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- PDB-7b1l: Crystal structure of phosphatidyl serine synthase (PSS) in the cl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b1l
タイトルCrystal structure of phosphatidyl serine synthase (PSS) in the closed conformation with bound citrate.
要素CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Membrane protein / Lipid synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


CDP-diacylglycerol-serine O-phosphatidyltransferase / CDP-diacylglycerol-serine O-phosphatidyltransferase activity / phospholipid biosynthetic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase / : / CDP-alcohol phosphatidyltransferase / CDP-alcohol phosphatidyltransferase, transmembrane domain / : / CDP-alcohol phosphatidyltransferase / CDP-alcohol phosphatidyltransferases signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-58A / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / SERINE / CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Yildiz, O. / Centola, M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of phosphatidyl serine synthase PSS reveal the catalytic mechanism of CDP-DAG alcohol O-phosphatidyl transferases
著者: Centola, M. / Betz, H. / Yildiz, O.
履歴
登録2020年11月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase
B: CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,56828
ポリマ－49,8962
非ポリマー5,67226
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5730 Å2
ΔGint-148 kcal/mol
Surface area18050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.630, 79.480, 95.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase / Phosphatidylserine synthase


分子量: 24947.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: pssA, MJ1212 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q58609, CDP-diacylglycerol-serine O-phosphatidyltransferase

-
非ポリマー , 8種, 127分子

#2: 化合物 ChemComp-58A / 5'-O-[(R)-{[(S)-{(2R)-2,3-bis[(9E)-octadec-9-enoyloxy]propoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]cytidine / cytidinediphosphate-dioleoylglycerol / CDP-1,2-dioleoyl-sn-glycerol


分子量: 1006.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C48H85N3O15P2
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-SER / SERINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO3
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol


分子量: 356.540 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: Qiagens MBclass Suit and MBclass Suit II Molecular Dimension MemGold

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 39735 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 23.89 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 936
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 1.4 / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / Num. unique obs: 3636 / CC1/2: 0.79 / CC star: 0.94 / Rpim(I) all: 0.66 / Rrim(I) all: 1.57 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19rc5_4047精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→50 Å / SU ML: 0.288 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 38.1393
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.301 3721 5 %random
Rwork0.2633 70699 --
obs0.2649 39610 97.51 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3083 0 368 101 3552
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00813491
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d14664
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0546554
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065539
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.7769626
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.880.4311340.42132542X-RAY DIFFRACTION92.37
1.88-1.90.39451360.39312566X-RAY DIFFRACTION94.64
1.9-1.930.37231360.37452564X-RAY DIFFRACTION93.68
1.93-1.950.40791310.34932541X-RAY DIFFRACTION94.62
1.95-1.980.39811330.33422574X-RAY DIFFRACTION94.72
1.98-2.010.42061330.2972589X-RAY DIFFRACTION96.52
2.01-2.050.29211350.28622560X-RAY DIFFRACTION94.66
2.05-2.080.28541370.27482590X-RAY DIFFRACTION95.85
2.08-2.120.32271360.25822602X-RAY DIFFRACTION94.87
2.12-2.160.26471350.25042592X-RAY DIFFRACTION96.02
2.16-2.20.33431360.24252583X-RAY DIFFRACTION94.84
2.2-2.250.32951340.24472589X-RAY DIFFRACTION96.94
2.25-2.310.25391360.24162611X-RAY DIFFRACTION95.71
2.31-2.360.27861370.22672631X-RAY DIFFRACTION96.04
2.36-2.430.22981370.22712650X-RAY DIFFRACTION98.52
2.43-2.50.28361380.23722653X-RAY DIFFRACTION97.62
2.5-2.580.33261410.22982687X-RAY DIFFRACTION97.89
2.58-2.670.27361430.22812639X-RAY DIFFRACTION98.41
2.67-2.780.26571380.23242684X-RAY DIFFRACTION98.81
2.78-2.90.26191450.22092643X-RAY DIFFRACTION98.13
2.9-3.060.28571450.23852661X-RAY DIFFRACTION97.97
3.06-3.250.25061390.24912686X-RAY DIFFRACTION97.99
3.25-3.50.27421450.23482648X-RAY DIFFRACTION99.04
3.5-3.850.24851400.24882697X-RAY DIFFRACTION98.3
3.85-4.410.32191430.26492614X-RAY DIFFRACTION97.28
4.41-5.550.30431400.292664X-RAY DIFFRACTION98.14
5.55-47.710.38321380.30582639X-RAY DIFFRACTION97.4
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.3468722893 Å / Origin y: 86.5836083212 Å / Origin z: 18.9070062352 Å
111213212223313233
T0.151598528916 Å2-0.00396947786409 Å2-0.0154167252712 Å2-0.166631273617 Å2-0.00218869527875 Å2--0.168035885088 Å2
L0.516053413814 °2-0.0507026448513 °20.0194253802542 °2-0.907032890809 °20.000990554406104 °2--0.344998621418 °2
S0.000731608870168 Å °0.0429495828855 Å °-0.0486032818643 Å °-0.0899151249492 Å °0.0132628340203 Å °-0.0469248646585 Å °0.0257775320134 Å °0.0112995631442 Å °-0.0115510219327 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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