PDB-7b64: Structure of NUDT15 V18I Mutant in complex with TH7755

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7b64

タイトル

Structure of NUDT15 V18I Mutant in complex with TH7755

要素

Nucleotide triphosphate diphosphatase NUDT15

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / complex / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside phosphate catabolic process / purine nucleotide catabolic process / 8-oxo-(d)RTP hydrolase activity / nucleotide diphosphatase / nucleobase-containing small molecule metabolic process / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / 8-oxo-dGDP phosphatase activity / dGTP catabolic process / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Rehling, D. / Stenmark, P.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of NUDT15 variants enabled by a potent inhibitor reveal the structural basis for thiopurine sensitivity.
著者: Rehling, D. / Zhang, S.M. / Jemth, A.S. / Koolmeister, T. / Throup, A. / Wallner, O. / Scaletti, E. / Moriyama, T. / Nishii, R. / Davies, J. / Desroses, M. / Rudd, S.G. / Scobie, M. / Homan, ...

履歴

登録	2020年12月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.2	2021年4月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2021年7月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.4	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7b64.cif.gz	51.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7b64.ent.gz	33.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7b64.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/7b64 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/7b64	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7b63C 7b65C 7b66C 7b67C 5lpgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lpg-d 7b66-2 5bon-2 6t5j-d 7b67-d 7b63-d 1wz9-2 5bon-1 2z22-2 2ra6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (4) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Nucleotide triphosphate diphosphatase NUDT15

ヘテロ分子

19.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nucleotide triphosphate diphosphatase NUDT15

ヘテロ分子

A: Nucleotide triphosphate diphosphatase NUDT15

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
dimer
38.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.538, 34.624, 75.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 148.548, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-327- HOH

#1: タンパク質	Nucleotide triphosphate diphosphatase NUDT15 / MutT homolog 2 / MTH2 / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 15 / Nudix motif 15 / ...MutT homolog 2 / MTH2 / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 15 / Nudix motif 15 / Nucleoside diphosphate-linked to another moiety X hydrolase 15 / Nudix hydrolase 15 分子量: 18649.029 Da / 分子数: 1 / 変異: V18I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT15, MTH2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NV35, nucleotide diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-SYW / (R)-6-((2-methyl-4-(1-methyl-1H-indole-5-carbonyl)piperazin-1-yl)sulfonyl)benzo[d]oxazol-2(3H)-one / 6-[(2~{R})-2-methyl-4-(1-methylindol-5-yl)carbonyl-piperazin-1-yl]sulfonyl-3~{H}-1,3-benzoxazol-2-one / TH7755 分子量: 454.499 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₂N₄O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.52 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.12 M Monosaccharide mix (Morpheus Screen), 0.1 M Imidazole/MES pH 6.5, 20% PEG 500 MME, 20% PEG 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.97622 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→39.22 Å / Num. obs: 25129 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / Num. unique obs: 1235 / CC_1/2: 0.949

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
PHENIX	1.18.2	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5LPG

5lpg

解像度: 1.5→39.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 2.667 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.078 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2127	1247	4.963 %
R_work	0.1803	23878	-
all	0.182	-	-
obs	-	25125	99.96 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.688 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.893 Å²	0 Å²	0.333 Å²
2-	-	-4.985 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.912 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→39.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1248	0	32	106	1386

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	1169
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.739	1.661	1806
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.406	1.592	2726
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.976	5	156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.117	23.239	71
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.845	15	213
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.414	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1480
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	283
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	224
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	625
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	590
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.063	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.175	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.301	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.107	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.068	3.874	621
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.048	3.871	620
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.147	5.808	775
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.144	5.811	776
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.409	4.395	705
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.406	4.395	706
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.509	6.387	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.505	6.388	1031
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.821	45.477	1505
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.793	45.012	1485

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.539	0.341	73	0.328	1754	X-RAY DIFFRACTION	100
1.539-1.581	0.264	92	0.301	1707	X-RAY DIFFRACTION	99.9444
1.581-1.627	0.307	86	0.283	1670	X-RAY DIFFRACTION	99.9431
1.627-1.677	0.305	87	0.257	1623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.677-1.732	0.246	104	0.231	1560	X-RAY DIFFRACTION	100
1.732-1.793	0.284	71	0.213	1485	X-RAY DIFFRACTION	100
1.793-1.86	0.232	73	0.192	1454	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.936	0.198	69	0.182	1431	X-RAY DIFFRACTION	100
1.936-2.022	0.25	62	0.193	1355	X-RAY DIFFRACTION	100
2.022-2.121	0.235	60	0.174	1289	X-RAY DIFFRACTION	100
2.121-2.235	0.174	68	0.172	1245	X-RAY DIFFRACTION	100
2.235-2.371	0.246	62	0.179	1169	X-RAY DIFFRACTION	100
2.371-2.534	0.191	66	0.176	1087	X-RAY DIFFRACTION	100
2.534-2.736	0.22	61	0.165	1025	X-RAY DIFFRACTION	100
2.736-2.997	0.224	42	0.171	946	X-RAY DIFFRACTION	100
2.997-3.35	0.194	43	0.159	875	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.865	0.208	54	0.15	742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.865-4.729	0.168	37	0.138	650	X-RAY DIFFRACTION	100
4.729-6.665	0.153	24	0.174	514	X-RAY DIFFRACTION	100
6.665-39.25	0.198	13	0.174	297	X-RAY DIFFRACTION	97.4843

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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