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- PDB-7b2k: Structure of the M298F mutant of the Streptomyces coelicolor smal... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7b2k | ||||||
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Title | Structure of the M298F mutant of the Streptomyces coelicolor small laccase T1 copper axial ligand. | ||||||
![]() | Putative copper oxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / small laccase / T1 copper / point mutation / M298F | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zovo, K. / Majumdar, S. / Lukk, T. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Substitution of the Methionine Axial Ligand of the T1 Copper for the Fungal-like Phenylalanine Ligand (M298F) Causes Local Structural Perturbations that Lead to Thermal Instability and Reduced ...Title: Substitution of the Methionine Axial Ligand of the T1 Copper for the Fungal-like Phenylalanine Ligand (M298F) Causes Local Structural Perturbations that Lead to Thermal Instability and Reduced Catalytic Efficiency of the Small Laccase from Streptomyces coelicolor A3(2). Authors: Zovo, K. / Pupart, H. / Van Wieren, A. / Gillilan, R.E. / Huang, Q. / Majumdar, S. / Lukk, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 236.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 188.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7b4yC ![]() 7bdnC ![]() 7bfmC ![]() 3cg8S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 36947.984 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / Gene: SCO6712 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CU / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: Protein concentration was 20 mg/mL in 20 mM Tris-HCl buffer (pH 7.5). Mother liquor was made up of 40% MPD, 200 mM NH4-OAc and 100 mM HEPES (pH 7.5). The protein was mixed in 2:1 ratio with ...Details: Protein concentration was 20 mg/mL in 20 mM Tris-HCl buffer (pH 7.5). Mother liquor was made up of 40% MPD, 200 mM NH4-OAc and 100 mM HEPES (pH 7.5). The protein was mixed in 2:1 ratio with protein to mother liquor. |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Apr 18, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: C111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9782 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→29.2 Å / Num. obs: 92609 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 8.733 % / Biso Wilson estimate: 44.052 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 1.031 / Net I/σ(I): 16.5 / Num. measured all: 808727 / Scaling rejects: 89 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3CG8 Resolution: 2.2→29.2 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 20.28 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 157.95 Å2 / Biso mean: 41.7343 Å2 / Biso min: 24.56 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.2→29.2 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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