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万見
- PDB-7b3y: Structure of a nanoparticle for a COVID-19 vaccine candidate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b3y
タイトルStructure of a nanoparticle for a COVID-19 vaccine candidate
要素Fibronectin binding protein,2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / SARS-CoV-2 / SpyTag / VLP / Receptor-binding domain / vaccine / COVID-19 / SpyCatcher / nanocage / icosahedral / nanoparticle / coronavirus / mi3
機能・相同性
機能・相同性情報


cell wall / cell adhesion / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Fibronectin binding repeat / Collagen-binding surface protein Cna-like, B-type domain / Fibronectin binding repeat / Cna protein B-type domain / Fibrinogen-binding domain 2 / C-terminus of bacterial fibrinogen-binding adhesin / KDPG/KHG aldolase / SDR-like Ig domain / KDPG and KHG aldolase / Bacterial Ig domain ...Fibronectin binding repeat / Collagen-binding surface protein Cna-like, B-type domain / Fibronectin binding repeat / Cna protein B-type domain / Fibrinogen-binding domain 2 / C-terminus of bacterial fibrinogen-binding adhesin / KDPG/KHG aldolase / SDR-like Ig domain / KDPG and KHG aldolase / Bacterial Ig domain / Fibrogen-binding domain 1 / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / Adhesion domain superfamily / Aldolase-type TIM barrel / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibronectin binding protein / 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes serotype M49 (化膿レンサ球菌)
Thermotoga maritima (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Duyvesteyn, H.M.E. / Stuart, D.I.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences2018-I2M-2-002 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: A COVID-19 vaccine candidate using SpyCatcher multimerization of the SARS-CoV-2 spike protein receptor-binding domain induces potent neutralising antibody responses.
著者: Tiong Kit Tan / Pramila Rijal / Rolle Rahikainen / Anthony H Keeble / Lisa Schimanski / Saira Hussain / Ruth Harvey / Jack W P Hayes / Jane C Edwards / Rebecca K McLean / Veronica Martini / ...著者: Tiong Kit Tan / Pramila Rijal / Rolle Rahikainen / Anthony H Keeble / Lisa Schimanski / Saira Hussain / Ruth Harvey / Jack W P Hayes / Jane C Edwards / Rebecca K McLean / Veronica Martini / Miriam Pedrera / Nazia Thakur / Carina Conceicao / Isabelle Dietrich / Holly Shelton / Anna Ludi / Ginette Wilsden / Clare Browning / Adrian K Zagrajek / Dagmara Bialy / Sushant Bhat / Phoebe Stevenson-Leggett / Philippa Hollinghurst / Matthew Tully / Katy Moffat / Chris Chiu / Ryan Waters / Ashley Gray / Mehreen Azhar / Valerie Mioulet / Joseph Newman / Amin S Asfor / Alison Burman / Sylvia Crossley / John A Hammond / Elma Tchilian / Bryan Charleston / Dalan Bailey / Tobias J Tuthill / Simon P Graham / Helen M E Duyvesteyn / Tomas Malinauskas / Jiandong Huo / Julia A Tree / Karen R Buttigieg / Raymond J Owens / Miles W Carroll / Rodney S Daniels / John W McCauley / David I Stuart / Kuan-Ying A Huang / Mark Howarth / Alain R Townsend /
要旨: There is need for effective and affordable vaccines against SARS-CoV-2 to tackle the ongoing pandemic. In this study, we describe a protein nanoparticle vaccine against SARS-CoV-2. The vaccine is ...There is need for effective and affordable vaccines against SARS-CoV-2 to tackle the ongoing pandemic. In this study, we describe a protein nanoparticle vaccine against SARS-CoV-2. The vaccine is based on the display of coronavirus spike glycoprotein receptor-binding domain (RBD) on a synthetic virus-like particle (VLP) platform, SpyCatcher003-mi3, using SpyTag/SpyCatcher technology. Low doses of RBD-SpyVLP in a prime-boost regimen induce a strong neutralising antibody response in mice and pigs that is superior to convalescent human sera. We evaluate antibody quality using ACE2 blocking and neutralisation of cell infection by pseudovirus or wild-type SARS-CoV-2. Using competition assays with a monoclonal antibody panel, we show that RBD-SpyVLP induces a polyclonal antibody response that recognises key epitopes on the RBD, reducing the likelihood of selecting neutralisation-escape mutants. Moreover, RBD-SpyVLP is thermostable and can be lyophilised without losing immunogenicity, to facilitate global distribution and reduce cold-chain dependence. The data suggests that RBD-SpyVLP provides strong potential to address clinical and logistic challenges of the COVID-19 pandemic.
履歴
登録2020年12月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

ムービー
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
B: Fibronectin binding protein,2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0011
ポリマ－36,0011
非ポリマー00
水00
1
B: Fibronectin binding protein,2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,160,04360
ポリマ－2,160,04360
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1
point symmetry operation59

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要素

#1: タンパク質 Fibronectin binding protein,2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase


分子量: 36000.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Model just contains mi3 cage component of VLP. Note that the Spy and RBD (spy tag and RBD are omitted from the sequence) are are not included in the model. The spycatcher003-mi3 can be found ...詳細: Model just contains mi3 cage component of VLP. Note that the Spy and RBD (spy tag and RBD are omitted from the sequence) are are not included in the model. The spycatcher003-mi3 can be found on genbank with code MT945417 and that of the SpyTag-RBD at MT945427.,Model just contains mi3 cage component of VLP. Note that the Spy and RBD (spy tag and RBD are omitted from the sequence) are are not included in the model. The spycatcher003-mi3 can be found on genbank with code MT945417 and that of the SpyTag-RBD at MT945427.
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M49 (strain NZ131) (化膿レンサ球菌), (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア)
株: NZ131, ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: prtF, Spy49_0119, TM_0066 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3BX48, UniProt: Q9WXS1

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RBD-Spycatcher-mi3 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: PBS
試料濃度: 0.9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 倍率（補正後）: 165000 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 48.1 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7393
詳細: SerialEM collection employing beam tilt for multishots per hole using custom script.
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 30 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC粒子像選択
2SerialEM3.8.0画像取得beta
4cryoSPARCCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
8Coot0.9.2モデルフィッティング
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
20PHENIX1.18.203874モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 150785 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 9.4 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 5KP9

5kp9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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