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Yorodumi- PDB-5tdh: The crystal structure of the dominant negative mutant G protein a... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5tdh | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Title | The crystal structure of the dominant negative mutant G protein alpha(i)-1-beta-1-gamma-2 G203A/A326S | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components |
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Keywords | CELL CYCLE / dominant negative / G-alpha(i)-1-beta-1-gamma-2 heterotrimer / G203A / A326S / GPCR / GDP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information G-protein activation / Activation of the phototransduction cascade / : / Glucagon-type ligand receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Ca2+ pathway ...G-protein activation / Activation of the phototransduction cascade / : / Glucagon-type ligand receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Ca2+ pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G alpha (z) signalling events / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Glucagon-type ligand receptors / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / G alpha (12/13) signalling events / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Ca2+ pathway / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / spectrin binding / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / photoreceptor outer segment / Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of protein localization to cell cortex / regulation of cAMP-mediated signaling / D2 dopamine receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor binding / regulation of mitotic spindle organization / cellular response to forskolin / cardiac muscle cell apoptotic process / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / photoreceptor inner segment / Regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / response to peptide hormone / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin E stimulus / sensory perception of taste / GPER1 signaling / GDP binding / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / signaling receptor complex adaptor activity / retina development in camera-type eye / GTPase binding / cell body / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cell cortex / midbody / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / cellular response to hypoxia / G alpha (s) signalling events / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / cell cycle / G protein-coupled receptor signaling pathway / cell division / lysosomal membrane / GTPase activity / centrosome / dendrite / protein-containing complex binding / GTP binding / nucleolus Similarity search - Function | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Rattus norvegicus (Norway rat) Bos taurus (cattle) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Authors | Liu, P. / Jia, M.-Z. / Zhou, X.E. / de Waal, P.W. / Dickson, B.M. / Liu, B. / Hou, L. / Yin, Y.-T. / Kang, Y.-Y. / Shi, Y. ...Liu, P. / Jia, M.-Z. / Zhou, X.E. / de Waal, P.W. / Dickson, B.M. / Liu, B. / Hou, L. / Yin, Y.-T. / Kang, Y.-Y. / Shi, Y. / Melcher, K. / Xu, H.E. / Jiang, Y. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Funding support | China, United States, 11items
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Citation | Journal: Acta Pharmacol.Sin. / Year: 2016 Title: The structural basis of the dominant negative phenotype of the G alpha i1 beta 1 gamma 2 G203A/A326S heterotrimer Authors: Liu, P. / Jia, M.-Z. / Zhou, X.E. / De Waal, P.W. / Dickson, B.M. / Liu, B. / Hou, L. / Yin, Y.-T. / Kang, Y.-Y. / Shi, Y. / Melcher, K. / Xu, H.E. / Jiang, Y. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5tdh.cif.gz | 572.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5tdh.ent.gz | 472.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5tdh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/5tdh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/5tdh | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 40429.059 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: G203A,A326S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: GNAI1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P63096 #2: Protein | Mass: 37575.082 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rattus norvegicus (Norway rat) / Gene: Gnb1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P54311 #3: Protein | Mass: 7563.750 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bos taurus (cattle) / Gene: GNG2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P63212 #4: Chemical | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: evaporation / pH: 5.6 Details: 2% v/v Tacsimate (pH 5.0), 0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate (pH 5.6), 16% w/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.97915 Å |
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Dec 22, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→50 Å / Num. obs: 34720 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 6.3 % / Net I/σ(I): 5.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 3→43.635 Å / SU ML: 0.46 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 32.64
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→43.635 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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