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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7b1n | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of phosphatidyl serine synthase (PSS) in the closed conformation with bound citrate. | |||||||||
要素 | CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase | |||||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / Membrane protein / Lipid synthase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CDP-diacylglycerol-serine O-phosphatidyltransferase / CDP-diacylglycerol-serine O-phosphatidyltransferase activity / phospholipid biosynthetic process / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Yildiz, O. / Centola, M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Crystal structures of phosphatidyl serine synthase PSS reveal the catalytic mechanism of CDP-DAG alcohol O-phosphatidyl transferases 著者: Centola, M. / Betz, H. / Yildiz, O. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7b1n.cif.gz | 203.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7b1n.ent.gz | 139.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7b1n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7b1n_validation.pdf.gz | 882 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7b1n_full_validation.pdf.gz | 900.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7b1n_validation.xml.gz | 14.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7b1n_validation.cif.gz | 18 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/7b1n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/7b1n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24713.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌) 株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 遺伝子: pssA, MJ1212 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q58609, CDP-diacylglycerol-serine O-phosphatidyltransferase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 脂質キュービック相法 詳細: Qiagens MBclass Suit and MBclass Suit II Molecular Dimension MemGold |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 19466 / % possible obs: 99.12 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 61.44 Å2 / CC1/2: 0.989 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.243 / Rpim(I) all: 0.107 / Rrim(I) all: 0.266 / Net I/σ(I): 4.51 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 1.92 / Mean I/σ(I) obs: 0.86 / Num. unique obs: 1017 / CC1/2: 0.578 / CC star: 0.856 / Rpim(I) all: 0.864 / Rrim(I) all: 2.11 / % possible all: 97.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→46.7 Å / SU ML: 0.4192 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.97 / 位相誤差: 44.2951 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 69.77 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→46.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -15.4882236554 Å / Origin y: -28.0331962376 Å / Origin z: 17.9739046946 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |