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- PDB-7bbl: Structure of human Gemin6/Gemin7/Gemin8 trimeric complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bbl
タイトルStructure of human Gemin6/Gemin7/Gemin8 trimeric complex
要素
  • Gem-associated protein 6
  • Gem-associated protein 7
  • Gem-associated protein 8
キーワードSPLICING / UsnRNP / Biogenesis / SMN-complex / Gemin8
機能・相同性
機能・相同性情報


Sm-like protein family complex / Gemini of Cajal bodies / SMN complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal complex assembly / spliceosomal snRNP assembly / mRNA splicing, via spliceosome / snRNP Assembly / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / nuclear body ...Sm-like protein family complex / Gemini of Cajal bodies / SMN complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal complex assembly / spliceosomal snRNP assembly / mRNA splicing, via spliceosome / snRNP Assembly / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / nuclear body / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gemini of Cajal bodies-associated protein 8 / Gemini of Cajal bodies-associated protein 8 / Gem-associated protein 6 / SMN complex, gem-associated protein 7 / Gem-associated protein 6, C-terminal domain / Gem-associated protein 6, Sm-like domain / : / Gemin6 Sm-like domain / Gem-associated protein 7 (Gemin7) / Gemin6 C-terminal domain ...Gemini of Cajal bodies-associated protein 8 / Gemini of Cajal bodies-associated protein 8 / Gem-associated protein 6 / SMN complex, gem-associated protein 7 / Gem-associated protein 6, C-terminal domain / Gem-associated protein 6, Sm-like domain / : / Gemin6 Sm-like domain / Gem-associated protein 7 (Gemin7) / Gemin6 C-terminal domain / AD domain profile. / SUZ-C domain / SUZ-C domain profile. / : / Sm domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Gem-associated protein 6 / Gem-associated protein 7 / Gem-associated protein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.521 Å
データ登録者Viswanathan, A. / Grimm, C. / Fischer, U.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)Fi573/7-2 and 8-2 ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Identification and structural analysis of the Schizosaccharomyces pombe SMN complex.
著者: Veepaschit, J. / Viswanathan, A. / Bordonne, R. / Grimm, C. / Fischer, U.
履歴
登録2020年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月31日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details
改定 1.22021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gem-associated protein 6
C: Gem-associated protein 6
D: Gem-associated protein 7
E: Gem-associated protein 8
B: Gem-associated protein 7
F: Gem-associated protein 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3436
ポリマ－50,3436
非ポリマー00
水6,539363
1
A: Gem-associated protein 6
B: Gem-associated protein 7

F: Gem-associated protein 8


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The trimeric complex was first purified by a 2-step affinity purification (with different baits each time). Afterwards it was analyzed by gel-filtration and the co-elution of ...根拠: gel filtration, The trimeric complex was first purified by a 2-step affinity purification (with different baits each time). Afterwards it was analyzed by gel-filtration and the co-elution of all 3 proteins was observed, confirmation their interaction.
  • 25.2 kDa, 3 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1723
ポリマ－25,1723
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_547-x,y-1/2,-z+5/21
Buried area4060 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area11640 Å2
手法PISA
2
C: Gem-associated protein 6
D: Gem-associated protein 7
E: Gem-associated protein 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1723
ポリマ－25,1723
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area11930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.880, 80.597, 82.666
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-345-

HOH

21E-346-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Gem-associated protein 6 / Gemin-6 / SIP2


分子量: 10537.991 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GEMIN6 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WXD5
#2: タンパク質 Gem-associated protein 7 / Gemin-7 / SIP3


分子量: 9733.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GEMIN7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H840
#3: タンパク質・ペプチド Gem-associated protein 8 / Gemin-8 / Protein FAM51A1


分子量: 4900.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GEMIN8, FAM51A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NWZ8
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.32 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM 2-(N-morpholino) ethanesulfonic acid, 200 mM NaCl, 30 % Jeffamine ED2003

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月25日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.521→48.494 Å / Num. obs: 58263 / % possible obs: 93.55 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 18.61 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06668 / Rpim(I) all: 0.03546 / Rrim(I) all: 0.07609 / Net I/σ(I): 10.83
反射 シェル解像度: 1.521→1.576 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.7935 / Mean I/σ(I) obs: 1.03 / Num. unique obs: 4340 / CC1/2: 0.197 / CC star: 0.574 / Rpim(I) all: 0.5227 / Rrim(I) all: 0.9596 / % possible all: 70.86

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.1_3469精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Y96

1y96


解像度: 1.521→48.494 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2506 2873 4.95 %
Rwork0.2058 55204 -
obs0.208 58077 93.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 98.27 Å2 / Biso mean: 27.442 Å2 / Biso min: 10 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.521→48.494 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3327 0 0 363 3690
Biso mean---34.46 -
残基数----418
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.5214-1.54630.4366840.4147187467
1.5463-1.5730.40921140.4053204475
1.573-1.60160.42691000.3767224581
1.6016-1.63240.40751200.363243388
1.6324-1.66570.36261450.3468260094
1.6657-1.7020.3661380.3226274998
1.702-1.74160.31121740.2914270999
1.7416-1.78510.30021320.2792278499
1.7851-1.83340.29361490.2615277399
1.8334-1.88730.30241550.2461272398
1.8873-1.94830.30721280.2144271598
1.9483-2.01790.23491490.2083274598
2.0179-2.09870.23691350.1888276898
2.0987-2.19420.26461510.1805272598
2.1942-2.30990.21641380.1814275197
2.3099-2.45460.22741580.1803272897
2.4546-2.64410.25481270.1887275497
2.6441-2.91020.23921490.1925273697
2.9102-3.33120.25141360.1808278097
3.3312-4.19660.18241320.1589279096
4.1966-48.4940.22571590.1821277892

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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