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- PDB-6ams: Crystal structure of the DNA polymerase III subunit beta from Pse... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ams
タイトルCrystal structure of the DNA polymerase III subunit beta from Pseudomonas aeruginosa
要素Beta sliding clamp
キーワードTRANSFERASE / DNA Binding / DNA Directed DNA Polymerase Activity
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III complex / DNA strand elongation involved in DNA replication / 3'-5' exonuclease activity / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit ...DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit / : / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Beta sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者McGrath, A.E. / Oakley, A.J.
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: Crystal structures and biochemical characterization of DNA sliding clamps from three Gram-negative bacterial pathogens.
著者: McGrath, A.E. / Martyn, A.P. / Whittell, L.R. / Dawes, F.E. / Beck, J.L. / Dixon, N.E. / Kelso, M.J. / Oakley, A.J.
履歴
登録2017年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月7日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.22018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta sliding clamp
B: Beta sliding clamp
C: Beta sliding clamp
D: Beta sliding clamp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,3378
ポリマ－162,9574
非ポリマー3804
水99155
1
A: Beta sliding clamp
B: Beta sliding clamp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,6694
ポリマ－81,4792
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area33370 Å2
手法PISA
2
C: Beta sliding clamp
D: Beta sliding clamp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,6694
ポリマ－81,4792
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2860 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area33450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.498, 79.732, 86.302
Angle α, β, γ (deg.)63.430, 72.200, 87.080
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGAA1 - 3661 - 366
21ARGARGBB1 - 3661 - 366
12LEULEUAA1 - 3671 - 367
22LEULEUCC1 - 3671 - 367
13LEULEUAA1 - 3671 - 367
23LEULEUDD1 - 3671 - 367
14METMETBB1 - 3651 - 365
24METMETCC1 - 3651 - 365
15ARGARGBB1 - 3661 - 366
25ARGARGDD1 - 3661 - 366
16LEULEUCC1 - 3671 - 367
26LEULEUDD1 - 3671 - 367

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Beta sliding clamp / Sliding clamp / Beta-clamp processivity factor / DNA polymerase III beta sliding clamp subunit / ...Sliding clamp / Beta-clamp processivity factor / DNA polymerase III beta sliding clamp subunit / DNA polymerase III subunit beta


分子量: 40739.355 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: dnaN, PA0002 / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3) / 参照: UniProt: Q9I7C4
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.81 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M phosphate-citrate pH 6.0, 40% (w/v) ethanol, 5% (w/v) PEG 1000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→37.34 Å / Num. obs: 56764 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Χ2: 1.958 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 192222
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.442.90.58727601.747190.2
2.44-2.4930.55527771.769192.4
2.49-2.5330.53527611.809191.4
2.53-2.5930.45528161.825194
2.59-2.643.10.4528971.933194
2.64-2.73.20.428251.819194.9
2.7-2.773.20.34328931.915196
2.77-2.853.30.329181.976195.7
2.85-2.933.30.2628952.088196.7
2.93-3.023.40.21529202.088197.3
3.02-3.133.50.17229652.121198.2
3.13-3.263.50.1429912.173198.3
3.26-3.413.70.11629672.259198.7
3.41-3.583.50.10429542.228197.3
3.58-3.812.70.07715092.395150.3
3.81-4.13.60.06929272.075197.1
4.1-4.523.90.05329921.982199.2
4.52-5.173.90.04530051.72199.3
5.17-6.513.90.05529991.678199.5
6.51-503.80.03329931.741199.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
Blu-Iceデータ収集
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K3S

4k3s


解像度: 2.39→37.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 12.476 / SU ML: 0.276 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.708 / ESU R Free: 0.324 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2826 2846 5 %RANDOM
Rwork0.2442 ---
obs0.2462 53778 92.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 121.79 Å2 / Biso mean: 36.635 Å2 / Biso min: 12.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20.02 Å20.02 Å2
2--0.02 Å2-0.03 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.39→37.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11274 0 20 55 11349
Biso mean--68.74 26.42 -
残基数----1456
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A213400.1
12B213400.1
21A209680.12
22C209680.12
31A212960.11
32D212960.11
41B209280.11
42C209280.11
51B214580.1
52D214580.1
61C211540.11
62D211540.11
LS精密化 シェル解像度: 2.393→2.455 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 158 -
Rwork0.357 3344 -
all-3502 -
obs--77.63 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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