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万見
- PDB-7az6: DNA polymerase sliding clamp from Escherichia coli with peptide 3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7az6
タイトルDNA polymerase sliding clamp from Escherichia coli with peptide 36 bound
要素
  • Beta sliding clamp
  • Peptide 36ペプチド
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / antibacterial drug
機能・相同性酢酸塩 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / :
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli 2-427-07_S4_C3 (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Monsarrat, C. / Compain, G. / Andre, C. / Martiel, I. / Engilberge, S. / Olieric, V. / Wolff, P. / Brillet, K. / Landolfo, M. / Silva da Veiga, C. ...Monsarrat, C. / Compain, G. / Andre, C. / Martiel, I. / Engilberge, S. / Olieric, V. / Wolff, P. / Brillet, K. / Landolfo, M. / Silva da Veiga, C. / Wagner, J. / Guichard, G. / Burnouf, D.Y.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Iterative Structure-Based Optimization of Short Peptides Targeting the Bacterial Sliding Clamp.
著者: Monsarrat, C. / Compain, G. / Andre, C. / Engilberge, S. / Martiel, I. / Olieric, V. / Wolff, P. / Brillet, K. / Landolfo, M. / Silva da Veiga, C. / Wagner, J. / Guichard, G. / Burnouf, D.Y.
履歴
登録2020年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta sliding clamp
H: Peptide 36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1427
ポリマ－43,7432
非ポリマー3995
水7,656425
1
A: Beta sliding clamp
H: Peptide 36
ヘテロ分子

A: Beta sliding clamp
H: Peptide 36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,28314
ポリマ－87,4864
非ポリマー79810
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area7790 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area32480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.289, 66.451, 80.272
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 127.840, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-942-

HOH

21A-1107-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AH

#1: タンパク質 Beta sliding clamp


分子量: 42801.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli 2-427-07_S4_C3 (大腸菌)
遺伝子: dnaN, AD31_4438 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A073FMV0
#2: タンパク質・ペプチド Peptide 36 / ペプチド


分子量: 940.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 5種, 430分子

#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 2% v/v Tacsimate pH 5, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH5.6, PEG 3350 16% (w/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→53.9 Å / Num. obs: 32437 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 26.94 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.93→1.96 Å / Num. unique obs: 888 / CC1/2: 0.7 / Rpim(I) all: 0.42

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER3.2.8精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FVL

6fvl


解像度: 1.93→52.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU R Cruickshank DPI: 0.289 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.188 / SU Rfree Blow DPI: 0.16 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.154
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 1509 4.66 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.207 32390 95.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 102.38 Å2 / Biso mean: 34.19 Å2 / Biso min: 21.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6937 Å20 Å2-4.4798 Å2
2--0.1085 Å20 Å2
3----0.8021 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.93→52.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2917 0 23 437 3377
Biso mean--27.44 47.66 -
残基数----375
LS精密化 シェル解像度: 1.93→1.96 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3001 27 4.17 %
Rwork0.2448 621 -
all0.2472 648 -
obs--44.36 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.5324 Å / Origin y: 0.5956 Å / Origin z: 22.897 Å
111213212223313233
T0.3702 Å2-0.0029 Å2-0.2542 Å2-0.0829 Å2-0.0045 Å2--0.2528 Å2
L0.4133 °20.0456 °20.0331 °2-0.0351 °20.024 °2--0.3641 °2
S0.0189 Å °0.0614 Å °-0.0339 Å °0.026 Å °0.0076 Å °-0.0235 Å °0.0376 Å °-0.111 Å °-0.0264 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }A-1 - 366
2X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }A-1 - 366
3X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }B-1 - 366
4X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }H-1 - 366
5X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }W-1 - 366

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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