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- PDB-7bdn: Structure of the Streptomyces coelicolor small laccase - cubic cr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bdn
タイトルStructure of the Streptomyces coelicolor small laccase - cubic crystal form
要素Putative copper oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / small laccase / cubic crystal form
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Copper oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Zovo, K. / Majumdar, S. / Lukk, T.
資金援助 Estonia, 1件
組織認可番号国
Estonian Research CouncilMOBTT60 Estonia
引用ジャーナル: Acs Omega / 年: 2022
タイトル: Substitution of the Methionine Axial Ligand of the T1 Copper for the Fungal-like Phenylalanine Ligand (M298F) Causes Local Structural Perturbations that Lead to Thermal Instability and ...タイトル: Substitution of the Methionine Axial Ligand of the T1 Copper for the Fungal-like Phenylalanine Ligand (M298F) Causes Local Structural Perturbations that Lead to Thermal Instability and Reduced Catalytic Efficiency of the Small Laccase from Streptomyces coelicolor A3(2).
著者: Zovo, K. / Pupart, H. / Van Wieren, A. / Gillilan, R.E. / Huang, Q. / Majumdar, S. / Lukk, T.
履歴
登録2020年12月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative copper oxidase
B: Putative copper oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,2458
ポリマ－73,8642
非ポリマー3816
水6,395355
1
A: Putative copper oxidase
ヘテロ分子

A: Putative copper oxidase
ヘテロ分子

A: Putative copper oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,36812
ポリマ－110,7963
非ポリマー5729
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_544-z,x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation11_545y+1/2,-z-1/2,-x1
Buried area11830 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area27710 Å2
手法PISA
2
B: Putative copper oxidase
ヘテロ分子

B: Putative copper oxidase
ヘテロ分子

B: Putative copper oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,36812
ポリマ－110,7963
非ポリマー5729
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area11790 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area27740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)176.981, 176.981, 176.981
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-661-

HOH

21A-670-

HOH

31A-675-

HOH

41B-668-

HOH

51B-673-

HOH

61B-677-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Auth seq-ID: 38 - 314 / Label seq-ID: 38 - 314

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

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要素

#1: タンパク質 Putative copper oxidase


分子量: 36932.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア)
株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: SCO6712
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9XAL8
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅


分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein concentration was 20 mg/ml in 20 mM Tris-HCl buffer (pH 7.5). Mother liquor was made up of 40% MPD, 20 mM NH4-OAc and 100 mM HEPES (pH 7.5). The protein was mixed in 2:1 ratio with ...詳細: Protein concentration was 20 mg/ml in 20 mM Tris-HCl buffer (pH 7.5). Mother liquor was made up of 40% MPD, 20 mM NH4-OAc and 100 mM HEPES (pH 7.5). The protein was mixed in 2:1 ratio with protein to mother liquor.

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.5419 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→29.5 Å / Num. obs: 50726 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.179 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 376482 / Scaling rejects: 29
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.7-2.797.40.7423420746380.8990.2920.798399.6
10.81-29.56.60.04854398240.9990.020.05222.195

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.55 Å29.5 Å
Translation5.55 Å29.5 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CG8

3cg8


解像度: 2.7→29.5 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2217 2567 5.07 %
Rwork0.1995 48046 -
obs0.2007 50613 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 77.69 Å2 / Biso mean: 35.5813 Å2 / Biso min: 23.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→29.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4284 0 6 355 4645
Biso mean--52.41 39.95 -
残基数----554
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2605X-RAY DIFFRACTION6.27TORSIONAL
12B2605X-RAY DIFFRACTION6.27TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-2.750.26231230.2372696281999
2.75-2.810.25511420.23226192761100
2.81-2.870.22091280.218126622790100
2.87-2.940.23911320.213626512783100
2.94-3.010.29341500.204226232773100
3.01-3.090.23991320.2226942826100
3.09-3.180.23451270.208626242751100
3.18-3.290.26491620.206826442806100
3.29-3.40.19541350.205326752810100
3.4-3.540.21331510.205626522803100
3.54-3.70.21391670.187226202787100
3.7-3.890.22111530.192326632816100
3.9-4.140.21911190.185226852804100
4.14-4.460.17911430.170526782821100
4.46-4.90.20121350.177626912826100
4.9-5.610.2231480.186926922840100
5.61-7.040.21871550.225726992854100
7.05-29.50.22751650.21262778294399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.35620.16820.24550.542-0.20590.6952-0.00280.10190.0122-0.0718-0.02580.1144-0.0768-0.10270.02740.26690.0809-0.00980.3431-0.02790.2955-4.4105-70.1883-30.405
20.66650.03190.32110.4472-0.02280.6436-0.0199-0.04710.06020.11770.01050.0382-0.1003-0.03640.00790.28970.0458-0.00340.255-0.01240.23654.6339-61.2344-11.8419
30.62650.14690.17760.3604-0.16480.6354-0.0732-0.0934-0.11740.11210.02140.01010.08810.04120.03630.33560.07150.02930.27070.00960.2997-25.9369-48.6517-13.8355
40.47830.04110.12990.6266-0.2630.57430.00140.121-0.0343-0.0792-0.0121-0.0610.03160.09370.02210.25220.03940.01740.29070.00830.2265-16.9885-39.6119-32.4004
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 38 through 173 )A38 - 173
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 174 through 314 )A174 - 314
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 38 through 173 )B38 - 173
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 174 through 314 )B174 - 314

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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