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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2f5x | ||||||
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Title | Structure of periplasmic binding protein BugD | ||||||
![]() | BugD | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / periplasmic binding protein | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huvent, I. / Belrhali, H. / Antoine, R. / Bompard, C. / Jacob-Dubuisson, F. / Villeret, V. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of Bordetella pertussis BugD Solute Receptor Unveils the Basis of Ligand Binding in a New Family of Periplasmic Binding Proteins Authors: Huvent, I. / Belrhali, H. / Antoine, R. / Bompard, C. / Locht, C. / Jacob-Dubuisson, F. / Villeret, V. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 382 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 324.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 454.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 457.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 43.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 67.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Details | the biological assembly is one monomer. THe asymmetric unit contains three monomers |
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Components
#1: Protein | Mass: 34030.348 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: residues 26-325 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Species: Bordetella pertussis / Strain: Tohama I / Plasmid: pQE-30 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 278 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: Tris 10 mM, (NH4)2SO4 0.2 M, PEG1500 36% (w/v), glycerol 15%, pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 8, 2004 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.72→49.63 Å / Num. obs: 101925 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 10.9 % / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 7.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.72→1.81 Å / Redundancy: 10.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.243 / % possible all: 99.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 16.49 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.72→49.63 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.72→1.76 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 15.133 Å / Origin y: 36.774 Å / Origin z: 1.436 Å
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Refinement TLS group |
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