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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tsz
タイトルCrystal structure of DNA polymerase sliding clamp from Pseudomonas aeruginosa with ligand
要素
  • ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide
  • DNA polymerase III subunit beta
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III complex / DNA strand elongation involved in DNA replication / 3'-5' exonuclease activity / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit ...DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit / : / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
peptide ligand / Beta sliding clamp / :
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Olieric, V. / Burnouf, D. / Ennifar, E. / Wolff, P.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / : 2014
タイトル: Differential Modes of Peptide Binding onto Replicative Sliding Clamps from Various Bacterial Origins.
著者: Wolff, P. / Amal, I. / Olieric, V. / Chaloin, O. / Gygli, G. / Ennifar, E. / Lorber, B. / Guichard, G. / Wagner, J. / Dejaegere, A. / Burnouf, D.Y.
履歴
登録2014年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月17日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
改定 1.22014年11月19日Group: Database references
改定 1.32016年12月21日Group: Non-polymer description
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase III subunit beta
Q: ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide
B: DNA polymerase III subunit beta
R: ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide
C: DNA polymerase III subunit beta
S: ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide
D: DNA polymerase III subunit beta
T: ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide
E: DNA polymerase III subunit beta
U: ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide
F: DNA polymerase III subunit beta
V: ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide
G: DNA polymerase III subunit beta
X: ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide
H: DNA polymerase III subunit beta
Y: ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide
I: DNA polymerase III subunit beta
Z: ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide
J: DNA polymerase III subunit beta
0: ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide
K: DNA polymerase III subunit beta
1: ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide
L: DNA polymerase III subunit beta
2: ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide
M: DNA polymerase III subunit beta
3: ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide
N: DNA polymerase III subunit beta
4: ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide
O: DNA polymerase III subunit beta
5: ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide
P: DNA polymerase III subunit beta
6: ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)666,35532
ポリマ-666,35532
非ポリマー00
44,2812458
1
C: DNA polymerase III subunit beta
S: ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide
D: DNA polymerase III subunit beta
T: ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2944
ポリマ-83,2944
非ポリマー00
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
A: DNA polymerase III subunit beta
Q: ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide
B: DNA polymerase III subunit beta
R: ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2944
ポリマ-83,2944
非ポリマー00
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
E: DNA polymerase III subunit beta
U: ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide
F: DNA polymerase III subunit beta
V: ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2944
ポリマ-83,2944
非ポリマー00
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
G: DNA polymerase III subunit beta
X: ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide
H: DNA polymerase III subunit beta
Y: ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2944
ポリマ-83,2944
非ポリマー00
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
5
I: DNA polymerase III subunit beta
Z: ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide
J: DNA polymerase III subunit beta
0: ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2944
ポリマ-83,2944
非ポリマー00
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
6
K: DNA polymerase III subunit beta
1: ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide
L: DNA polymerase III subunit beta
2: ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2944
ポリマ-83,2944
非ポリマー00
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
7
M: DNA polymerase III subunit beta
3: ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide
N: DNA polymerase III subunit beta
4: ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2944
ポリマ-83,2944
非ポリマー00
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
8
O: DNA polymerase III subunit beta
5: ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide
P: DNA polymerase III subunit beta
6: ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2944
ポリマ-83,2944
非ポリマー00
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.982, 85.947, 272.202
Angle α, β, γ (deg.)90.01, 89.94, 116.56
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
DNA polymerase III subunit beta / DNA polymerase sliding clamp from Pseudomonas aeruginosa


分子量: 40877.504 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: V4MZL6, UniProt: Q9I7C4*PLUS, DNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質・ペプチド
ACE-GLN-ALC-ASP-LEU-ZCL peptide


タイプ: Oligopeptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 769.713 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: peptide ligand
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2458 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
構成要素の詳細THE SHORT PEPTIDE BINDS ONTO PROCESSIVITY FACTOR BETA CLAMP, INHIBITING BETA-DEPENDENT ELONGATION ACTIVITY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1M sodium acetate pH 4.5 and PEG 3350 / PH範囲: 4.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→49.3 Å / Num. obs: 787947 / % possible obs: 87.9 % / 冗長度: 1.6 % / Biso Wilson estimate: 39.48 Å2 / Net I/σ(I): 6.12
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 1.55 % / Mean I/σ(I) obs: 0.75 / % possible all: 75.3

-
解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.10.0 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→29.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9412 / SU R Cruickshank DPI: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.179 / SU Rfree Blow DPI: 0.147 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.15
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2219 21173 5.03 %RANDOM
Rwork0.2019 ---
obs0.2029 421275 96.21 %-
原子変位パラメータBiso mean: 48.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.6397 Å2-0.447 Å20.3875 Å2
2--0.4635 Å2-0.027 Å2
3----5.1032 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.308 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→29.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数44370 0 2909 2460 49739
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealRestraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00945440HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1161668HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d15954SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes1185HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes6841HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it45440HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.07
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.53
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion5983SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact51932SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2426 1482 5.06 %
Rwork0.229 27831 -
all0.2296 29313 -
obs--96.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0461-0.1511-0.34240.47440.01570.10950.2725-0.11860.5088-0.0427-0.1834-0.1669-0.14360.0746-0.08910.251-0.02860.09650.2335-0.0149-0.0842-0.534733.5981-103.8565
21.08660.98720.05553.19540.26440.02220.00530.04350.1411-0.1064-0.00560.1802-0.0295-0.010.0003-0.13360.03460.0036-0.1669-0.0029-0.1573-62.349243.1261-2.0195
31.2758-0.60660.23711.7229-0.22180.65740.0588-0.3823-0.2924-0.02380.12650.1790.1765-0.1726-0.1854-0.0238-0.1352-0.02830.24170.1806-0.1459-62.01844.9943100.9102
42.2788-0.1005-0.2171.15220.02220.13670.02970.0307-0.1656-0.0415-0.0504-0.27320.0151-0.00140.0208-0.12960.0247-0.0205-0.157-0.0196-0.1615-32.20218.0851-2.4376
52.2132-0.0548-0.01571.1615-0.25270.35550.1491-0.38570.3150.026-0.132-0.1749-0.150.0468-0.01710.0971-0.14120.01490.3015-0.0201-0.1004-32.007170.2004100.6265
61.3648-0.6327-0.21661.81080.2320.64180.044-0.37130.3031-0.03480.1357-0.1912-0.17670.1635-0.1796-0.0161-0.14820.0310.2216-0.1892-0.1487-31.9635-2.7469-35.1941
72.2811-0.0190.091.13610.22310.29810.1552-0.4005-0.31710.0221-0.13720.19440.1418-0.0455-0.0180.0931-0.1391-0.00820.3005-0.0019-0.1058-61.9792-27.9478-35.4429
80.9343-0.3898-0.07860.86160.01310.74450.1011-0.08770.1764-0.0072-0.0141-0.0877-0.07670.031-0.0870.0763-0.0364-0.01830.0728-0.0408-0.1987-63.349333.515732.8822
91.8771-0.03310.43360.3957-0.09430.1970.2806-0.0945-0.494-0.0522-0.18960.15970.1542-0.0655-0.09090.2548-0.03-0.08920.2236-0.0002-0.0645-93.60788.613332.2716
101.08590.4272-0.0521.1446-0.06380.01150.04340.0221-0.1286-0.0164-0.0354-0.13470.00810.001-0.0081-0.13170.0215-0.0064-0.15150.0039-0.1989-24.7833-23.061465.8354
111.24350.3887-0.01971.12120.144-0.00010.0487-0.01530.1948-0.0562-0.06630.0526-0.0171-0.00090.0177-0.11460.02680.019-0.14580.0132-0.1553-55.02461.868866.0148
121.08690.42880.01651.21440.04910.0190.05230.0160.1299-0.0086-0.04340.1431-0.0035-0.0006-0.0089-0.14340.0179-0.0071-0.1708-0.007-0.2038-69.264265.2964-70.2615
131.23250.357-0.03341.1526-0.17690.00020.0466-0.018-0.1833-0.0514-0.0705-0.05760.01510.00370.024-0.12920.0237-0.0356-0.1581-0.0167-0.1557-39.02540.3637-70.0752
142.0364-0.20750.1261.215-0.0730.10880.04820.02280.1128-0.0256-0.05830.26680.00160.00440.01-0.15170.02120.011-0.17620.0146-0.1881-61.988324.0402133.9921
151.14631.0305-0.00993.1141-0.24350.0141-0.01290.048-0.1737-0.13190.0145-0.17880.04090.0169-0.0017-0.11650.0346-0.01-0.1542-0.0037-0.1275-31.7995-0.9526133.7197
161.0105-0.45910.10330.922-0.03120.72620.0977-0.0875-0.1721-0.0021-0.0240.08960.0804-0.0298-0.07380.0762-0.03170.01330.07980.0364-0.2041-30.79068.693-103.2187
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ N|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ O|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ P|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ C|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ D|* }
8X-RAY DIFFRACTION8{ E|* }
9X-RAY DIFFRACTION9{ F|* }
10X-RAY DIFFRACTION10{ G|* }
11X-RAY DIFFRACTION11{ H|* }
12X-RAY DIFFRACTION12{ I|* }
13X-RAY DIFFRACTION13{ J|* }
14X-RAY DIFFRACTION14{ K|* }
15X-RAY DIFFRACTION15{ L|* }
16X-RAY DIFFRACTION16{ M|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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