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万見
- PDB-7azk: DNA polymerase sliding clamp from Escherichia coli with peptide 3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7azk
タイトルDNA polymerase sliding clamp from Escherichia coli with peptide 35 bound
要素
  • Beta sliding clamp
  • Peptide 35
キーワードDNA BINDING PROTEIN / antibacterial drug
機能・相同性: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / :
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli 2-427-07_S4_C3 (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Monsarrat, C. / Compain, G. / Andre, C. / Martiel, I. / Engilberge, S. / Olieric, V. / Wolff, P. / Brillet, K. / Landolfo, M. / Silva da Veiga, C. ...Monsarrat, C. / Compain, G. / Andre, C. / Martiel, I. / Engilberge, S. / Olieric, V. / Wolff, P. / Brillet, K. / Landolfo, M. / Silva da Veiga, C. / Wagner, J. / Guichard, G. / Burnouf, D.Y.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Iterative Structure-Based Optimization of Short Peptides Targeting the Bacterial Sliding Clamp.
著者: Monsarrat, C. / Compain, G. / Andre, C. / Engilberge, S. / Martiel, I. / Olieric, V. / Wolff, P. / Brillet, K. / Landolfo, M. / Silva da Veiga, C. / Wagner, J. / Guichard, G. / Burnouf, D.Y.
履歴
登録2020年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta sliding clamp
H: Peptide 35
B: Beta sliding clamp
I: Peptide 35
C: Beta sliding clamp
J: Peptide 35
D: Beta sliding clamp
K: Peptide 35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,83025
ポリマ－174,3428
非ポリマー2,48717
水17,961997
1
A: Beta sliding clamp
H: Peptide 35
B: Beta sliding clamp
I: Peptide 35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,65714
ポリマ－87,1714
非ポリマー1,48610
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8190 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area32570 Å2
手法PISA
2
C: Beta sliding clamp
J: Peptide 35
D: Beta sliding clamp
K: Peptide 35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,17311
ポリマ－87,1714
非ポリマー1,0027
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7030 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area32710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.815, 135.827, 87.541
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.150, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 0 and (name N or name...
21(chain B and ((resid 0 and (name N or name...
31(chain C and ((resid 0 and (name N or name...
41(chain D and (resid 0 through 1 or resid 3...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISHISHIS(chain A and ((resid 0 and (name N or name...AA020
12SERSERLEULEU(chain A and ((resid 0 and (name N or name...AA-1 - 36619 - 386
13SERSERLEULEU(chain A and ((resid 0 and (name N or name...AA-1 - 36619 - 386
14SERSERLEULEU(chain A and ((resid 0 and (name N or name...AA-1 - 36619 - 386
15SERSERLEULEU(chain A and ((resid 0 and (name N or name...AA-1 - 36619 - 386
21HISHISHISHIS(chain B and ((resid 0 and (name N or name...BC020
22SERSERLEULEU(chain B and ((resid 0 and (name N or name...BC-1 - 36619 - 386
23SERSERLEULEU(chain B and ((resid 0 and (name N or name...BC-1 - 36619 - 386
24SERSERLEULEU(chain B and ((resid 0 and (name N or name...BC-1 - 36619 - 386
25SERSERLEULEU(chain B and ((resid 0 and (name N or name...BC-1 - 36619 - 386
31HISHISHISHIS(chain C and ((resid 0 and (name N or name...CE020
32SERSERLEULEU(chain C and ((resid 0 and (name N or name...CE-1 - 36619 - 386
33SERSERLEULEU(chain C and ((resid 0 and (name N or name...CE-1 - 36619 - 386
34SERSERLEULEU(chain C and ((resid 0 and (name N or name...CE-1 - 36619 - 386
35SERSERLEULEU(chain C and ((resid 0 and (name N or name...CE-1 - 36619 - 386
41HISHISMETMET(chain D and (resid 0 through 1 or resid 3...DG0 - 120 - 21
42PHEPHETHRTHR(chain D and (resid 0 through 1 or resid 3...DG3 - 423 - 24
43GLUGLUALAALA(chain D and (resid 0 through 1 or resid 3...DG6 - 5526 - 75
44VALVALPROPRO(chain D and (resid 0 through 1 or resid 3...DG57 - 11777 - 137
45GLUGLUGLYGLY(chain D and (resid 0 through 1 or resid 3...DG166 - 19186 - 39
46LYSLYSLEULEU(chain D and (resid 0 through 1 or resid 3...DG198 - 203218 - 223
47METMETGLYGLY(chain D and (resid 0 through 1 or resid 3...DG206 - 210226 - 230
48ASPASPASPASP(chain D and (resid 0 through 1 or resid 3...DG211231
49HISHISLEULEU(chain D and (resid 0 through 1 or resid 3...DG0 - 36620 - 386
410HISHISLEULEU(chain D and (resid 0 through 1 or resid 3...DG0 - 36620 - 386
411HISHISLEULEU(chain D and (resid 0 through 1 or resid 3...DG0 - 36620 - 386
412HISHISLEULEU(chain D and (resid 0 through 1 or resid 3...DG0 - 36620 - 386

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ABCDHIJK

#1: タンパク質
Beta sliding clamp


分子量: 42801.863 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli 2-427-07_S4_C3 (大腸菌)
遺伝子: dnaN, AD31_4438 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A073FMV0
#2: タンパク質・ペプチド
Peptide 35


分子量: 783.739 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 6種, 1014分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 997 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M Potassium thiocyanate, pH 7.0, , PEG 3350 20% (w/v)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→135.82 Å / Num. obs: 87312 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.05→2.08 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 180 / CC1/2: 0.43 / Rpim(I) all: 0.572

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FVL

6fvl


解像度: 2.05→84.09 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2408 4327 4.96 %
Rwork0.2097 82965 -
obs0.2112 87292 78.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 127.65 Å2 / Biso mean: 36.2021 Å2 / Biso min: 16.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→84.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11542 0 339 1018 12899
Biso mean--47.59 41.53 -
残基数----1462
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6706X-RAY DIFFRACTION12.02TORSIONAL
12B6706X-RAY DIFFRACTION12.02TORSIONAL
13C6706X-RAY DIFFRACTION12.02TORSIONAL
14D6706X-RAY DIFFRACTION12.02TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.05-2.080.265810.352228291
2.08-2.10.3314220.255538240411
2.1-2.130.3365460.270578382923
2.13-2.150.2692590.28581258131735
2.15-2.180.2894740.26971488156242
2.18-2.210.2969880.26441755184350
2.21-2.240.3142970.27011946204355
2.24-2.280.2891020.27791578168045
2.28-2.310.29171310.25522406253769
2.31-2.350.26741170.26952672278974
2.35-2.390.26931570.27052720287779
2.39-2.440.27851590.25512987314684
2.44-2.480.29361690.25053123329289
2.48-2.530.29441670.24893310347795
2.53-2.590.2891870.24533484367198
2.59-2.650.33261680.243835403708100
2.65-2.710.32781960.234734643660100
2.71-2.790.23071940.227335153709100
2.79-2.870.28692080.223634983706100
2.87-2.960.25991710.218635533724100
2.96-3.070.24981830.211835253708100
3.07-3.190.25091950.215235103705100
3.19-3.340.23051920.206735243716100
3.34-3.510.23431820.188935353717100
3.51-3.730.21361660.1835553721100
3.73-4.020.19211760.171635553731100
4.02-4.420.1991790.165435503729100
4.43-5.060.16541900.151735423732100
5.07-6.380.23441700.225435773747100
6.38-84.090.25771810.23833602378399
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 41.9957 Å / Origin y: -9.3861 Å / Origin z: 41.7378 Å
111213212223313233
T0.2078 Å20.0115 Å20.0001 Å2-0.2085 Å20.0129 Å2--0.2051 Å2
L0.1561 °20.0249 °20.046 °2-0.2153 °20.1189 °2--0.1108 °2
S-0.0115 Å °-0.0119 Å °-0.0017 Å °0.0525 Å °0.0092 Å °-0.0451 Å °0.0362 Å °0.0255 Å °0.0005 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA-1 - 366
2X-RAY DIFFRACTION1allH367 - 368
3X-RAY DIFFRACTION1allH369 - 371
4X-RAY DIFFRACTION1allH372
5X-RAY DIFFRACTION1allA401
6X-RAY DIFFRACTION1allB-1 - 366
7X-RAY DIFFRACTION1allI367 - 368
8X-RAY DIFFRACTION1allI369 - 371
9X-RAY DIFFRACTION1allI372
10X-RAY DIFFRACTION1allC-1 - 366
11X-RAY DIFFRACTION1allJ367 - 368
12X-RAY DIFFRACTION1allJ369 - 371
13X-RAY DIFFRACTION1allJ372
14X-RAY DIFFRACTION1allC401 - 501
15X-RAY DIFFRACTION1allD0 - 366
16X-RAY DIFFRACTION1allK367 - 368
17X-RAY DIFFRACTION1allK369 - 371
18X-RAY DIFFRACTION1allK372
19X-RAY DIFFRACTION1allD401
20X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 2
21X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 11
22X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 3
23X-RAY DIFFRACTION1allW1 - 1258

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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