PDB-7b3u: OXA-10 beta-lactamase with covalent modification

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7b3u

タイトル

OXA-10 beta-lactamase with covalent modification

要素

Beta-lactamase OXA-10

キーワード

HYDROLASE / beta lactamase / antibiotic resistance / tazobactam / dehydroalanine / irreversible inhibition / covalent modification

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.598 Å

データ登録者

Lang, P.A. / Brem, J. / Schofield, C.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Studies on enmetazobactam clarify mechanisms of widely used beta-lactamase inhibitors.
著者: Lang, P.A. / Raj, R. / Tumber, A. / Lohans, C.T. / Rabe, P. / Robinson, C.V. / Brem, J. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2020年12月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_close_contact / struct_conn Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.1	2024年1月31日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7b3u.cif.gz	306.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7b3u.ent.gz	251.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7b3u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7b3u_validation.pdf.gz	452 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7b3u_full_validation.pdf.gz	453.3 KB	表示
XML形式データ	7b3u_validation.xml.gz	25.9 KB	表示
CIF形式データ	7b3u_validation.cif.gz	39.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/7b3u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/7b3u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6t35C 7b3rC 7b3sC 1k55S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mox-d 2hpb-d 6skp-d 1k57-2 1k57-1 5mmy-d 2hp6-d 1fof-d 6hoo-d 2x01-d 2hp9-d 2x02-d 1e4d-1 1k4f-d 1k56-2 5fq9-d 7b3r-d 1k55-2 1e3u-1 1ewz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-lactamase OXA-10

B: Beta-lactamase OXA-10

ヘテロ分子

56.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.935, 97.222, 125.988
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-lactamase OXA-10 / Beta-lactamase PSE-2 分子量: 27715.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: bla, oxa10, pse2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14489, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 562 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.5 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Sodium sulfate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.96856 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.96856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.598→77.02 Å / Num. obs: 80334 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.152 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.158 / Net I/σ(I): 8.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.6-1.64	11.8	1.275	69357	5874	0.816	0.385	1.333	1.7	100
7.16-77.02	11.7	0.06	12181	1039	0.998	0.018	0.063	21.4	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4.22 Å	48.74 Å
Translation	4.22 Å	48.74 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1K55

1k55

解像度: 1.598→52.867 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1767	4113	5.13 %
R_work	0.1551	76113	-
obs	0.1563	80226	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.23 Å² / B_iso mean: 27.5105 Å² / B_iso min: 10.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.598→52.867 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3810	0	49	576	4435
B_iso mean	-	-	35.59	37.48	-
残基数	-	-	-	-	493

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.5983-1.6171	0.2743	129	0.2347	2459	95
1.6171-1.6368	0.2286	148	0.2091	2594	100
1.6368-1.6576	0.253	145	0.2002	2574	100
1.6576-1.6794	0.2282	133	0.1838	2639	100
1.6794-1.7024	0.2054	141	0.1863	2579	100
1.7024-1.7267	0.1944	137	0.1855	2596	100
1.7267-1.7525	0.2142	162	0.1823	2590	100
1.7525-1.7799	0.2291	129	0.1828	2568	100
1.7799-1.809	0.2306	142	0.1961	2637	100
1.809-1.8402	0.215	134	0.1828	2591	100
1.8402-1.8737	0.1978	154	0.1748	2609	100
1.8737-1.9097	0.2057	127	0.1804	2597	100
1.9097-1.9487	0.1822	147	0.1597	2613	100
1.9487-1.9911	0.1842	130	0.1565	2602	100
1.9911-2.0374	0.1739	100	0.1584	2680	100
2.0374-2.0884	0.1849	133	0.1495	2590	100
2.0884-2.1448	0.1946	154	0.1493	2632	100
2.1448-2.208	0.1833	127	0.1492	2621	100
2.208-2.2792	0.1636	139	0.1467	2625	100
2.2792-2.3607	0.175	154	0.1493	2597	100
2.3607-2.4552	0.1818	134	0.1468	2668	100
2.4552-2.5669	0.1797	135	0.1536	2642	100
2.5669-2.7023	0.1737	160	0.1539	2631	100
2.7023-2.8716	0.1831	159	0.1523	2636	100
2.8716-3.0933	0.1694	150	0.1529	2632	100
3.0933-3.4045	0.1688	154	0.1459	2656	100
3.4045-3.897	0.1536	159	0.1427	2674	100
3.897-4.9092	0.1208	154	0.118	2723	100
4.9092-52.867	0.2017	143	0.1764	2858	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8504	-2.8581	-2.0747	3.9295	1.6803	3.868	-0.1041	0.5448	-0.7976	-0.1522	-0.3887	0.8613	0.3881	-0.5653	0.4578	0.3419	-0.0371	-0.0719	0.2482	-0.1235	0.3607	-21.4851	-3.7353	-16.0984
2	9.6464	-4.5596	4.9549	6.3365	-3.1216	7.9854	-0.0387	0.3033	-0.1693	-0.0637	-0.0936	0.0225	0.4524	0.4168	0.119	0.1917	-0.0072	0.0108	0.1251	-0.0389	0.1153	-14.9234	-2.09	-12.3804
3	1.13	1.6531	1.7697	8.1876	7.4846	9.0015	-0.1096	0.1271	-0.0418	-0.3394	0.1179	0.0345	-0.3323	0.1472	0.0104	0.0738	-0.0057	-0.0039	0.1127	0.016	0.1141	-14.7156	10.7745	-11.1299
4	4.8395	1.2692	-3.0681	1.3802	0.6704	4.2984	-0.1277	-0.2061	0.0047	0.1326	0.0196	-0.0552	0.0888	0.3874	0.1113	0.1202	0.0437	-0.0193	0.1012	0.0083	0.139	-5.3867	13.8489	9.9659
5	6.9218	-6.3811	0.5839	8.4626	0.5785	5.2715	-0.1979	-0.2029	-0.0542	0.0955	0.226	0.2582	0.0016	-0.392	-0.0182	0.0933	-0.0142	0.0149	0.1463	0.0381	0.1083	-19.8339	17.8443	12.4529
6	1.0334	0.1545	-0.0492	1.6725	0.2847	1.4021	-0.0242	0.0159	-0.0147	0.0372	0.0441	-0.017	0.1171	0.0755	-0.0177	0.0942	0.0163	-0.0015	0.11	0.0037	0.0987	-7.9389	11.4833	-0.1946
7	3.9214	-2.5674	0.0713	5.6082	-0.24	1.9882	-0.0598	0.0028	-0.2515	-0.0235	0.0403	0.3856	0.2096	-0.1571	-0.0258	0.1264	-0.0282	0.0226	0.1169	-0.0143	0.1095	-22.0288	4.2017	-6.5329
8	3.3131	3.4351	0.8918	8.3925	1.3701	2.5551	0.1708	-0.1433	0.1403	0.3118	-0.1797	0.5257	-0.1444	-0.5412	0.012	0.1465	0.0346	0.0338	0.2867	0.0297	0.1823	-23.2051	-5.1396	35.3568
9	2.1563	-0.7654	-2.2681	1.7386	0.6675	4.3678	0.0542	-0.0471	-0.0992	-0.0885	-0.1296	-0.0915	-0.0212	0.062	0.0853	0.0996	-0.0065	-0.043	0.1364	0.02	0.1499	-7.4804	-8.8115	26.249
10	5.7954	-0.8874	-1.508	5.1581	4.1197	6.227	-0.0673	0.1156	-0.6914	-0.2231	-0.0628	0.253	0.9136	-0.5717	0.107	0.466	-0.0082	0.0194	0.2318	-0.0017	0.2898	-8.0515	-21.1255	10.0844
11	1.6532	-0.6386	-0.2072	1.8917	-0.3053	2.303	0.0084	-0.0031	-0.1368	-0.0564	-0.0225	-0.1819	0.1332	0.1721	0.0128	0.1042	0.0066	-0	0.1208	0.0242	0.1651	-1.9441	-10.8746	25.0108
12	3.2667	-0.5815	0.4422	4.1683	0.2689	3.6336	0.0357	0.0774	-0.2376	-0.1365	-0.1379	0.1075	-0.0646	-0.331	-0.0133	0.0997	0.0207	-0.0028	0.1594	-0.0099	0.1125	-16.7967	-10.1707	24.4763
13	3.348	1.383	0.1261	5.3307	-1.0962	2.5085	-0.0694	0.153	-0.0719	-0.3017	0.2042	0.5198	0.0453	-0.5492	-0.1108	0.1362	0.0043	-0.024	0.2782	0.0148	0.1606	-22.8241	-7.8984	26.364

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 19 through 35 )	A	19 - 35
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 36 through 55 )	A	36 - 55
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 56 through 69 )	A	56 - 69
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 70 through 89 )	A	70 - 89
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 90 through 116 )	A	90 - 116
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 117 through 208 )	A	117 - 208
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 209 through 264 )	A	209 - 264
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 19 through 45 )	B	19 - 45
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 46 through 89 )	B	46 - 89
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 90 through 116 )	B	90 - 116
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 117 through 196 )	B	117 - 196
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 197 through 228 )	B	197 - 228
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 229 through 265 )	B	229 - 265

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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