PDB-7bfm: Structure of the M198F M298F double mutant of the Streptomyces co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bfm

タイトル

Structure of the M198F M298F double mutant of the Streptomyces coelicolor small laccase T1 copper site

要素

Putative copper oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / small laccase / T1 copper / double mutant / M198F M298F

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces coelicolor (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Zovo, K. / Majumdar, S. / Lukk, T.

資金援助

Estonia, 1件

引用

ジャーナル: Acs Omega / 年: 2022
タイトル: Substitution of the Methionine Axial Ligand of the T1 Copper for the Fungal-like Phenylalanine Ligand (M298F) Causes Local Structural Perturbations that Lead to Thermal Instability and ...
著者: Zovo, K. / Pupart, H. / Van Wieren, A. / Gillilan, R.E. / Huang, Q. / Majumdar, S. / Lukk, T.

履歴

登録	2021年1月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2022年2月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.4	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bfm.cif.gz	195.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bfm.ent.gz	152.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bfm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7bfm_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bfm_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	7bfm_validation.xml.gz	28.2 KB	表示
CIF形式データ	7bfm_validation.cif.gz	43.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/7bfm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/7bfm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7b2kC 7b4yC 7bdnC 3cg8S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5o4i-4 3kw8-1 7bdn-1 4gyb-1 7bdn-2 6rh9-4 5mkm-1 6fdj-3 4nb7-1 4naj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Putative copper oxidase

C: Putative copper oxidase

ヘテロ分子

74.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative copper oxidase

ヘテロ分子

A: Putative copper oxidase

ヘテロ分子

A: Putative copper oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
112 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Putative copper oxidase

ヘテロ分子

C: Putative copper oxidase

ヘテロ分子

C: Putative copper oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
112 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	178.638, 178.638, 178.638
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-779- HOH
2	1	A-782- HOH
3	1	A-783- HOH
4	1	A-804- HOH
5	1	A-819- HOH
6	1	A-824- HOH
7	1	A-825- HOH
8	1	C-795- HOH
9	1	C-800- HOH
10	1	C-818- HOH
11	1	C-830- HOH
12	1	C-833- HOH

#1: タンパク質	Putative copper oxidase 分子量: 36963.965 Da / 分子数: 2 / 変異: M198F M298F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア) 株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: SCO6712 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XAL8
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 658 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 80.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein concentration was 20 mg/ml in 20 mM Tris-HCl buffer (pH 7.5). Mother liquor was made up of 40% PEG400, 200 mM Li2SO4 and 100 mM Tris-HCl (pH 8.5). The protein was mixed in 2:1 ratio ...詳細: Protein concentration was 20 mg/ml in 20 mM Tris-HCl buffer (pH 7.5). Mother liquor was made up of 40% PEG400, 200 mM Li2SO4 and 100 mM Tris-HCl (pH 8.5). The protein was mixed in 2:1 ratio with protein to mother liquor.

結晶

マシュー密度: 6.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 80.86 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein concentration was 20 mg/ml in 20 mM Tris-HCl buffer (pH 7.5). Mother liquor was made up of 40% PEG400, 200 mM Li2SO4 and 100 mM Tris-HCl (pH 8.5). The protein was mixed in 2:1 ratio ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALBA

/ ビームライン: XALOC / 波長: 0.97917 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97917 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→29.77 Å / Num. obs: 128318 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.083 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 24.6 / Num. measured all: 2518974 / Scaling rejects: 1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2-2.03	20.2	0.687	128564	6362	0.939	0.156	0.705	4.7	99.8
10.93-29.77	19.6	0.032	16129	825	1	0.007	0.032	54.8	95.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.95 Å	29.77 Å
Translation	5.95 Å	29.77 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19-4092	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3CG8

3cg8

解像度: 2→29.77 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1581	6304	4.92 %
R_work	0.1457	121949	-
obs	0.1463	128253	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.01 Å² / B_iso mean: 33.0693 Å² / B_iso min: 18.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→29.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4386	0	34	658	5078
B_iso mean	-	-	43.08	43.28	-
残基数	-	-	-	-	564

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2-2.02	0.1925	208	0.1767	4016	4224
2.02-2.04	0.172	195	0.1628	4045	4240
2.04-2.07	0.1796	222	0.1645	4034	4256
2.07-2.09	0.174	221	0.159	4040	4261
2.09-2.12	0.1653	223	0.154	3996	4219
2.12-2.15	0.1806	224	0.1532	4061	4285
2.15-2.18	0.1851	184	0.1506	4054	4238
2.18-2.21	0.1544	183	0.1475	4050	4233
2.21-2.25	0.1677	203	0.1537	4045	4248
2.25-2.28	0.1675	191	0.1538	4040	4231
2.28-2.32	0.1519	197	0.1506	4071	4268
2.32-2.37	0.1778	224	0.1487	4020	4244
2.37-2.41	0.173	207	0.1551	4050	4257
2.41-2.46	0.1549	204	0.1525	4024	4228
2.46-2.51	0.1695	223	0.1618	4089	4312
2.51-2.57	0.1694	198	0.1549	4038	4236
2.57-2.64	0.178	218	0.1557	4028	4246
2.64-2.71	0.1742	230	0.1587	4050	4280
2.71-2.79	0.1753	235	0.1546	4060	4295
2.79-2.88	0.1519	190	0.1609	4061	4251
2.88-2.98	0.1731	219	0.1531	4069	4288
2.98-3.1	0.1619	235	0.1602	4010	4245
3.1-3.24	0.173	186	0.1571	4123	4309
3.24-3.41	0.1551	218	0.1492	4061	4279
3.41-3.62	0.145	204	0.1407	4101	4305
3.63-3.9	0.144	190	0.1322	4099	4289
3.9-4.29	0.1398	222	0.115	4107	4329
4.3-4.91	0.1223	237	0.1133	4103	4340
4.92-6.18	0.1391	189	0.1362	4160	4349
6.19-29.77	0.187	224	0.1657	4244	4468

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9373	-0.0377	0.1592	0.9007	-0.3243	0.742	-0.0222	-0.0716	-0.1315	0.0391	0.0403	-0.0242	0.1444	0.099	-0.0038	0.2931	0.0471	0.0232	0.2672	0.0059	0.283	-21.6819	-51.5663	-14.3674
2	1.4113	-0.0955	0.8326	0.8418	0.039	1.3339	-0.0636	-0.3458	0.0467	0.1622	-0.0344	0.1609	0.1318	-0.2259	0.0383	0.3067	0.0279	0.0488	0.3179	0.0219	0.3305	-33.4514	-48.904	-11.161
3	1.1297	-0.0676	-0.09	0.6955	-0.2892	0.5697	-0.0726	-0.0471	0.0098	0.0581	0.0023	0.0393	0.0244	0.0279	0.0655	0.2592	0.0235	0.0148	0.2286	0.0167	0.2414	-25.9281	-44.4089	-19.8201
4	0.7333	-0.0443	-0.1829	1.4085	0.4424	1.0075	-0.0466	-0.0347	0.0491	-0.0186	-0.0029	-0.2559	-0.0985	0.3718	0.04	0.3089	0.0105	0.0128	0.3375	0.0303	0.2959	-10.2407	-37.8481	-23.7623
5	0.4268	-0.247	-0.284	0.6013	0.0618	0.8048	-0.0173	0.0416	-0.0059	0.0143	-0.0039	-0.0587	0.058	0.0953	0.0151	0.2505	0.0198	0.0047	0.2472	0.0125	0.2389	-18.1192	-37.372	-33.9869
6	1.8819	-0.6372	-0.7754	3.4592	-0.2711	3.1311	-0.0011	-0.1191	-0.1752	-0.1311	-0.1453	-1.0379	-0.2204	0.8548	0.0669	0.3758	0.0205	0.0901	0.5296	0.0493	0.5507	1.6137	-43.0389	-41.165

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 38 through 112 )	A	38 - 112
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 113 through 143 )	A	113 - 143
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 144 through 188 )	A	144 - 188
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 189 through 210 )	A	189 - 210
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 211 through 305 )	A	211 - 305
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 306 through 319 )	A	306 - 319

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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