PDB-7aw8: Alpha-actinin in Rhodamnia argentea

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7aw8

タイトル

Alpha-actinin in Rhodamnia argentea

要素

Alpha actinin, actin binding domain

キーワード

CELL CYCLE / Alpha actinin / actin binding

機能・相同性

ACETIC ACID / FORMIC ACID

機能・相同性情報

生物種

Rhodamnia argentea (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Persson, K. / Backman, L.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: Febs Open Bio / 年: 2021
タイトル: Structural and functional characterization of a plant alpha-actinin.
著者: Persson, K. / Backman, L.

履歴

登録	2020年11月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2022年12月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7aw8.cif.gz	109.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7aw8.ent.gz	83.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7aw8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7aw8_validation.pdf.gz	266.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7aw8_full_validation.pdf.gz	266.6 KB	表示
XML形式データ	7aw8_validation.xml.gz	6.6 KB	表示
CIF形式データ	7aw8_validation.cif.gz	10.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/7aw8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/7aw8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5a36S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2r0o-2 5nl7-2 6rz0-d 6mf4-d 2f5x-1 2fum-2 3bed-d 5v6d-8 1jqe-1 6det-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha actinin, actin binding domain

ヘテロ分子

32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology, This is a single actin binding domain of a larger protein (alpha-actinin)
monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.219, 37.219, 290.266
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Alpha actinin, actin binding domain 分子量: 31835.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodamnia argentea (植物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 3.1 M NaFormate 0.1 M NaAcetate pH 4.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 0.99988 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99988 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→48.38 Å / Num. obs: 71951 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.095 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 15.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.5-1.53	16.4	0.883	30482	1855	0.907	0.222	0.911	2.9	99.4
8.22-48.38	14.2	0.046	4733	334	0.999	0.012	0.048	37.2	99.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.09 Å	48.38 Å
Translation	5.09 Å	48.38 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
PHASER	2.8.3	位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5A36

5a36

解像度: 1.5→48.38 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 19.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1901	3578	4.97 %
R_work	0.1671	68373	-
obs	0.1682	71951	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 129.34 Å² / B_iso mean: 32.8964 Å² / B_iso min: 13.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→48.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1951	0	39	168	2158
B_iso mean	-	-	43.5	36.7	-
残基数	-	-	-	-	239

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5-1.52	0.3095	130	0.2589	2523	2653	99
1.52-1.54	0.2516	148	0.2575	2728	2876	100
1.54-1.56	0.2642	137	0.2472	2610	2747	100
1.56-1.59	0.278	132	0.2365	2559	2691	100
1.59-1.61	0.2929	144	0.2421	2743	2887	100
1.61-1.64	0.2504	132	0.2245	2608	2740	100
1.64-1.67	0.2555	137	0.2181	2588	2725	100
1.67-1.7	0.2471	148	0.2078	2736	2884	100
1.7-1.73	0.219	137	0.2025	2535	2672	100
1.73-1.76	0.2349	136	0.1963	2685	2821	100
1.76-1.8	0.2228	130	0.1953	2548	2678	100
1.8-1.84	0.2135	141	0.1933	2696	2837	100
1.84-1.89	0.2281	135	0.184	2617	2752	99
1.89-1.94	0.2033	139	0.1815	2630	2769	100
1.94-2	0.2024	135	0.1741	2574	2709	100
2-2.06	0.2347	138	0.172	2731	2869	100
2.06-2.14	0.1777	137	0.1692	2589	2726	100
2.14-2.22	0.2111	139	0.1566	2639	2778	100
2.22-2.32	0.1701	142	0.1597	2680	2822	100
2.32-2.45	0.2192	134	0.1576	2566	2700	100
2.45-2.6	0.1957	133	0.1617	2633	2766	100
2.6-2.8	0.1624	141	0.1617	2649	2790	100
2.8-3.08	0.1803	138	0.1605	2640	2778	100
3.08-3.52	0.1691	128	0.1551	2605	2733	100
3.53-4.44	0.1576	146	0.1277	2617	2763	100
4.44-48.38	0.1701	141	0.171	2644	2785	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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