+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7b26 | ||||||||||||||||||
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Title | CirpA1 in complex with pseudo-monomeric Properdin lacking TSR2-3 | ||||||||||||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNOSUPPRESSANT / Inhibitor / Complement / Tick / Complex | ||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information cytoplasmic side of Golgi membrane / positive regulation of opsonization / Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / complement activation, alternative pathway / complement activation / Regulation of Complement cascade / specific granule lumen ...cytoplasmic side of Golgi membrane / positive regulation of opsonization / Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / complement activation, alternative pathway / complement activation / Regulation of Complement cascade / specific granule lumen / positive regulation of immune response / tertiary granule lumen / defense response to bacterium / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region Similarity search - Function | ||||||||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Rhipicephalus pulchellus (arthropod) | ||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.4 Å | ||||||||||||||||||
Authors | Lea, S.M. / Johnson, S. / Braunger, K. | ||||||||||||||||||
Funding support | United Kingdom, 5items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2022 Title: Structure and function of a family of tick-derived complement inhibitors targeting properdin. Authors: Braunger, K. / Ahn, J. / Jore, M.M. / Johnson, S. / Tang, T.T.L. / Pedersen, D.V. / Andersen, G.R. / Lea, S.M. | ||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7b26.cif.gz | 243 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7b26.ent.gz | 161.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7b26.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7b26_validation.pdf.gz | 784.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7b26_full_validation.pdf.gz | 788.9 KB | Display | |
Data in XML | 7b26_validation.xml.gz | 17.8 KB | Display | |
Data in CIF | 7b26_validation.cif.gz | 23.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/7b26 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/7b26 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7b28C 7b29C 7b2aC 7b2dC 6s08S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 3 types, 3 molecules BAC
#1: Protein | Mass: 27484.514 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CFP, PFC / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P27918 |
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#2: Protein | Mass: 14485.592 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CFP, PFC / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P27918 |
#3: Protein | Mass: 20431.527 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhipicephalus pulchellus (arthropod) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
-Sugars , 3 types, 10 molecules
#4: Polysaccharide | beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-L-fucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source | ||
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#5: Sugar | ChemComp-MAN / #6: Sugar | ChemComp-BMA / | |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.15 M Potassium thiocyanate, 0.1 M Tris, pH 7.5, 18 % w/v PEG 5000 MME |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.91589 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 15, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91589 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.842→83.155 Å / Num. obs: 7444 / % possible obs: 89.4 % / Redundancy: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 63.54 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 6.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.842→3.277 Å / Rmerge(I) obs: 1.82 / Num. unique obs: 372 / CC1/2: 0.599 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: CirpA1, 6S08 Resolution: 3.4→24.71 Å / SU ML: 0.3361 / Cross valid method: FREE R-VALUE / Phase error: 26.4346 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 65.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.4→24.71 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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