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- PDB-6gqt: KRAS-169 Q61H GPPNHP + PPIN-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gqt
タイトルKRAS-169 Q61H GPPNHP + PPIN-2
要素GTPase KRas
キーワードONCOPROTEIN / KRAS
機能・相同性
機能・相同性情報


response to mineralocorticoid / GMP binding / forebrain astrocyte development / LRR domain binding / regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of epithelial cell differentiation / response to isolation stress / response to gravity / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation ...response to mineralocorticoid / GMP binding / forebrain astrocyte development / LRR domain binding / regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of epithelial cell differentiation / response to isolation stress / response to gravity / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation / Rac protein signal transduction / positive regulation of Rac protein signal transduction / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / myoblast proliferation / skeletal muscle cell differentiation / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of glial cell proliferation / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / cardiac muscle cell proliferation / Signalling to RAS / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-related events triggered by IGF1R / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / glial cell proliferation / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Signaling by FGFR4 in disease / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / p38MAPK events / Signaling by FGFR3 in disease / protein-membrane adaptor activity / Tie2 Signaling / striated muscle cell differentiation / Signaling by FGFR2 in disease / GRB2 events in EGFR signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / SHC1 events in EGFR signaling / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / EGFR Transactivation by Gastrin / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / homeostasis of number of cells within a tissue / Downstream signal transduction / GRB2 events in ERBB2 signaling / Insulin receptor signalling cascade / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / SHC1 events in ERBB2 signaling / response to glucocorticoid / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / VEGFR2 mediated cell proliferation / small monomeric GTPase / FCERI mediated MAPK activation / liver development / female pregnancy / RAF activation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / Signaling by SCF-KIT / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / MAP2K and MAPK activation / Signaling by ERBB2 ECD mutants / visual learning / Signaling by ERBB2 KD Mutants / cytoplasmic side of plasma membrane / cytokine-mediated signaling pathway / Regulation of RAS by GAPs / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / RAS processing / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / positive regulation of cellular senescence / DAP12 signaling / MAPK cascade / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants
類似検索 - 分子機能
Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Chem-F8N / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / GTPase KRas
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Cruz-Migoni, A. / Canning, P. / Quevedo, C.E. / Carr, S.B. / Phillips, S.E.V. / Rabbitts, T.H.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust099246/Z/12/Z 英国
Bloodwise12051 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/J000612/1 英国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: Structure-based development of new RAS-effector inhibitors from a combination of active and inactive RAS-binding compounds.
著者: Cruz-Migoni, A. / Canning, P. / Quevedo, C.E. / Bataille, C.J.R. / Bery, N. / Miller, A. / Russell, A.J. / Phillips, S.E.V. / Carr, S.B. / Rabbitts, T.H.
履歴
登録2018年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GTPase KRas
B: GTPase KRas
C: GTPase KRas
D: GTPase KRas
E: GTPase KRas
F: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,49925
ポリマ－116,9106
非ポリマー5,59019
水12,358686
1
A: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4165
ポリマ－19,4851
非ポリマー9314
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4654
ポリマ－19,4851
非ポリマー9803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4654
ポリマ－19,4851
非ポリマー9803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6575
ポリマ－19,4851
非ポリマー1,1724
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0313
ポリマ－19,4851
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4654
ポリマ－19,4851
非ポリマー9803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.270, 119.550, 158.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISAA-2 - 1661 - 169
21HISHISBB-2 - 1661 - 169
12LYSLYSAA-2 - 1671 - 170
22LYSLYSCC-2 - 1671 - 170
13LYSLYSAA-2 - 1671 - 170
23LYSLYSDD-2 - 1671 - 170
14LYSLYSAA-2 - 1671 - 170
24LYSLYSEE-2 - 1671 - 170
15LYSLYSAA-2 - 1671 - 170
25LYSLYSFF-2 - 1671 - 170
16LYSLYSBB-2 - 1671 - 170
26LYSLYSCC-2 - 1671 - 170
17LYSLYSBB-2 - 1671 - 170
27LYSLYSDD-2 - 1671 - 170
18LYSLYSBB-2 - 1671 - 170
28LYSLYSEE-2 - 1671 - 170
19LYSLYSBB-2 - 1671 - 170
29LYSLYSFF-2 - 1671 - 170
110LYSLYSCC-2 - 1671 - 170
210LYSLYSDD-2 - 1671 - 170
111LYSLYSCC-2 - 1671 - 170
211LYSLYSEE-2 - 1671 - 170
112LYSLYSCC-2 - 1671 - 170
212LYSLYSFF-2 - 1671 - 170
113LYSLYSDD-2 - 1671 - 170
213LYSLYSEE-2 - 1671 - 170
114LYSLYSDD-2 - 1671 - 170
214LYSLYSFF-2 - 1671 - 170
115LYSLYSEE-2 - 1671 - 170
215LYSLYSFF-2 - 1671 - 170

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras


分子量: 19484.953 Da / 分子数: 6 / 変異: Q61H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116

-
非ポリマー , 5種, 705分子

#2: 化合物
ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER


分子量: 522.196 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 化合物
ChemComp-F8N / ~{N}-(3-imidazol-1-ylpropyl)-4-[[3-(3-methoxyphenyl)phenyl]methyl]oxane-4-carboxamide


分子量: 433.543 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H31N3O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 686 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2 M Lithium citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→59.8 Å / Num. obs: 137251 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/av σ(I): 15.3 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.69→1.73 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 2 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 6764 / CC1/2: 0.6 / Rpim(I) all: 0.66 / Rrim(I) all: 2.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DST

4dst


解像度: 1.69→59.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21353 6817 5 %RANDOM
Rwork0.18924 ---
obs0.19044 130344 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.834 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.69→59.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7697 0 365 686 8748
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0198382
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.027582
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.012.00511388
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.804317557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4751011
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.04324.286392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.646151411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.411558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.21260
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.029261
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0160.021722
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6413.2614008
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6423.2614007
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.8644.8445010
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.8644.8445011
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9833.9944374
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.9843.9954372
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.4985.7596371
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.65640.128900
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.65540.128901
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A102660.11
12B102660.11
21A99860.09
22C99860.09
31A97500.09
32D97500.09
41A100420.1
42E100420.1
51A96040.1
52F96040.1
61B102160.09
62C102160.09
71B99220.09
72D99220.09
81B101280.09
82E101280.09
91B98540.09
92F98540.09
101C95240.08
102D95240.08
111C98180.07
112E98180.07
121C95800.08
122F95800.08
131D97120.08
132E97120.08
141D96460.08
142F96460.08
151E95620.07
152F95620.07
LS精密化 シェル解像度: 1.69→1.734 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 487 -
Rwork0.344 9537 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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