[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-7b1l: Crystal structure of phosphatidyl serine synthase (PSS) in the cl... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7b1l | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of phosphatidyl serine synthase (PSS) in the closed conformation with bound citrate. | ||||||
![]() | CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase | ||||||
![]() | LIPID BINDING PROTEIN / Membrane protein / Lipid synthase | ||||||
Function / homology | ![]() CDP-diacylglycerol-serine O-phosphatidyltransferase / CDP-diacylglycerol-serine O-phosphatidyltransferase activity / phospholipid biosynthetic process / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yildiz, O. / Centola, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structures of phosphatidyl serine synthase PSS reveal the catalytic mechanism of CDP-DAG alcohol O-phosphatidyl transferases Authors: Centola, M. / Betz, H. / Yildiz, O. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 220.6 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 155.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 644.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 652.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 17.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 24.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
Unit cell |
|
-
Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 24947.871 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 Gene: pssA, MJ1212 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q58609, CDP-diacylglycerol-serine O-phosphatidyltransferase |
---|
-Non-polymers , 8 types, 127 molecules ![](data/chem/img/58A.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/SER.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/OLC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/SER.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/OLC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Chemical | ChemComp-SER / #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-OLC / ( #9: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Details
Has ligand of interest | N |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 47 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: lipidic cubic phase Details: Qiagens MBclass Suit and MBclass Suit II Molecular Dimension MemGold |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Oct 30, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9999 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→50 Å / Num. obs: 39735 / % possible obs: 97.5 % / Redundancy: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 23.89 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 936 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.92 Å / Redundancy: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 1.4 / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / Num. unique obs: 3636 / CC1/2: 0.79 / CC star: 0.94 / Rpim(I) all: 0.66 / Rrim(I) all: 1.57 / % possible all: 95.6 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.84 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→50 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 15.3468722893 Å / Origin y: 86.5836083212 Å / Origin z: 18.9070062352 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Selection details: all |