+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7b2d | ||||||||||||||||||
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Title | Complement inhibitor CirpA1 from Rhipicephalus pulchellus | ||||||||||||||||||
Components | CirpA1 | ||||||||||||||||||
Keywords | IMMUNOSUPPRESSANT / Inhibitor / Complement / Tick | ||||||||||||||||||
Function / homology | D-MALATE Function and homology information | ||||||||||||||||||
Biological species | Rhipicephalus pulchellus (arthropod) | ||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.96 Å | ||||||||||||||||||
Authors | Lea, S.M. / Johnson, S. / Braunger, K. | ||||||||||||||||||
Funding support | United Kingdom, 5items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2022 Title: Structure and function of a family of tick-derived complement inhibitors targeting properdin. Authors: Braunger, K. / Ahn, J. / Jore, M.M. / Johnson, S. / Tang, T.T.L. / Pedersen, D.V. / Andersen, G.R. / Lea, S.M. | ||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7b2d.cif.gz | 97.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7b2d.ent.gz | 60.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7b2d.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7b2d_validation.pdf.gz | 433.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7b2d_full_validation.pdf.gz | 435 KB | Display | |
Data in XML | 7b2d_validation.xml.gz | 9.1 KB | Display | |
Data in CIF | 7b2d_validation.cif.gz | 12.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/7b2d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/7b2d | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7b26C 7b28C 7b29C 7b2aC 3zuiS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 20431.527 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhipicephalus pulchellus (arthropod) / Production host: Escherichia coli (E. coli) | ||||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.21 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2 M imidazole malate, pH 6, 30% (w/v) PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jul 31, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.96→45.07 Å / Num. obs: 14374 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 27.2 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 11.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.96→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 1.317 / Num. unique obs: 1047 / CC1/2: 0.571 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3ZUI Resolution: 1.96→45.07 Å / SU ML: 0.2458 / Cross valid method: FREE R-VALUE / Phase error: 24.4171 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 39.56 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.96→45.07 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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