.2448	2620	100
2.1803-2.2199	0.2424	148	0.2433	2634	100
2.2199-2.2626	0.3006	118	0.2436	2707	100
2.2626-2.3088	0.2974	139	0.2315	2619	100
2.3088-2.359	0.2442	147	0.2378	2661	100
2.359-2.4139	0.2553	169	0.2362	2625	100
2.4139-2.4743	0.3003	169	0.2542	2593	100
2.4743-2.5412	0.2982	117	0.2474	2711	100
2.5412-2.6159	0.3094	147	0.2386	2646	100
2.6159-2.7004	0.2792	160	0.2448	2625	100
2.7004-2.7969	0.2583	124	0.2339	2654	100
2.7969-2.9088	0.2702	130	0.2304	2696	100
2.9088-3.0412	0.2933	148	0.2412	2646	100
3.0412-3.2015	0.2564	123	0.2334	2718	100
3.2015-3.402	0.2189	117	0.2082	2691	100
3.402-3.6646	0.2339	162	0.1992	2675	100
3.6646-4.0332	0.2237	130	0.1824	2722	100
4.0332-4.6164	0.1832	163	0.1573	2696	100
4.6164-5.8144	0.2077	148	0.1697	2755	100
5.8144-46.81	0.201	146	0.172	2891	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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