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万見
- PDB-7azl: DNA polymerase sliding clamp from Escherichia coli with peptide 3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7azl
タイトルDNA polymerase sliding clamp from Escherichia coli with peptide 38 bound
要素
  • Beta sliding clamp
  • Peptide 38
キーワードDNA BINDING PROTEIN / antibacterial drug
機能・相同性DI(HYDROXYETHYL)ETHER / :
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli 2-427-07_S4_C3 (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Monsarrat, C. / Compain, G. / Andre, C. / Martiel, I. / Engilberge, S. / Olieric, V. / Wolff, P. / Brillet, K. / Landolfo, M. / Silva da Veiga, C. ...Monsarrat, C. / Compain, G. / Andre, C. / Martiel, I. / Engilberge, S. / Olieric, V. / Wolff, P. / Brillet, K. / Landolfo, M. / Silva da Veiga, C. / Wagner, J. / Guichard, G. / Burnouf, D.Y.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Iterative Structure-Based Optimization of Short Peptides Targeting the Bacterial Sliding Clamp.
著者: Monsarrat, C. / Compain, G. / Andre, C. / Engilberge, S. / Martiel, I. / Olieric, V. / Wolff, P. / Brillet, K. / Landolfo, M. / Silva da Veiga, C. / Wagner, J. / Guichard, G. / Burnouf, D.Y.
履歴
登録2020年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02024年7月10日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta sliding clamp
B: Beta sliding clamp
C: Beta sliding clamp
D: Beta sliding clamp
E: Peptide 38
G: Peptide 38
F: Peptide 38
H: Peptide 38
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,07511
ポリマ－174,7718
非ポリマー3043
水7,512417
1
A: Beta sliding clamp
D: Beta sliding clamp
E: Peptide 38
H: Peptide 38
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,5846
ポリマ－87,3854
非ポリマー1982
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5320 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area33160 Å2
手法PISA and gel filtration
2
B: Beta sliding clamp
C: Beta sliding clamp
G: Peptide 38
F: Peptide 38
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,4925
ポリマ－87,3854
非ポリマー1061
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5260 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area32840 Å2
手法PISA and gel filtration
単位格子
Length a, b, c (Å)139.611, 86.643, 153.897
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.560, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Beta sliding clamp


分子量: 42801.863 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli 2-427-07_S4_C3 (大腸菌)
遺伝子: dnaN, AD31_4438 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A073FMV0
#2: タンパク質・ペプチド
Peptide 38


分子量: 890.849 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2 M Sodium formate pH 7.2, PEG 3350 20% (w/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→70.69 Å / Num. obs: 70023 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.42→2.46 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3408 / CC1/2: 0.72 / Rpim(I) all: 0.39

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解析

ソフトウェア
名称分類
BUSTER精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FVL

6fvl


解像度: 2.42→70.69 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 --
Rwork0.208 --
obs0.21 70023 99.9 %
原子変位パラメータBiso mean: 49.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→70.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11136 0 264 417 11817
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011711610
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.527315682
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08921808
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072077
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.87274406

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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