+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7b2i | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Heterodimeric tRNA-Guanine Transglycosylase from mouse | ||||||
要素 | (Queuine tRNA-ribosyltransferase ...) x 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / TRANSGLYCOSYLASE / TIM BARREL / DIMER / TGT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA-guanosine34 queuine transglycosylase / transferase complex / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / mitochondrial outer membrane / tRNA binding / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion ...tRNA-guanosine34 queuine transglycosylase / transferase complex / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / mitochondrial outer membrane / tRNA binding / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Sebastiani, M. / Heine, A. / Reuter, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2022 タイトル: Structural and Biochemical Investigation of the Heterodimeric Murine tRNA-Guanine Transglycosylase. 著者: Sebastiani, M. / Behrens, C. / Dorr, S. / Gerber, H.D. / Benazza, R. / Hernandez-Alba, O. / Cianferani, S. / Klebe, G. / Heine, A. / Reuter, K. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7b2i.cif.gz | 380.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7b2i.ent.gz | 255.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7b2i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7b2i_validation.pdf.gz | 489.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7b2i_full_validation.pdf.gz | 491.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7b2i_validation.xml.gz | 31.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7b2i_validation.cif.gz | 47.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/7b2i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/7b2i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
-Queuine tRNA-ribosyltransferase ... , 2種, 2分子 AC
#1: タンパク質 | 分子量: 46710.465 Da / 分子数: 1 / 変異: M1del / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Qtrt2, Qtrtd1 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Vibrio natriegens (バクテリア) / Variant (発現宿主): Vmax 参照: UniProt: B8ZXI1, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 43428.980 Da / 分子数: 1 / 変異: M1_L10del / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Qtrt1, Tgt, Tgut / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Vibrio natriegens (バクテリア) / Variant (発現宿主): Vmax 参照: UniProt: Q9JMA2, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase |
-非ポリマー , 8種, 497分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-PGE / | #8: 化合物 | ChemComp-P6G / | #9: 化合物 | ChemComp-CIT / | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.63 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM Citrate pH 6.5, 700 mM Ammonium sulfate, 1 M Lithium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 125031 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 22.6 Å2 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 23.17 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.75 Å / Num. unique obs: 19850 / CC1/2: 0.822 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6H62, 6FV5 解像度: 1.65→45.17 Å / SU ML: 0.1469 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.1182 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.98 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→45.17 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|