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- PDB-7b5h: Cryo-EM structure of the contractile injection system base plate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b5h
タイトルCryo-EM structure of the contractile injection system base plate from Anabaena PCC7120
要素
  • All3314 protein
  • All3315 protein
  • All3316 protein
  • All3317 protein
  • All3318 protein
  • All3320 protein
  • All3321 protein
  • All3323 protein
  • All3324 protein
  • All3325 protein
  • Asl3322 protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / contractile tail / injection system / macromolecular machine
機能・相同性
機能・相同性情報


structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF5908 / Family of unknown function (DUF5908) / YegP-like superfamily / Contractile injection system tube protein, N-terminal domain / Contractile injection system tube protein / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr protein / IraD/Gp25-like / Baseplate wedge protein gp25 / Conserved hypothetical protein CHP02241 / Bacteriophage T4, Gp19, tail tube ...Protein of unknown function DUF5908 / Family of unknown function (DUF5908) / YegP-like superfamily / Contractile injection system tube protein, N-terminal domain / Contractile injection system tube protein / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr protein / IraD/Gp25-like / Baseplate wedge protein gp25 / Conserved hypothetical protein CHP02241 / Bacteriophage T4, Gp19, tail tube / T4-like virus tail tube protein gp19 / Gp5/Type VI secretion system Vgr protein, OB-fold domain / Type VI secretion system/phage-baseplate injector OB domain / Baseplate protein J-like / Baseplate J-like protein / Vgr protein, OB-fold domain superfamily / : / Tail sheath protein, C-terminal domain / Phage tail sheath C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
All3325 protein / All3324 protein / All3323 protein / Asl3322 protein / All3321 protein / All3320 protein / All3318 protein / All3317 protein / All3316 protein / All3315 protein / All3314 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Eisenstein, F. / Weiss, G.L. / Pilhofer, M.
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2022
タイトル: Structure of a thylakoid-anchored contractile injection system in multicellular cyanobacteria.
著者: Gregor L Weiss / Fabian Eisenstein / Ann-Katrin Kieninger / Jingwei Xu / Hannah A Minas / Milena Gerber / Miki Feldmüller / Iris Maldener / Karl Forchhammer / Martin Pilhofer /
要旨: Contractile injection systems (CISs) mediate cell-cell interactions by phage tail-like structures, using two distinct modes of action: extracellular CISs are released into the medium, while type 6 ...Contractile injection systems (CISs) mediate cell-cell interactions by phage tail-like structures, using two distinct modes of action: extracellular CISs are released into the medium, while type 6 secretion systems (T6SSs) are attached to the cytoplasmic membrane and function upon cell-cell contact. Here, we characterized a CIS in the multicellular cyanobacterium Anabaena, with features distinct from extracellular CISs and T6SSs. Cryo-electron tomography of focused ion beam-milled cells revealed that CISs were anchored in thylakoid membrane stacks, facing the cell periphery. Single particle cryo-electron microscopy showed that this unique in situ localization was mediated by extensions of tail fibre and baseplate components. On stress, cyanobacteria induced the formation of ghost cells, presenting thylakoid-anchored CISs to the environment. Functional assays suggest that these CISs may mediate ghost cell formation and/or interactions of ghost cells with other organisms. Collectively, these data provide a framework for understanding the evolutionary re-engineering of CISs and potential roles of these CISs in cyanobacterial programmed cell death.
履歴
登録2020年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-12029
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12029
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: All3314 protein
AB: All3314 protein
AC: All3314 protein
AD: All3315 protein
AE: All3316 protein
AF: All3316 protein
AG: All3316 protein
AH: All3317 protein
AJ: All3320 protein
AL: Asl3322 protein
AI: All3318 protein
AK: All3321 protein
AM: All3323 protein
AN: All3324 protein
AO: All3325 protein
AP: All3325 protein
AQ: All3325 protein
BA: All3314 protein
BB: All3314 protein
BC: All3314 protein
BD: All3315 protein
BE: All3316 protein
BF: All3316 protein
BG: All3316 protein
BH: All3317 protein
BI: All3318 protein
BK: All3321 protein
BM: All3323 protein
BN: All3324 protein
BO: All3325 protein
BP: All3325 protein
BQ: All3325 protein
CA: All3314 protein
CB: All3314 protein
CC: All3314 protein
CD: All3315 protein
CE: All3316 protein
CF: All3316 protein
CG: All3316 protein
CH: All3317 protein
CJ: All3320 protein
CL: Asl3322 protein
CI: All3318 protein
CK: All3321 protein
CM: All3323 protein
CN: All3324 protein
CO: All3325 protein
CP: All3325 protein
CQ: All3325 protein
DA: All3314 protein
DB: All3314 protein
DC: All3314 protein
DD: All3315 protein
DE: All3316 protein
DF: All3316 protein
DG: All3316 protein
DH: All3317 protein
DI: All3318 protein
DK: All3321 protein
DM: All3323 protein
DN: All3324 protein
DO: All3325 protein
DP: All3325 protein
DQ: All3325 protein
EA: All3314 protein
EB: All3314 protein
EC: All3314 protein
ED: All3315 protein
EE: All3316 protein
EF: All3316 protein
EG: All3316 protein
EH: All3317 protein
EJ: All3320 protein
EL: Asl3322 protein
EI: All3318 protein
EK: All3321 protein
EM: All3323 protein
EN: All3324 protein
EO: All3325 protein
EP: All3325 protein
EQ: All3325 protein
FA: All3314 protein
FB: All3314 protein
FC: All3314 protein
FD: All3315 protein
FE: All3316 protein
FF: All3316 protein
FG: All3316 protein
FH: All3317 protein
FI: All3318 protein
FK: All3321 protein
FM: All3323 protein
FN: All3324 protein
FO: All3325 protein
FP: All3325 protein
FQ: All3325 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,722,33296
ポリマ－6,722,33296
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy, in situ structures of the full assembly have been determined by cryo-electron tomography
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area737000 Å2
ΔGint-3342 kcal/mol
Surface area1836010 Å2
手法PISA

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要素

-
タンパク質 , 10種, 93分子 AAABACBABBBCCACBCCDADBDCEAEBECFAFBFCADBDCDDDEDFDAEAFAGBEBFBG...

#1: タンパク質
All3314 protein


分子量: 166114.344 Da / 分子数: 18 / 断片: crown protein Cis19 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell culture
由来: (天然) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 参照: UniProt: Q8YRX8
#2: タンパク質
All3315 protein


分子量: 154377.031 Da / 分子数: 6 / 断片: baseplate protein Cis12 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell culture
由来: (天然) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 参照: UniProt: Q8YRX7
#3: タンパク質
All3316 protein


分子量: 18335.021 Da / 分子数: 18 / 断片: tail fibre protein Cis13 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell culture
由来: (天然) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 参照: UniProt: Q8YRX6
#4: タンパク質
All3317 protein


分子量: 139003.422 Da / 分子数: 6 / 断片: baseplate protein Cis11 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell culture
由来: (天然) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 参照: UniProt: Q8YRX5
#5: タンパク質 All3320 protein


分子量: 63636.625 Da / 分子数: 3 / 断片: spike protein Cis8 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell culture
由来: (天然) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 参照: UniProt: Q8YRX2
#7: タンパク質
All3318 protein


分子量: 16764.764 Da / 分子数: 6 / 断片: baseplate protein Cis9 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell culture
由来: (天然) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 参照: UniProt: Q8YRX4
#8: タンパク質
All3321 protein


分子量: 27090.568 Da / 分子数: 6 / 断片: tube adapter protein Cis7 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell culture
由来: (天然) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 参照: UniProt: Q8YRX1
#9: タンパク質
All3323 protein


分子量: 19204.932 Da / 分子数: 6 / 断片: tube adapter protein Cis5 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell culture
由来: (天然) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 参照: UniProt: Q8YRW9
#10: タンパク質
All3324 protein


分子量: 16459.543 Da / 分子数: 6 / 断片: tube protein Cis1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell culture
由来: (天然) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 参照: UniProt: Q8YRW8
#11: タンパク質
All3325 protein


分子量: 53236.160 Da / 分子数: 18 / 断片: sheath protein Cis2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell culture
由来: (天然) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 参照: UniProt: Q8YRW7

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タンパク質・ペプチド , 1種, 3分子 ALCLEL

#6: タンパク質・ペプチド Asl3322 protein


分子量: 5226.893 Da / 分子数: 3 / 断片: spike plug protein Cis6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell culture
由来: (天然) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 参照: UniProt: Q8YRX0

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Base plate and spike complex (C3) of the Anabaena PCC7120 contractile injection system
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Calibrated defocus min: 900 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 52 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 19000
画像スキャン動画フレーム数/画像: 50

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 228163
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 36909 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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