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タイトルA COVID-19 vaccine candidate using SpyCatcher multimerization of the SARS-CoV-2 spike protein receptor-binding domain induces potent neutralising antibody responses.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Issue 1, Page 542, Year 2021
掲載日2021年1月22日
著者Tiong Kit Tan / Pramila Rijal / Rolle Rahikainen / Anthony H Keeble / Lisa Schimanski / Saira Hussain / Ruth Harvey / Jack W P Hayes / Jane C Edwards / Rebecca K McLean / Veronica Martini / Miriam Pedrera / Nazia Thakur / Carina Conceicao / Isabelle Dietrich / Holly Shelton / Anna Ludi / Ginette Wilsden / Clare Browning / Adrian K Zagrajek / Dagmara Bialy / Sushant Bhat / Phoebe Stevenson-Leggett / Philippa Hollinghurst / Matthew Tully / Katy Moffat / Chris Chiu / Ryan Waters / Ashley Gray / Mehreen Azhar / Valerie Mioulet / Joseph Newman / Amin S Asfor / Alison Burman / Sylvia Crossley / John A Hammond / Elma Tchilian / Bryan Charleston / Dalan Bailey / Tobias J Tuthill / Simon P Graham / Helen M E Duyvesteyn / Tomas Malinauskas / Jiandong Huo / Julia A Tree / Karen R Buttigieg / Raymond J Owens / Miles W Carroll / Rodney S Daniels / John W McCauley / David I Stuart / Kuan-Ying A Huang / Mark Howarth / Alain R Townsend /
PubMed 要旨There is need for effective and affordable vaccines against SARS-CoV-2 to tackle the ongoing pandemic. In this study, we describe a protein nanoparticle vaccine against SARS-CoV-2. The vaccine is ...There is need for effective and affordable vaccines against SARS-CoV-2 to tackle the ongoing pandemic. In this study, we describe a protein nanoparticle vaccine against SARS-CoV-2. The vaccine is based on the display of coronavirus spike glycoprotein receptor-binding domain (RBD) on a synthetic virus-like particle (VLP) platform, SpyCatcher003-mi3, using SpyTag/SpyCatcher technology. Low doses of RBD-SpyVLP in a prime-boost regimen induce a strong neutralising antibody response in mice and pigs that is superior to convalescent human sera. We evaluate antibody quality using ACE2 blocking and neutralisation of cell infection by pseudovirus or wild-type SARS-CoV-2. Using competition assays with a monoclonal antibody panel, we show that RBD-SpyVLP induces a polyclonal antibody response that recognises key epitopes on the RBD, reducing the likelihood of selecting neutralisation-escape mutants. Moreover, RBD-SpyVLP is thermostable and can be lyophilised without losing immunogenicity, to facilitate global distribution and reduce cold-chain dependence. The data suggests that RBD-SpyVLP provides strong potential to address clinical and logistic challenges of the COVID-19 pandemic.
リンクNat Commun / PubMed:33483491 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.7 Å
構造データ

11997

7b3y

EMDB-11997, PDB-7b3y:
Structure of a nanoparticle for a COVID-19 vaccine candidate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

由来
  • Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • thermotoga maritima (strain atcc 43589 / msb8 / dsm 3109 / jcm 10099) (バクテリア)
  • streptococcus pyogenes serotype m49 (strain nz131) (化膿レンサ球菌)
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / SARS-CoV-2 / SpyTag / VLP / Receptor-binding domain / vaccine / COVID-19 / SpyCatcher / nanocage / icosahedral / nanoparticle / coronavirus / mi3

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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