PDB-7azd: DNA polymerase sliding clamp from Escherichia coli with peptide 2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7azd

タイトル

DNA polymerase sliding clamp from Escherichia coli with peptide 20 bound

要素

Beta sliding clamp
Peptide 20

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / antibacterial drug

機能・相同性

DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / Roll / Alpha Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / :

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli 2-427-07_S4_C3 (大腸菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.19 Å

データ登録者

Monsarrat, C. / Compain, G. / Andre, C. / Martiel, I. / Engilberge, S. / Olieric, V. / Wolff, P. / Brillet, K. / Landolfo, M. / Silva da Veiga, C. ...

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Iterative Structure-Based Optimization of Short Peptides Targeting the Bacterial Sliding Clamp.
著者: Monsarrat, C. / Compain, G. / Andre, C. / Engilberge, S. / Martiel, I. / Olieric, V. / Wolff, P. / Brillet, K. / Landolfo, M. / Silva da Veiga, C. / Wagner, J. / Guichard, G. / Burnouf, D.Y.

履歴

登録	2020年11月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.0	2023年6月21日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end
改定 2.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7azd.cif.gz	318.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7azd.ent.gz	254.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7azd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/7azd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/7azd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7az5C 7az6C 7az7C 7az8C 7azcC 7azeC 7azfC 7azgC 7azkC 7azlC 6fvlS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7azf-2 7azk-2 4k3k-d 4n9a-d 7azf-1 4mjr-d 7azc-1 7azd-2 7azk-1 6amq-1 4k3s-d 4k3r-d 4n96-d 7azg-2 4k3p-d 6amq-2 4n98-d 2pol-d 7aze-d 4pnu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta sliding clamp

B: Beta sliding clamp

C: Beta sliding clamp

D: Beta sliding clamp

H: Peptide 20

I: Peptide 20

J: Peptide 20

K: Peptide 20

ヘテロ分子

175 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta sliding clamp

D: Beta sliding clamp

H: Peptide 20

K: Peptide 20

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
87.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta sliding clamp

C: Beta sliding clamp

I: Peptide 20

J: Peptide 20

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
87.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.677, 81.757, 141.926
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.490, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta sliding clamp 分子量: 42801.863 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli 2-427-07_S4_C3 (大腸菌) 遺伝子: dnaN, AD31_4438 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A073FMV0
#2: タンパク質・ペプチド	Peptide 20 分子量: 826.977 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 675 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.87 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1M Sodium malonate pH5.0, PEG 3350 12% (w/v)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.19→70.69 Å / Num. obs: 58310 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 13.7 % / B_iso Wilson estimate: 44.37 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_pim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 2.19→2.44 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2915 / CC_1/2: 0.578 / R_pim(I) all: 0.524

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
BUSTER	2.10.3	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6FVL

6fvl

解像度: 2.19→41.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU R Cruickshank DPI: 0.543 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.569 / SU R_free Blow DPI: 0.269 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.272

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.242	2845	4.88 %	RANDOM
R_work	0.189	-	-	-
obs	0.191	58300	71.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 153.78 Å² / B_iso mean: 51.4 Å² / B_iso min: 7.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.121 Å²	0 Å²	-0.2918 Å²
2-	-	-0.4521 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.6689 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.19→41.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11472	0	132	677	12281
B_iso mean	-	-	38.32	45.42	-
残基数	-	-	-	-	1479

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	4243	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	2037	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	11886	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	1527	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	13637	SEMIHARMONIC	3
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	11886	HARMONIC	3	0.011
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	16078	HARMONIC	3	1.09
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.78
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				17.59

LS精密化シェル

解像度: 2.19→2.36 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2503	62	5.32 %
R_work	0.2215	1104	-
all	0.2231	1166	-
obs	-	-	7.4 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -2.8907 Å / Origin y: 19.6284 Å / Origin z: 36.0182 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1555 Å²	0.0166 Å²	-0.0022 Å²	-	0.1644 Å²	-0.0006 Å²	-	-	0.0935 Å²
L	0.5352 °²	0.1315 °²	0.4557 °²	-	0.0043 °²	0.5003 °²	-	-	0.8513 °²
S	-0.0311 Å °	0.2598 Å °	0.008 Å °	0.0246 Å °	0.1041 Å °	-0.0006 Å °	-0.1283 Å °	-0.0397 Å °	-0.0731 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { K|* }

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関連情報:EMDBヘッダ

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