+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7b2a | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Complement inhibitor CirpA5 from Rhipicephalus appendiculatus | ||||||||||||||||||
要素 | CirpA5 | ||||||||||||||||||
キーワード | IMMUNOSUPPRESSANT / Inhibitor / Complement / Tick | ||||||||||||||||||
生物種 | Rhipicephalus appendiculatus (ダニ) | ||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Lea, S.M. / Johnson, S. / Braunger, K. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 5件
| ||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structure and function of a family of tick-derived complement inhibitors targeting properdin. 著者: Braunger, K. / Ahn, J. / Jore, M.M. / Johnson, S. / Tang, T.T.L. / Pedersen, D.V. / Andersen, G.R. / Lea, S.M. | ||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7b2a.cif.gz | 104 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7b2a.ent.gz | 65.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7b2a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7b2a_validation.pdf.gz | 446 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7b2a_full_validation.pdf.gz | 449.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7b2a_validation.xml.gz | 9.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7b2a_validation.cif.gz | 13.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/7b2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/7b2a | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19598.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhipicephalus appendiculatus (ダニ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-EPE / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.8 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Sodium HEPES, pH 8.2, 50% (v/v) PEG500 MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9159 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.91→55.08 Å / Num. obs: 16268 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 24.83 Å2 / CC1/2: 0.988 / Net I/σ(I): 5.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.91→2.03 Å / Num. unique obs: 1181 / CC1/2: 0.58 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: CirpA1 解像度: 1.91→55.08 Å / SU ML: 0.2147 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 26.3669 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.27 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.91→55.08 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 19.4073021798 Å / Origin y: 15.8856241023 Å / Origin z: 93.0685731919 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: all |