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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7azl | ||||||
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タイトル | DNA polymerase sliding clamp from Escherichia coli with peptide 38 bound | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / antibacterial drug | ||||||
機能・相同性 | DI(HYDROXYETHYL)ETHER / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli 2-427-07_S4_C3 (大腸菌) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å | ||||||
データ登録者 | Monsarrat, C. / Compain, G. / Andre, C. / Martiel, I. / Engilberge, S. / Olieric, V. / Wolff, P. / Brillet, K. / Landolfo, M. / Silva da Veiga, C. ...Monsarrat, C. / Compain, G. / Andre, C. / Martiel, I. / Engilberge, S. / Olieric, V. / Wolff, P. / Brillet, K. / Landolfo, M. / Silva da Veiga, C. / Wagner, J. / Guichard, G. / Burnouf, D.Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021 タイトル: Iterative Structure-Based Optimization of Short Peptides Targeting the Bacterial Sliding Clamp. 著者: Monsarrat, C. / Compain, G. / Andre, C. / Engilberge, S. / Martiel, I. / Olieric, V. / Wolff, P. / Brillet, K. / Landolfo, M. / Silva da Veiga, C. / Wagner, J. / Guichard, G. / Burnouf, D.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7azl.cif.gz | 306.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7azl.ent.gz | 243.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7azl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/7azl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/7azl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42801.863 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli 2-427-07_S4_C3 (大腸菌) 遺伝子: dnaN, AD31_4438 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A073FMV0 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 874.849 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.71 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2 M Sodium formate pH 7.2, PEG 3350 20% (w/v) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.42→70.69 Å / Num. obs: 70023 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.42→2.46 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3408 / CC1/2: 0.72 / Rpim(I) all: 0.39 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6FVL 解像度: 2.42→70.69 Å / 交差検証法: THROUGHOUT 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 49.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.42→70.69 Å
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拘束条件 |
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